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- EMDB-10286: Cubic Dps-DNA crystal structure in vitro -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10286
タイトルCubic Dps-DNA crystal structure in vitro
マップデータ
試料
  • 複合体: Dps-DNA co-crystal
生物種Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.7 Å
データ登録者Chesnokov YM / Kamyshinsky RA / Vasiliev AL
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation18-74-10071 ロシア
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2019
タイトル: Polymorphic Protective Dps-DNA Co-Crystals by Cryo Electron Tomography and Small Angle X-Ray Scattering.
著者: Roman Kamyshinsky / Yury Chesnokov / Liubov Dadinova / Andrey Mozhaev / Ivan Orlov / Maxim Petoukhov / Anton Orekhov / Eleonora Shtykova / Alexander Vasiliev /
要旨: Rapid increase of intracellular synthesis of specific histone-like Dps protein that binds DNA to protect the genome against deleterious factors leads to in cellulo crystallization-one of the most ...Rapid increase of intracellular synthesis of specific histone-like Dps protein that binds DNA to protect the genome against deleterious factors leads to in cellulo crystallization-one of the most curious processes in the area of life science at the moment. However, the actual structure of the Dps-DNA co-crystals remained uncertain in the details for more than two decades. Cryo-electron tomography and small-angle X-ray scattering revealed polymorphous modifications of the co-crystals depending on the buffer parameters. Two different types of the Dps-DNA co-crystals are formed in vitro: triclinic and cubic. Three-dimensional reconstruction revealed DNA and Dps molecules in cubic co-crystals, and the unit cell parameters of cubic lattice were determined consistently by both methods.
履歴
登録2019年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年1月8日-
マップ公開2020年1月8日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.4
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10286.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10286.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.7 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.4 / ムービー #1: 0.4
最小 - 最大-1.2981853 - 1.8784196
平均 (標準偏差)0.02984969 (±0.4618922)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 333.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.73.73.7
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z333.000333.000333.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-1.2981.8780.030

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10286_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map before any post-processing

ファイルemd_10286_additional.map
注釈Map before any post-processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Map before any post-processing

ファイルemd_10286_additional_1.map
注釈Map before any post-processing
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10286_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10286_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dps-DNA co-crystal

全体名称: Dps-DNA co-crystal
要素
  • 複合体: Dps-DNA co-crystal

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超分子 #1: Dps-DNA co-crystal

超分子名称: Dps-DNA co-crystal / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Dps protein and DNA were mixed in the concentrations corresponding to the Dps/DNA ratio 1Dps dodecamer/60 bp of DNA. A ring vector pcDNA-hIRR-GFP 9900 bp was used as DNA sample.
由来(天然)生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: pET-dps
分子量理論値: 224 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度3.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
20.0 mMTris-HCl
20.0 mMNaCl
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blotting for 1.5 seconds.
詳細weight Dps/DNA ratio = 3/1

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Cs image corrector (CEOS, Germany)
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 1.02 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 倍率（補正後）: 37837 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 18000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用したサブトモグラム数: 16372
抽出トモグラム数: 15 / 使用した粒子像数: 42548 / 参照モデル: 1DPS / 手法: template matching
ソフトウェア:
名称詳細
EMAN2 (ver. 2.22)selection
RELION (ver. 2.1)extraction
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
詳細: 3D models for the contrast transfer function (CTF) in RELION2
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 21274 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1dps

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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