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万見
- EMDB-10200: Structure of a marine algae virus of the order Picornavirales -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10200
タイトルStructure of a marine algae virus of the order Picornavirales
マップデータ
試料
  • ウイルス: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP4
キーワードPicornavirales / Marnaviridae / icosahedral virus / algae virus / jelly roll / VIRUS
機能・相同性Capsid protein VP4, dicistrovirus / Cricket paralysis virus, VP4 / Dicistrovirus, capsid-polyprotein, C-terminal / CRPV capsid protein like / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Predicted structural protein / Predicted structural protein
機能・相同性情報
生物種Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Munke A / Tomaru Y
資金援助 スウェーデン, 2件
OrganizationGrant number国
Swedish Research Council2018-03387 スウェーデン
Swedish Research Council2018-00421 スウェーデン
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2020
タイトル: Capsid Structure of a Marine Algal Virus of the Order .
著者: Anna Munke / Kei Kimura / Yuji Tomaru / Kenta Okamoto /
要旨: The order includes viruses that infect different kinds of eukaryotes and that share similar properties. The capsid proteins (CPs) of viruses in the order that infect unicellular organisms, such as ...The order includes viruses that infect different kinds of eukaryotes and that share similar properties. The capsid proteins (CPs) of viruses in the order that infect unicellular organisms, such as algae, presumably possess certain characteristics that have changed little over the course of evolution, and thus these viruses may resemble the ancestor in some respects. Herein, we present the capsid structure of RNA virus type II (CtenRNAV-II) determined using cryo-electron microscopy at a resolution of 3.1 Å, the first alga virus belonging to the family of the order A structural comparison to related invertebrate and vertebrate viruses revealed a unique surface loop of the major CP VP1 that had not been observed previously, and further, revealed that another VP1 loop obscures the so-called canyon, which is a host-receptor binding site for many of the mammalian viruses. VP2 has an N-terminal tail, which has previously been reported as a primordial feature of viruses. The above-mentioned and other critical structural features provide new insights on three long-standing theories about : (i) the canyon hypothesis, (ii) the primordial VP2 domain swap, and (iii) the hypothesis that alga viruses could share characteristics with the ancestor. Identifying the acquired structural traits in virus capsids is important for elucidating what functions are essential among viruses that infect different hosts. The viruses infect a broad spectrum of hosts, ranging from unicellular algae to insects and mammals and include many human pathogens. Those viruses that infect unicellular protists, such as algae, are likely to have undergone fewer structural changes during the course of evolution compared to those viruses that infect multicellular eukaryotes and thus still share some characteristics with the ancestor. This article describes the first atomic capsid structure of an alga , CtenRNAV-II. A comparison to capsid structures of the related invertebrate and vertebrate viruses identified a number of structural traits that have been functionally acquired or lost during the course of evolution. These observations provide new insights on past theories on the viability and evolution of viruses.
履歴
登録2019年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2020年2月12日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6shl
  • 表面レベル: 0.127
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6shl
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10200.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10200.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477. Å		1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477. Å		1.06 Å/pix.
x 450 pix.
= 477. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.127 / ムービー #1: 0.127
最小 - 最大-0.273615 - 0.464667
平均 (標準偏差)0.0029608626 (±0.027028225)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 476.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z477.000477.000477.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.2740.4650.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II

全体名称: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP1
    • タンパク質・ペプチド: VP2
    • タンパク質・ペプチド: VP3
    • タンパク質・ペプチド: VP4

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超分子 #1: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II

超分子名称: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1516128 / 生物種: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Chaetoceros tenuissimus (珪藻)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: VP1

分子名称: VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
分子量理論値: 29.740906 KDa
配列文字列: DNSNNPVGGN PIDNYGTEHA PLLKEDNQYL VYQGERIVSF KDLLRRYQYL NSYWPQETGS GFRYYTLDSP GMPIYRGWDP NGIDQGQDS TAGNSPYNFC SMTLLNYLAP AFVCQRGSLR HKWVTAGARV NSTASVLSAT RHGVLFPLPL AETAHPLDNA L VGDRRSEL ...文字列:
DNSNNPVGGN PIDNYGTEHA PLLKEDNQYL VYQGERIVSF KDLLRRYQYL NSYWPQETGS GFRYYTLDSP GMPIYRGWDP NGIDQGQDS TAGNSPYNFC SMTLLNYLAP AFVCQRGSLR HKWVTAGARV NSTASVLSAT RHGVLFPLPL AETAHPLDNA L VGDRRSEL QEMQRSRLNG TAITPVRLNN TLEIELPYYS IGQRFHASRF LDLAGTGDTQ GVEIACEISD GGNDANYRLD QF VSVGEDF TLGMFVGAPI MYFYNDPTAT

UniProtKB: Predicted structural protein

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分子 #2: VP2

分子名称: VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
分子量理論値: 25.911801 KDa
配列文字列: PSANDGPSFT TSKTSQNTTS ENVHFVDGDT PWTYDVAATP DETSKLSGFD DAGLGEFLSR PIKIQQYQWT PGVQLFQTFN PWSDYFGNA DVLEKINRFR NLRCKLCLKV LINGNSFYYG RALLSYNPYL RNDQVTVNRS FFIQDLIAAS NKPHILLDPC S SEGGQMCL ...文字列:
PSANDGPSFT TSKTSQNTTS ENVHFVDGDT PWTYDVAATP DETSKLSGFD DAGLGEFLSR PIKIQQYQWT PGVQLFQTFN PWSDYFGNA DVLEKINRFR NLRCKLCLKV LINGNSFYYG RALLSYNPYL RNDQVTVNRS FFIQDLIAAS NKPHILLDPC S SEGGQMCL PFIWPENYLD ITSTGWEDQM GECIIHDFDV LRHANGGTDP ITVSIFAWAE DVSLLIPTTV AAQ

UniProtKB: Predicted structural protein

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分子 #3: VP3

分子名称: VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
分子量理論値: 28.508686 KDa
配列文字列: SRPAVLSDIQ PYVPRYCGNL ANSDAPETVN KLSVDSKNEL TIDTRTMGLG GADELTIHSI ASRMTFWRQF DWPESAVTDT LLASMSVQP FCIDTVTASP VTEIHSTALA FASAPFETWQ GSIKFHFKVV CSEYHRGRLR LVYNPLTNNA GPVAFNQVYS T TIDISNDR ...文字列:
SRPAVLSDIQ PYVPRYCGNL ANSDAPETVN KLSVDSKNEL TIDTRTMGLG GADELTIHSI ASRMTFWRQF DWPESAVTDT LLASMSVQP FCIDTVTASP VTEIHSTALA FASAPFETWQ GSIKFHFKVV CSEYHRGRLR LVYNPLTNNA GPVAFNQVYS T TIDISNDR EFDYECKWTD IRAWNACIGI DGATSATFFN TAAAVTGGTP FDNGTLSVYV VNELATPSTA AADVKVQVWV SA GDDFAVA VPGVGLSQLS YFQQQ

UniProtKB: Predicted structural protein

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分子 #4: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetoceros tenuissimus RNA virus type-II (ウイルス)
分子量理論値: 5.406366 KDa
配列文字列:
EFKHDGLISK PASAVAKAAD ALSMIPYIAP YAKATSMVAD KIGKIARIFG Y

UniProtKB: Predicted structural protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2592 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 29.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 140000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 9920
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 8315
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: BACKBONE TRACE
得られたモデル

PDB-6shl:
Structure of a marine algae virus of the order Picornavirales

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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