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万見
- EMDB-1020: Structure of a viral DNA gatekeeper at 10 A resolution by cryo-el... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1020
タイトルStructure of a viral DNA gatekeeper at 10 A resolution by cryo-electron microscopy.
マップデータViral DNA gatekeeper. Centre of symmetry : 50.0, 50.0, 50.0
試料
  • 試料: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6
  • タンパク質・ペプチド: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6
生物種Bacillus phage SPP1 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Orlova EV / Gowen B / Droege A / Stiege A / Weise F / Lurz R / van Heel M / Tavares P
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2003
タイトル: Structure of a viral DNA gatekeeper at 10 A resolution by cryo-electron microscopy.
著者: Elena V Orlova / Brent Gowen / Anja Dröge / Asita Stiege / Frank Weise / Rudi Lurz / Marin van Heel / Paulo Tavares /
要旨: In tailed bacteriophages and herpes viruses, the viral DNA is packaged through the portal protein channel. Channel closure is essential to prevent DNA release after packaging. Here we present the ...In tailed bacteriophages and herpes viruses, the viral DNA is packaged through the portal protein channel. Channel closure is essential to prevent DNA release after packaging. Here we present the connector structure from bacteriophage SPP1 using cryo-electron microscopy and single particle analysis. The multiprotein complex comprises the portal protein gp6 and the head completion proteins gp15 and gp16. Although we show that gp6 in the connector has a fold similar to that of the isolated portal protein, we observe conformational changes in the region of gp6 exposed to the DNA-packaging ATPase and to gp15. This reorganization does not cause closure of the channel. The connector channel traverses the full height of gp6 and gp15, but it is closed by gp16 at the bottom of the complex. Gp16 acts as a valve whose closure prevents DNA leakage, while its opening is required for DNA release upon interaction of the virus with its host.
履歴
登録2003年1月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2003年1月31日-
マップ公開2003年3月31日-
更新2012年10月17日-
現状2012年10月17日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0627
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0627
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2jes
  • 表面レベル: 0.0627
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1020.gif

emd_1020.tif

emd_emd_1020...

Resolution_P...

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1020.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Viral DNA gatekeeper. Centre of symmetry : 50.0, 50.0, 50.0
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.1 Å
密度
表面レベル1: 0.0874 / ムービー #1: 0.0627
最小 - 最大-0.189776 - 0.296457
平均 (標準偏差)0.0039891 (±0.0396917)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 210 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.12.12.1
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z210.000210.000210.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean-0.1900.2960.004

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage SPP1 portal protein gp6

全体名称: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6
要素
  • 試料: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6
  • タンパク質・ペプチド: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6

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超分子 #1000: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6

超分子名称: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6 / タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: isolated portal protein has 13- fold cyclical symmetry
Number unique components: 1
分子量実験値: 57.3 KDa / 理論値: 57.3 KDa

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分子 #1: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6

分子名称: Bacteriophage SPP1 portal protein gp6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: naive gp6 / コピー数: 13 / 集合状態: C13 / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Bacillus phage SPP1 (ファージ) / 別称: Bacteriophage SPP1
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換プラスミド: Pbluescript SK+ + pLysS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Standard plunger / 手法: Blot about 2-3 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG/ST
日付1999年1月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: PATCHWORK DENSITOMETER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10.2 µm / 実像数: 15 / 平均電子線量: 10 e/Å2
詳細: Images were digitised using a patch work densitometer.
Od range: 1.6 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 48600 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.1 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: side-entry / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The number of classes analysed was 650. In the final reconstruction were used only 430.
CTF補正詳細: CTF correction of each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMAGIC / 使用した粒子像数: 8000
最終 2次元分類クラス数: 430

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原子モデル構築 1

ソフトウェア名称: Molrep
詳細Protocol: Angular reconstitution

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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