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万見
- EMDB-10161: Structure of DPS determined at 100 keV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10161
タイトルStructure of DPS determined at 100 keV
マップデータMasked and sharpened (B = -132 A^2) DPS map
試料
  • 複合体: DPS from E. coli
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Naydenova K / McMullan G / Peet MJ / Lee Y / Edwards PC / Chen S / Leahy E / Henderson R / Russo CJ
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_UP_120117 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184322 英国
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2019
タイトル: CryoEM at 100 keV: a demonstration and prospects.
著者: K Naydenova / G McMullan / M J Peet / Y Lee / P C Edwards / S Chen / E Leahy / S Scotcher / R Henderson / C J Russo /
要旨: 100 kV is investigated as the operating voltage for single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM). Reducing the electron energy from the current standard of 300 or 200 keV offers both cost ...100 kV is investigated as the operating voltage for single-particle electron cryomicroscopy (cryoEM). Reducing the electron energy from the current standard of 300 or 200 keV offers both cost savings and potentially improved imaging. The latter follows from recent measurements of radiation damage to biological specimens by high-energy electrons, which show that at lower energies there is an increased amount of information available per unit damage. For frozen hydrated specimens around 300 Å in thickness, the predicted optimal electron energy for imaging is 100 keV. Currently available electron cryomicroscopes in the 100-120 keV range are not optimized for cryoEM as they lack both the spatially coherent illumination needed for the high defocus used in cryoEM and imaging detectors optimized for 100 keV electrons. To demonstrate the potential of imaging at 100 kV, the voltage of a standard, commercial 200 kV field-emission gun (FEG) microscope was reduced to 100 kV and a side-entry cryoholder was used. As high-efficiency, large-area cameras are not currently available for 100 keV electrons, a commercial hybrid pixel camera designed for X-ray detection was attached to the camera chamber and was used for low-dose data collection. Using this configuration, five single-particle specimens were imaged: hepatitis B virus capsid, bacterial 70S ribosome, catalase, DNA protection during starvation protein and haemoglobin, ranging in size from 4.5 MDa to 64 kDa with corresponding diameters from 320 to 72 Å. These five data sets were used to reconstruct 3D structures with resolutions between 8.4 and 3.4 Å. Based on this work, the practical advantages and current technological limitations to single-particle cryoEM at 100 keV are considered. These results are also discussed in the context of future microscope development towards the goal of rapid, simple and widely available structure determination of any purified biological specimen.
履歴
登録2019年7月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月20日-
マップ公開2019年11月20日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.07
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10161.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked and sharpened (B = -132 A^2) DPS map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.47 Å/pix.
x 128 pix.
= 188.16 Å		1.47 Å/pix.
x 128 pix.
= 188.16 Å		1.47 Å/pix.
x 128 pix.
= 188.16 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.47 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07 / ムービー #1: 0.07
最小 - 最大-0.23146866 - 0.350141
平均 (標準偏差)0.001044793 (±0.01685775)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 188.16 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.471.471.47
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z188.160188.160188.160
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.2310.3500.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10161_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened DPS map

ファイルemd_10161_additional.map
注釈Unsharpened DPS map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened DPS map

ファイルemd_10161_additional_1.map
注釈Unsharpened DPS map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: DPS half map 1

ファイルemd_10161_half_map_1.map
注釈DPS half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: DPS half map 2

ファイルemd_10161_half_map_2.map
注釈DPS half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DPS from E. coli

全体名称: DPS from E. coli
要素
  • 複合体: DPS from E. coli

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超分子 #1: DPS from E. coli

超分子名称: DPS from E. coli / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.7
グリッドモデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / 平均電子線量: 24.64 e/Å2
電子線加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 16507
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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