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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10128 | ||||||||||||
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タイトル | Thermally-stabilised mutant murine norovirus (MNV-1) | ||||||||||||
マップデータ | EM density map for heat-stable mutant (hs)MNV, filtered by local resolution. | ||||||||||||
試料 |
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生物種 | Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Snowden JS / Hurdiss DL / Adeyemi OO / Ranson NA / Herod MR / Stonehouse NJ | ||||||||||||
資金援助 | 英国, 3件
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引用 | ジャーナル: PLoS Biol / 年: 2020 タイトル: Dynamics in the murine norovirus capsid revealed by high-resolution cryo-EM. 著者: Joseph S Snowden / Daniel L Hurdiss / Oluwapelumi O Adeyemi / Neil A Ranson / Morgan R Herod / Nicola J Stonehouse / 要旨: Icosahedral viral capsids must undergo conformational rearrangements to coordinate essential processes during the viral life cycle. Capturing such conformational flexibility has been technically ...Icosahedral viral capsids must undergo conformational rearrangements to coordinate essential processes during the viral life cycle. Capturing such conformational flexibility has been technically challenging yet could be key for developing rational therapeutic agents to combat infections. Noroviruses are nonenveloped, icosahedral viruses of global importance to human health. They are a common cause of acute gastroenteritis, yet no vaccines or specific antiviral agents are available. Here, we use genetics and cryo-electron microscopy (cryo-EM) to study the high-resolution solution structures of murine norovirus as a model for human viruses. By comparing our 3 structures (at 2.9- to 3.1-Å resolution), we show that whilst there is little change to the shell domain of the capsid, the radiating protruding domains are flexible, adopting distinct states both independently and synchronously. In doing so, the capsids sample a range of conformational space, with implications for maintaining virion stability and infectivity. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10128.map.gz | 264.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10128-v30.xml emd-10128.xml | 20.9 KB 20.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10128_fsc.xml | 17.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10128.png | 202.3 KB | ||
マスクデータ | emd_10128_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10128_additional_1.map.gz emd_10128_additional_2.map.gz emd_10128_half_map_1.map.gz emd_10128_half_map_2.map.gz | 436.1 MB 372.7 MB 375.7 MB 375.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10128 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10128 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10128_validation.pdf.gz | 395.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10128_full_validation.pdf.gz | 394.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10128_validation.xml.gz | 23.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10128 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10128 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10128.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM density map for heat-stable mutant (hs)MNV, filtered by local resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10128_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened density map.
ファイル | emd_10128_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened density map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened density map from 3D refinement.
ファイル | emd_10128_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened density map from 3D refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: First half map from 3D refinement.
ファイル | emd_10128_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | First half map from 3D refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Second half map from 3D refinement.
ファイル | emd_10128_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Second half map from 3D refinement. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Murine norovirus 1
全体 | 名称: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Murine norovirus 1
超分子 | 名称: Murine norovirus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: RAW264.7 cells / NCBI-ID: 223997 / 生物種: Murine norovirus 1 / Sci species strain: CW1P3 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
Host system | 生物種: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) 組換株: CW1P3 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Heat-stable mutant murine norovirus (MNV-1) VP1
分子 | 名称: Heat-stable mutant murine norovirus (MNV-1) VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) 株: CW1P3 |
組換発現 | 生物種: Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) |
配列 | 文字列: MRMSDGAAPK ANGSEASGQD LVPAAVEQAV PIQPVAGAAL AAPAAGQINQ IDPWIFQNFV QCPLGEFSIS PRNTPGEILF DLALGPGLNP YLAHLSAMYT GWVGNMEVQL VLAGNAFTAG KVVVALVPPY FPKGSLTTAQ ITCFPHVMCD VRTLEPIQLP LLDVRRVLWH ...文字列: MRMSDGAAPK ANGSEASGQD LVPAAVEQAV PIQPVAGAAL AAPAAGQINQ IDPWIFQNFV QCPLGEFSIS PRNTPGEILF DLALGPGLNP YLAHLSAMYT GWVGNMEVQL VLAGNAFTAG KVVVALVPPY FPKGSLTTAQ ITCFPHVMCD VRTLEPIQLP LLDVRRVLWH ATQDQEESMR LVCMLYTPLR TNSPGDESFV VSGRLLSKPA ADFNFVYLTP PIERTIYRMV DLPVIQPRLC THARWPAPVY GLLVDPSLPS NPQWQNGRVH VDGTLLGTTP ISGSWVSCFA AEAAYEFQSG TGEVATFTLI EQDGSAYVPG DRAAPLGYPD FSGQLEIEVQ TETTKTGDKL KVTTFEMILG PTTNADQAPY QGRVFASVTA AASLDLVDGR VRAVPRSIYG FQDTIPEYND GQLVPLAPPI GPFLPGEVLL RFRTYMRQID TADAAAEAID CALPQEFVSW FASNAFTVQS EALLLRYRNT LTGQLLFECK LYNEGYIALS YSGSGPLTFP TDGIFEVVSW VPRLYQLASV GSLATGRMLK Q |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 80 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |