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- EMDB-10089: Cryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic doma... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10089
タイトルCryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic domain of DNA polymerase epsilon (Class 2)
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of the catalytic domain of DNA polymerase epsilon with the Ctf18-1-8 module of Ctf18-RFC
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18
    • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein DCC1
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
キーワードDNA polymerase / PCNA loader / protein complex / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / telomere tethering at nuclear periphery / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex ...maintenance of mitotic sister chromatid cohesion / gene conversion / DNA replication initiation / epsilon DNA polymerase complex / telomere tethering at nuclear periphery / Ctf18 RFC-like complex / maintenance of DNA trinucleotide repeats / SUMO binding / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / mitotic DNA replication checkpoint signaling / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / mitotic sister chromatid cohesion / leading strand elongation / nuclear replication fork / Dual incision in TC-NER / chromosome, centromeric region / DNA replication initiation / error-prone translesion synthesis / base-excision repair, gap-filling / replication fork / double-strand break repair via homologous recombination / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nucleotide binding / mRNA binding / chromatin / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit ...Chromosome transmission fidelity protein 8 / Ctf8 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / Sister chromatid cohesion protein Dcc1 / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / : / DNA polymerase family B, thumb domain / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / Sister chromatid cohesion protein DCC1 / Chromosome transmission fidelity protein 8 / Chromosome transmission fidelity protein 18
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Grabarczyk DB / Song B
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research FoundationGR 5152/3-1 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2020
タイトル: Ctf18-RFC and DNA Pol ϵ form a stable leading strand polymerase/clamp loader complex required for normal and perturbed DNA replication.
著者: Katy Stokes / Alicja Winczura / Boyuan Song / Giacomo De Piccoli / Daniel B Grabarczyk /
要旨: The eukaryotic replisome must faithfully replicate DNA and cope with replication fork blocks and stalling, while simultaneously promoting sister chromatid cohesion. Ctf18-RFC is an alternative PCNA ...The eukaryotic replisome must faithfully replicate DNA and cope with replication fork blocks and stalling, while simultaneously promoting sister chromatid cohesion. Ctf18-RFC is an alternative PCNA loader that links all these processes together by an unknown mechanism. Here, we use integrative structural biology combined with yeast genetics and biochemistry to highlight the specific functions that Ctf18-RFC plays within the leading strand machinery via an interaction with the catalytic domain of DNA Pol ϵ. We show that a large and unusually flexible interface enables this interaction to occur constitutively throughout the cell cycle and regardless of whether forks are replicating or stalled. We reveal that, by being anchored to the leading strand polymerase, Ctf18-RFC can rapidly signal fork stalling to activate the S phase checkpoint. Moreover, we demonstrate that, independently of checkpoint signaling or chromosome cohesion, Ctf18-RFC functions in parallel to Chl1 and Mrc1 to protect replication forks and cell viability.
履歴
登録2019年6月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月8日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6s2f
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10089.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10089.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 93 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 290 pix.
= 308.415 Å		1.06 Å/pix.
x 290 pix.
= 308.415 Å		1.06 Å/pix.
x 290 pix.
= 308.415 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0635 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.0649455 - 0.19043693
平均 (標準偏差)0.000012489782 (±0.006298232)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ290290290
Spacing290290290
セルA=B=C: 308.415 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06351.06351.0635
M x/y/z290290290
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z308.415308.415308.415
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS290290290
D min/max/mean-0.0650.1900.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10089_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10089_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of the catalytic domain of DNA polymerase epsilon with th...

全体名称: Complex of the catalytic domain of DNA polymerase epsilon with the Ctf18-1-8 module of Ctf18-RFC
要素
  • 複合体: Complex of the catalytic domain of DNA polymerase epsilon with the Ctf18-1-8 module of Ctf18-RFC
    • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 8
    • タンパク質・ペプチド: Chromosome transmission fidelity protein 18
    • タンパク質・ペプチド: Sister chromatid cohesion protein DCC1
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER

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超分子 #1: Complex of the catalytic domain of DNA polymerase epsilon with th...

超分子名称: Complex of the catalytic domain of DNA polymerase epsilon with the Ctf18-1-8 module of Ctf18-RFC
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 200 KDa

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分子 #1: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

分子名称: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 140.39725 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MKHHHHHHSA GLEVLFQGPG TGSEFELMMF GKKKNNGGSS TARYSAGNKY NTLSNNYALS AQQLLNASKI DDIDSMMGFE RYVPPQYNG RFDAKDIDQI PGRVGWLTNM HATLVSQETL SSGSNGGGNS NDGERVTTNQ GISGVDFYFL DEEGGSFKST V VYDPYFFI ...文字列:
MKHHHHHHSA GLEVLFQGPG TGSEFELMMF GKKKNNGGSS TARYSAGNKY NTLSNNYALS AQQLLNASKI DDIDSMMGFE RYVPPQYNG RFDAKDIDQI PGRVGWLTNM HATLVSQETL SSGSNGGGNS NDGERVTTNQ GISGVDFYFL DEEGGSFKST V VYDPYFFI ACNDESRVND VEELVKKYLE SCLKSLQIIR KEDLTMDNHL LGLQKTLIKL SFVNSNQLFE ARKLLRPILQ DN ANNNVQR NIYNVAANGS EKVDAKHLIE DIREYDVPYH VRVSIDKDIR VGKWYKVTQQ GFIEDTRKIA FADPVVMAFA IAT TKPPLK FPDSAVDQIM MISYMIDGEG FLITNREIIS EDIEDFEYTP KPEYPGFFTI FNENDEVALL QRFFEHIRDV RPTV ISTFN GDFFDWPFIH NRSKIHGLDM FDEIGFAPDA EGEYKSSYCS HMDCFRWVKR DSYLPQGSQG LKAVTQSKLG YNPIE LDPE LMTPYAFEKP QHLSEYSVSD AVATYYLYMK YVHPFIFSLC TIIPLNPDET LRKGTGTLCE MLLMVQAYQH NILLPN KHT DPIERFYDGH LLESETYVGG HVESLEAGVF RSDLKNEFKI DPSAIDELLQ ELPEALKFSV EVENKSSVDK VTNFEEI KN QITQKLLELK ENNIRNELPL IYHVDVASMY PNIMTTNRLQ PDSIKAERDC ASCDFNRPGK TCARKLKWAW RGEFFPSK M DEYNMIKRAL QNETFPNKNK FSKKKVLTFD ELSYADQVIH IKKRLTEYSR KVYHRVKVSE IVEREAIVCQ RENPFYVDT VKSFRDRRYE FKGLAKTWKG NLSKIDPSDK HARDEAKKMI VLYDSLQLAH KVILNSFYGY VMRKGSRWYS MEMAGITCLT GATIIQMAR ALVERVGRPL ELDTDGIWCI LPKSFPETYF FTLENGKKLY LSYPCSMLNY RVHQKFTNHQ YQELKDPLNY I YETHSENT IFFEVDGPYK AMILPSSKEE GKGIKKRYAV FNEDGSLAEL KGFELKRRGE LQLIKNFQSD IFKVFLEGDT LE GCYSAVA SVCNRWLDVL DSHGLMLEDE DLVSLICENR SMSKTLKEYE GQKSTSITTA RRLGDFLGED MVKDKGLQCK YII SSKPFN APVTERAIPV AIFSADIPIK RSFLRRWTLD PSLEDLDIRT IIDWGYYRER LGSAIQKIIT IPAALQGVSN PVPR VEHPD WLKRKIATKE DKFK

UniProtKB: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A

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分子 #2: Chromosome transmission fidelity protein 8

分子名称: Chromosome transmission fidelity protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 15.189688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPSVDIDASQ WQKLTQSREK QTTVITPLGM MMLEIQGELE LPKDFASLAR RDSPNEGRFS EQDGETLIRF GSLQIDGERA TLFVGKKQR LLGKVTKLDV PMGIMHFNSK DNKVELVDVM KYKVIFKDRP LPIM

UniProtKB: Chromosome transmission fidelity protein 8

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分子 #3: Chromosome transmission fidelity protein 18

分子名称: Chromosome transmission fidelity protein 18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 3.859329 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GAMGNQTVKI WVKYNEGFSN AVRKNVTWNN LWE

UniProtKB: Chromosome transmission fidelity protein 18

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分子 #4: Sister chromatid cohesion protein DCC1

分子名称: Sister chromatid cohesion protein DCC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 44.133785 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSINLHSAPE YDPSYKLIQL TPELLDIIQD PVQNHQLRFK SLDKDKSEVV LCSHDKTWVL KQRKHSNTVL LMREFVPEQP ITFDETLLF GLSKPYMDVV GFAKTESEFE TRETHGELNL NSVPIYNGEL DFSDKIMKRS STKVIGTLEE LLENSPCSAL E GISKWHKI ...文字列:
MSINLHSAPE YDPSYKLIQL TPELLDIIQD PVQNHQLRFK SLDKDKSEVV LCSHDKTWVL KQRKHSNTVL LMREFVPEQP ITFDETLLF GLSKPYMDVV GFAKTESEFE TRETHGELNL NSVPIYNGEL DFSDKIMKRS STKVIGTLEE LLENSPCSAL E GISKWHKI GGSVKDGVLC ILSQDFLFKA LHVLLMSAMA ESLDLQHLNV EDTHHAVGKD IEDEFNPYTR EIIETVLNKF AV QEQEAEN NTWRLRIPFI AQWYGIQALR KYVSGISMPI DEFLIKWKSL FPPFFPCDID IDMLRGYHFK PTDKTVQYIA KST LPMDPK ERFKVLFRLQ SQWDLEDIKP LIEELNSRGM KIDSFIMKYA RRKRLGKKTV VTSR

UniProtKB: Sister chromatid cohesion protein DCC1

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES
1.0 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 75.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.4000000000000001 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio 3D reconstruction using cisTEM
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta) / 使用した粒子像数: 24967
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta)
最終 3次元分類クラス数: 8 / 平均メンバー数/クラス: 23594 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0 beta)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4m8o

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5okc

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6s2f:
Cryo-EM structure of Ctf18-1-8 in complex with the catalytic domain of DNA polymerase epsilon (Class 2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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