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- EMDB-10011: Atomic structure of the Epstein-Barr portal, structure II -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10011
タイトルAtomic structure of the Epstein-Barr portal, structure II
マップデータ
試料
  • 複合体: DNA packaging viral protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein
キーワードViral protein / DNA packaging protein
機能・相同性Herpesvirus portal protein / Herpesvirus UL6 like / chromosome organization / virion component / host cell nucleus / BBRF1 / Portal protein
機能・相同性情報
生物種Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Machon C / Fabrega-Ferrer M
資金援助 スペイン, 6件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessRYC-2011-09071 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU-2014-53550-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2017-83720-P スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesMDM-2014-0435 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesSEV-2013-0347 スペイン
European Commission653706
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Atomic structure of the Epstein-Barr virus portal.
著者: Cristina Machón / Montserrat Fàbrega-Ferrer / Daming Zhou / Ana Cuervo / José L Carrascosa / David I Stuart / Miquel Coll /
要旨: Herpesviridae is a vast family of enveloped DNA viruses that includes eight distinct human pathogens, responsible for diseases that range from almost asymptomatic to severe and life-threatening. ...Herpesviridae is a vast family of enveloped DNA viruses that includes eight distinct human pathogens, responsible for diseases that range from almost asymptomatic to severe and life-threatening. Epstein-Barr virus infects B-cells and epithelial cells, causing infectious mononucleosis, as well as a number of cancers. Epstein-Barr infection cannot be cured since neither vaccine nor antiviral drug treatments are available. All herpesviruses contain a linear double-stranded DNA genome, enclosed within an icosahedral capsid. Viral portal protein plays a key role in the procapsid assembly and DNA packaging. The portal is the entrance and exit pore for the viral genome, making it an attractive pharmacological target for the development of new antivirals. Here we present the atomic structure of the portal protein of Epstein-Barr virus, solved by cryo-electron microscopy at 3.5 Å resolution. The detailed architecture of this protein suggests that it plays a functional role in DNA retention during packaging.
履歴
登録2019年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0194
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0194
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rvs
  • 表面レベル: 0.0194
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10011.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0194 / ムービー #1: 0.0194
最小 - 最大-0.04229944 - 0.08922266
平均 (標準偏差)0.00044017527 (±0.0034643277)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 305.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.280305.280305.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0420.0890.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA packaging viral protein

全体名称: DNA packaging viral protein
要素
  • 複合体: DNA packaging viral protein
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein

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超分子 #1: DNA packaging viral protein

超分子名称: DNA packaging viral protein / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human gammaherpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)

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分子 #1: Portal protein

分子名称: Portal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Epstein-Barr virus (strain GD1) (ヘルペスウイルス)
株: GD1
分子量理論値: 68.539641 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MFNMNVDESA SGALGSSAIP VHPTPASVRL FEILQGKYAY VQGQTIYANL RNPGVFSRQV FTHLFKRAIS HCTYDDVLHD WNKFEACIQ KRWPSDDSCA SRFRESTFES WSTTMKLTVR DLLTTNIYRV LHSRSVLSYE RYVDWICATG MVPAVKKPIT Q ELHSKIKS ...文字列:
MFNMNVDESA SGALGSSAIP VHPTPASVRL FEILQGKYAY VQGQTIYANL RNPGVFSRQV FTHLFKRAIS HCTYDDVLHD WNKFEACIQ KRWPSDDSCA SRFRESTFES WSTTMKLTVR DLLTTNIYRV LHSRSVLSYE RYVDWICATG MVPAVKKPIT Q ELHSKIKS LRDRCVCREL GHERTIRSIG TELYEATKEI IESLNSTFIP QFTEVTIEYL PRSDEYVAYY CGRRIRLHVL FP PAIFAGT VTFDSPVQRL YQNIFMCYRT LEHAKICQLL NTAPLKAIVG HGGRDMYKDI LAHLEQNSQR KDPKKELLNL LVK LSENKT ISGVTDVVEE FITDASNNLV DRNRLFGQPG ETAAQGLKKK VSNTVVKCLT DQINEQFDQI NGLEKERELY LKKI RSMES QLQASLGPGG NNPAASAPAA VAAEAASVDI LTGSTASAIE KLFNSPSASL GARVSGHNES ILNSFVSQYI PPSRE MTKD LTELWESELF NTFKLTPVVD NQGQRLYVRY SSDTISILLG PFTYLVAELS PVELVTDVYA TLGIVEIIDE LYRSSR LAI YIEDLGRKYC PASATGGDHG IRQAPSARGD TEPDHAKSKP ARDPPPGAGS

UniProtKB: BBRF1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
50.0 mMTris-HCl
20.0 mM2-mercaptoethanol
500.0 mMNaCl
1.0 mMEDTA
0.05 % w/vn-Dodecyl-b-D-Maltoside
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C12 (12回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.59 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35063
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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