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万見
- EMDB-10008: Native encapsulin with bound dye decolourising peroxidase on thre... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10008
タイトルNative encapsulin with bound dye decolourising peroxidase on three fold axis
マップデータEncapsulin with Dyp on three fold axis
試料
  • 複合体: Encapsulin with bound DyP on three fold axis
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Kirykowicz AM / Woodward JD
資金援助 南アフリカ, 1件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation in South Africa92556 南アフリカ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural pipeline for the investigation of Mycobacterial protein complexes involved in the stationary phase stress response
著者: Kirykowicz AM / Woodward JD
履歴
登録2019年5月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月26日-
マップ公開2020年5月6日-
更新2020年5月6日-
現状2020年5月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0496
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0496
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10008.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10008.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Encapsulin with Dyp on three fold axis
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.84 Å/pix.
x 128 pix.
= 491.52 Å		3.84 Å/pix.
x 128 pix.
= 491.52 Å		3.84 Å/pix.
x 128 pix.
= 491.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0496 / ムービー #1: 0.0496
最小 - 最大-0.06991073 - 0.091429554
平均 (標準偏差)0.0003954494 (±0.011828498)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-64-64-64
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 491.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z3.843.843.84
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z491.520491.520491.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-64-64-64
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0700.0910.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Encapsulin with bound DyP on three fold axis

全体名称: Encapsulin with bound DyP on three fold axis
要素
  • 複合体: Encapsulin with bound DyP on three fold axis

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超分子 #1: Encapsulin with bound DyP on three fold axis

超分子名称: Encapsulin with bound DyP on three fold axis / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: C3 symmetry applied to native encapsulin particles
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
細胞中の位置: Cytoplasm
分子量実験値: 1.962 MDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 200 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate / 詳細: Sample washed/blotted with 2% UA and air-dried
詳細Negative stain

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 平均露光時間: 0.5 sec. / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / Cs: 1.2 mm / 倍率（公称値）: 29000
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 890 / 詳細: Manual picking
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

4175


詳細: Low pass filtered to 40 angstrom
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: Estimated from 3D spectra signal-to-noise ratio / 使用した粒子像数: 890
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / 詳細: Spider - matching against starting model
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / 詳細: 50 iterations of 15 degrees
最終 3次元分類詳細: No classification

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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