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万見
- EMDB-10001: CryoEM structure of modified Turnip Yellows Virus devoid of minor... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10001
タイトルCryoEM structure of modified Turnip Yellows Virus devoid of minor capsid protein readthrough domain
マップデータSharpened map
試料
  • ウイルス: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein
キーワードvirus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell plasmodesma / host cell periplasmic space / T=3 icosahedral viral capsid / viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Potato leaf roll virus readthrough protein / Potato leaf roll virus readthrough protein / Luteovirus group 1 coat protein / Luteovirus coat protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Readthrough protein P3-RTD
類似検索 - 構成要素
生物種Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.47 Å
データ登録者Trapani S / Lai Kee Him J
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INSB-05 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM structure of modified Turnip Yellows Virus devoid of minor capsid protein readthrough domain
著者: Trapani S / Lai Kee Him J / Boissinot S / Reinbold C / Fallet C / Ancelin A / Lecorre F / Hoh F / Ziegler-Graff V / Brault V / Bron P
履歴
登録2019年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月5日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2025年5月7日-
現状2025年5月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rtk
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10001.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10001.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 380 pix.
= 465.5 Å		1.23 Å/pix.
x 380 pix.
= 465.5 Å		1.23 Å/pix.
x 380 pix.
= 465.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.225 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.029754454 - 0.05907673
平均 (標準偏差)0.00001867729 (±0.0036415805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 465.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2251.2251.225
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z465.500465.500465.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.0300.0590.000

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_10001_additional.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half 1 map

ファイルemd_10001_half_map_1.map
注釈half_1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half 2 map

ファイルemd_10001_half_map_2.map
注釈half_2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Beet western yellows virus-FL1

全体名称: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein

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超分子 #1: Beet western yellows virus-FL1

超分子名称: Beet western yellows virus-FL1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12043 / 生物種: Beet western yellows virus-FL1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Major capsid protein

分子名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス) / 株: isolate FL-1
分子量理論値: 22.52252 KDa
配列文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVFS KDNLAGSSSG AITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS SQNSGSIAYE LDPHCKLNSL SSTINKFGIT KPGKRAFTAS Y INGTEWHD ...文字列:
MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVFS KDNLAGSSSG AITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS SQNSGSIAYE LDPHCKLNSL SSTINKFGIT KPGKRAFTAS Y INGTEWHD VAEDQFRILY KGNGSSSIAG SFRITIKCQF HNPK

UniProtKB: Major capsid protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 構成要素 - 濃度: 0.1 mol / L / 構成要素 - 名称: citrate
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.47 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 3003
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9q8j:
CryoEM structure of modified Turnip Yellows Virus devoid of minor capsid protein readthrough domain

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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