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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0920 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the human CALHM2 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of microglial cell activation / ATP export / calcium ion import / monoatomic cation channel activity / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of apoptotic process / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Demura K / Kusakizako T / Shihoya W / Hiraizumi M / Shimada H / Yamashita K / Nishizawa T / Nureki O | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of calcium homeostasis modulator channels in diverse oligomeric assemblies. 著者: Kanae Demura / Tsukasa Kusakizako / Wataru Shihoya / Masahiro Hiraizumi / Kengo Nomura / Hiroto Shimada / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Akiyuki Taruno / Osamu Nureki / 要旨: Calcium homeostasis modulator (CALHM) family proteins are Ca-regulated adenosine triphosphate (ATP)-release channels involved in neural functions including neurotransmission in gustation. Here, we ...Calcium homeostasis modulator (CALHM) family proteins are Ca-regulated adenosine triphosphate (ATP)-release channels involved in neural functions including neurotransmission in gustation. Here, we present the cryo-electron microscopy (EM) structures of killifish CALHM1, human CALHM2, and CLHM-1 at resolutions of 2.66, 3.4, and 3.6 Å, respectively. The CALHM1 octamer structure reveals that the N-terminal helix forms the constriction site at the channel pore in the open state and modulates the ATP conductance. The CALHM2 undecamer and CLHM-1 nonamer structures show the different oligomeric stoichiometries among CALHM homologs. We further report the cryo-EM structures of the chimeric construct, revealing that the intersubunit interactions at the transmembrane domain (TMD) and the TMD-intracellular domain linker define the oligomeric stoichiometry. These findings advance our understanding of the ATP conduction and oligomerization mechanisms of CALHM channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0920.map.gz | 3.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0920-v30.xml emd-0920.xml | 13.3 KB 13.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0920_fsc.xml | 6.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0920.png | 141.2 KB | ||
マスクデータ | emd_0920_msk_1.map | 26.2 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_0920_half_map_1.map.gz emd_0920_half_map_2.map.gz | 19.9 MB 19.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0920 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0920 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6lmuMC 0919C 0921C 0922C 0923C 6lmtC 6lmvC 6lmwC 6lmxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10444 (タイトル: Cryo-EM structures of calcium homeostasis modulator (CALHM) channels Data size: 6.8 TB Data #1: Unaligned movies for OlCALHM1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned movies for HsCALHM2 [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned movies for CeCLHM-1 [micrographs - multiframe] Data #4: Unaligned movies for OlCALHM1-HsCALHM2 chimera [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0920.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 26.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.36172 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0920_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_0920_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_0920_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CALHM2
全体 | 名称: CALHM2 |
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要素 |
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-超分子 #1: CALHM2
超分子 | 名称: CALHM2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 2
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.006367 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAALIAENFR FLSLFFKSKD VMIFNGLVAL GTVGSQELFS VVAFHCPCSP ARNYLYGLAA IGVPALVLFI IGIILNNHTW NLVAECQHR RTKNCSAAPT FLLLSSILGR AAVAPVTWSV ISLLRGEAYV CALSEFVDPS SLTAREEHFP SAHATEILAR F PCKENPDN ...文字列: MAALIAENFR FLSLFFKSKD VMIFNGLVAL GTVGSQELFS VVAFHCPCSP ARNYLYGLAA IGVPALVLFI IGIILNNHTW NLVAECQHR RTKNCSAAPT FLLLSSILGR AAVAPVTWSV ISLLRGEAYV CALSEFVDPS SLTAREEHFP SAHATEILAR F PCKENPDN LSDFREEVSR RLRYESQLFG WLLIGVVAIL VFLTKCLKHY CSPLSYRQEA YWAQYRANED QLFQRTAEVH SR VLAANNV RRFFGFVALN KDDEELIANF PVEGTQPRPQ WNAITGVYLY RENQGLPLYS RLHKWAQGLA GNGAAPDNVE MAL LPSENL YFQ |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |