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万見
- EMDB-0878: HPV chVLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0878
タイトルHPV chVLP
マップデータ
試料
  • ウイルス: Human papillomavirus (パピローマウイルス)
生物種Human papillomavirus (パピローマウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 26.1 Å
データ登録者Li SW / Liu XL
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of ChinaU1705283 中国
National Natural Science Foundation of China81701637 中国
Other government2018ZX09738008 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Rational design of a multi-valent human papillomavirus vaccine by capsomere-hybrid co-assembly of virus-like particles.
著者: Daning Wang / Xinlin Liu / Minxi Wei / Ciying Qian / Shuo Song / Jie Chen / Zhiping Wang / Qin Xu / Yurou Yang / Maozhou He / Xin Chi / Shiwen Huang / Tingting Li / Zhibo Kong / Qingbing ...著者: Daning Wang / Xinlin Liu / Minxi Wei / Ciying Qian / Shuo Song / Jie Chen / Zhiping Wang / Qin Xu / Yurou Yang / Maozhou He / Xin Chi / Shiwen Huang / Tingting Li / Zhibo Kong / Qingbing Zheng / Hai Yu / Yingbin Wang / Qinjian Zhao / Jun Zhang / Ningshao Xia / Ying Gu / Shaowei Li /
要旨: The capsid of human papillomavirus (HPV) spontaneously arranges into a T = 7 icosahedral particle with 72 L1 pentameric capsomeres associating via disulfide bonds between Cys175 and Cys428. Here, ...The capsid of human papillomavirus (HPV) spontaneously arranges into a T = 7 icosahedral particle with 72 L1 pentameric capsomeres associating via disulfide bonds between Cys175 and Cys428. Here, we design a capsomere-hybrid virus-like particle (chVLP) to accommodate multiple types of L1 pentamers by the reciprocal assembly of single C175A and C428A L1 mutants, either of which alone encumbers L1 pentamer particle self-assembly. We show that co-assembly between any pair of C175A and C428A mutants across at least nine HPV genotypes occurs at a preferred equal molar stoichiometry, irrespective of the type or number of L1 sequences. A nine-valent chVLP vaccine-formed through the structural clustering of HPV epitopes-confers neutralization titers that are comparable with that of Gardasil 9 and elicits minor cross-neutralizing antibodies against some heterologous HPV types. These findings may pave the way for a new vaccine design that targets multiple pathogenic variants or cancer cells bearing diverse neoantigens.
履歴
登録2019年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月6日-
マップ公開2020年5月6日-
更新2021年5月26日-
現状2021年5月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0878.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0878.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.128 Å
密度
表面レベル登録者による: 8.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-18.506945 - 20.636562
平均 (標準偏差)-0.08893871 (±2.244991)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-410-410-410
サイズ821821821
Spacing821821821
セルA=B=C: 926.088 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1281.1281.128
M x/y/z821821821
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z926.088926.088926.088
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-410-410-410
NC/NR/NS821821821
D min/max/mean-18.50720.637-0.089

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human papillomavirus

全体名称: Human papillomavirus (パピローマウイルス)
要素
  • ウイルス: Human papillomavirus (パピローマウイルス)

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超分子 #1: Human papillomavirus

超分子名称: Human papillomavirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 10566 / 生物種: Human papillomavirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 25.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 26.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 278
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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