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- EMDB-0873: Cryo-EM structure of Dnf1 from Chaetomium thermophilum in the E1-... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0873
タイトルCryo-EM structure of Dnf1 from Chaetomium thermophilum in the E1-ATP state
マップデータ
試料
  • 複合体: Heterodimer of Dnf1-Cdc50
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Cdc50
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードP-type ATPase / lipid flippase / LIPID TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / endosome membrane / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity ...phosphatidylserine floppase activity / phosphatidylethanolamine flippase activity / phosphatidylcholine floppase activity / P-type phospholipid transporter / phospholipid translocation / endosome membrane / magnesium ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site ...CDC50/LEM3 family / LEM3 (ligand-effect modulator 3) family / CDC50 family / P-type ATPase, subfamily IV / P-type ATPase, C-terminal / P-type ATPase, N-terminal / Phospholipid-translocating ATPase N-terminal / Phospholipid-translocating P-type ATPase C-terminal / Cation transport ATPase (P-type) / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipid-transporting ATPase DNF1 / Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit CDC50
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者He Y / Xu J
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31870835 中国
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2020
タイトル: Structures of a P4-ATPase lipid flippase in lipid bilayers.
著者: Yilin He / Jinkun Xu / Xiaofei Wu / Long Li /
履歴
登録2019年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月29日-
マップ公開2020年4月29日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lcr
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0873.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0873.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 87.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 284 pix.
= 299.62 Å		1.06 Å/pix.
x 284 pix.
= 299.62 Å		1.06 Å/pix.
x 284 pix.
= 299.62 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.1073686 - 0.18286814
平均 (標準偏差)0.00015012582 (±0.0030677575)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ284284284
Spacing284284284
セルA=B=C: 299.62 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0551.0551.055
M x/y/z284284284
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z299.620299.620299.620
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS284284284
D min/max/mean-0.1070.1830.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Heterodimer of Dnf1-Cdc50

全体名称: Heterodimer of Dnf1-Cdc50
要素
  • 複合体: Heterodimer of Dnf1-Cdc50
    • タンパク質・ペプチド: Phospholipid-transporting ATPase
    • タンパク質・ペプチド: Cdc50
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER
  • リガンド: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Heterodimer of Dnf1-Cdc50

超分子名称: Heterodimer of Dnf1-Cdc50 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)

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分子 #1: Phospholipid-transporting ATPase

分子名称: Phospholipid-transporting ATPase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: P-type phospholipid transporter
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 175.379531 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAPPQEEGGG NGTELSMQRS RWATRRLTVK SGARKRLSLM TRAQAKNSAT EKRQSGVTDD GSPAADGDQK EGSISSSNNG GSAPRKLYF NLPLPPELKD EEGHPIQQFP RNKIRTAKYT PLSFIPKNLW FQFHNIANIF FLFLVILVIF PIFGGVNPGL N SVPLIVII ...文字列:
MAPPQEEGGG NGTELSMQRS RWATRRLTVK SGARKRLSLM TRAQAKNSAT EKRQSGVTDD GSPAADGDQK EGSISSSNNG GSAPRKLYF NLPLPPELKD EEGHPIQQFP RNKIRTAKYT PLSFIPKNLW FQFHNIANIF FLFLVILVIF PIFGGVNPGL N SVPLIVII TVTAIKDAIE DYRRTILDIE LNNAPVHRLQ GWENVNVEKD NVSLWRRFKK ANSRFFGSIW HLIERLWKED AQ SMRQRFA SADPRMSIET RTAPWDPSHR RSVASHTEEI QMTPVPSPVP HDPDVPTVSS AIENEATLLQ NLKGDLINHE IPV SGKARF HKDAWKNLVV GDFVRIYNDD ELPADIIILA TSDPDGACYV ETKNLDGETN LKVRQALRCG RTLKHARDCE RAQF VIESE PPQPNLYKYN GAIRWKQRVP WDPHGEPREM SEPIGIDNLL LRGCHLRNTE WALGVVVFTG HDTKIMMNAG ITPSK RARI ARELNFNVIC NFGILLIMCL IAAIANGIAW GKTDASLAWF EYGSIGGTPA LTGFITFWAA VIVFQNLVPI SLYISL EIV RTLQAFFIYS DVGMYYEKID QPCIPKSWNI SDDVGQIEYI FSDKTGTLTQ NVMEFKKATI NGQPYGEAYT EAQAGMD RR RGINVEEEAK VIREEIAAAK VRAIRGLREL HDNPYLHDED MTFIAPDFVE DLAGKNGPEQ QQATEHFMLA LALCHTVV A EKQPGDPPKM IFKAQSPDEA ALVATARDMG FTVLGMSDGG INVNVMGKDM HFPVLSIIEF NSSRKRMSTI VRMPDGRIL LFCKGADSVI YSRLKKGEQA DMRRETAQHL EMFAVEGLRT LCIAERELSE EEYREWRREH DLAATALENR EEKLEEVADK IERDLTLLG GTAIEDRLQD GVPDTIALLA DAGIKLWVLT GDKVETAINI GFSCNLLNND MDLLRLQVNE SDASTEDDYL Q LAEEQLKT NLERFNMTGD DEELKRARKD HNAPSPTYAL VIDGFTLRWV LSDSLKQKFL LLCKQCKSVL CCRVSPAQKA AV VSMVKNG LDVMTLSIGD GANDVAMIQE ADVGVGIAGE EGRQAVMSSD FAIGQFRFLQ RLVLVHGRWS YRRLAETISN FFY KNMIWT WSIFWYQCYC NFDIAYIFEY TYILMFNLFF TSVPVILMGV LDQDVSDTVS LAVPQLYRRG IERKEWTQTK FWLY MIDGV YQSVMSFFIP FIFVVLTPTA AGNGLDVSER TRLGAYIAHP AVITINGYIL INTYRWDWLM LLSIVLSDVF IFFWT GVYT ATTYSAGFYQ AAPQVYQELT FWMCLIVTPA LCLLPRLVVK CIQKQRFPYD VDIIREQANR GDFAAADAAA VAALGG PER VEGESLGSLS SSGKGSGRSK KSKHQQYASV DEDRRPIYPP SIATHNTRAQ NGSDGTTYIM QSRTSTELQQ EMPFDRD RE EETPAVRPSI ERTRPSYDRI RRSIDRVRPS FEASNDFTSA ARLSRIESTH SSLGHTYSHQ RESYAGESSG AQQGQEPG Q RRFNLATVRK RGLSAFSKKS IDTTEGEPPR EPPM

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase DNF1

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分子 #2: Cdc50

分子名称: Cdc50 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 46.452312 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAPRRRRGAG QDGSDDGRSD SDAPKNRPPN TAFRQQRMRA WQCVLTPKLI VTVFSILAAI YLGFGAWLTY LAHTVRDLKI DYTDCLTSA PKDDFETIPQ NHITAHFSAK DSTFDPYKAQ WKTTEREVQV ANYTDNRQFC IVRFNIPEDL QPTISFFYYL E NFYQNHRR ...文字列:
MAPRRRRGAG QDGSDDGRSD SDAPKNRPPN TAFRQQRMRA WQCVLTPKLI VTVFSILAAI YLGFGAWLTY LAHTVRDLKI DYTDCLTSA PKDDFETIPQ NHITAHFSAK DSTFDPYKAQ WKTTEREVQV ANYTDNRQFC IVRFNIPEDL QPTISFFYYL E NFYQNHRR YVNSFNAKQL LGDAVDGKTI NDSTCDPITH DPKGTGKIVY PCGLVANSIF NDTFSSPLAL AVRNSSDSSR PY NMTTKGI AWPGLKDLYG KTSYSLDQIV PPPNWERRYK YGYQENNPPP DLKTDELFQN WMMLAAAPNF YKLYQKNDTH PML AGQYEI EIESNFDVTV YKGRKAFVIT TLSTMGSRNI WPGIIFLIVG GICLVLDIYF ILSFFIWRPR KLGDPSYLSW NQPS APGGH SS

UniProtKB: Phospholipid-transporting ATPase accessory subunit CDC50

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ACP
分子量理論値: 505.208 Da
Chemical component information

ChemComp-ACP:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / β,γ-メチレンATP / AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #7: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...

分子名称: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: P5S
分子量理論値: 792.075 Da
Chemical component information

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine / O-(1-O,2-O-ジステアロイル-L-グリセロ-3-ホスホ)セリン

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2397258
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 272912
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6lcr:
Cryo-EM structure of Dnf1 from Chaetomium thermophilum in the E1-ATP state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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