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- EMDB-0765: TRiC at 0.05 mM ADP-AlFx, Conformation 3, 0.05-C3 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0765
タイトルTRiC at 0.05 mM ADP-AlFx, Conformation 3, 0.05-C3
マップデータTRiC at 0.05 mM ADP-AlFx, Conformation 3, 0.05-C3
試料
  • 複合体: TRiC complex
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.18 Å
データ登録者Jin M / Cong Y
資金援助 中国, 4件
OrganizationGrant number国
National Basic Research Program of China(973 Program)2017YFA0503503 中国
National Natural Science Foundation of China31872714 中国
National Natural Science Foundation of China31670754 中国
National Natural Science Foundation of China31861143028 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: An ensemble of cryo-EM structures of TRiC reveal its conformational landscape and subunit specificity.
著者: Mingliang Jin / Wenyu Han / Caixuan Liu / Yunxiang Zang / Jiawei Li / Fangfang Wang / Yanxing Wang / Yao Cong /
要旨: TRiC/CCT assists the folding of ∼10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle and is essential in maintaining protein homeostasis. Here, we determined an ensemble of cryo- ...TRiC/CCT assists the folding of ∼10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle and is essential in maintaining protein homeostasis. Here, we determined an ensemble of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of yeast TRiC at various nucleotide concentrations, with 4 open-state maps resolved at near-atomic resolutions, and a closed-state map at atomic resolution, revealing an extra layer of an unforeseen N-terminal allosteric network. We found that, during TRiC ring closure, the CCT7 subunit moves first, responding to nucleotide binding; CCT4 is the last to bind ATP, serving as an ATP sensor; and CCT8 remains ADP-bound and is hardly involved in the ATPase-cycle in our experimental conditions; overall, yeast TRiC consumes nucleotide in a 2-ring positively coordinated manner. Our results depict a thorough picture of the TRiC conformational landscape and its allosteric transitions from the open to closed states in more structural detail and offer insights into TRiC subunit specificity in ATP consumption and ring closure, and potentially in substrate processing.
履歴
登録2019年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2019年10月9日-
現状2019年10月9日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.011
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0765.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0765.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TRiC at 0.05 mM ADP-AlFx, Conformation 3, 0.05-C3
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 196 pix.
= 258.328 Å		1.32 Å/pix.
x 196 pix.
= 258.328 Å		1.32 Å/pix.
x 196 pix.
= 258.328 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.318 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.011
最小 - 最大-0.03938426 - 0.062552676
平均 (標準偏差)0.000021615358 (±0.0051624784)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 258.328 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3181.3181.318
M x/y/z196196196
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z258.328258.328258.328
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS196196196
D min/max/mean-0.0390.0630.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRiC complex

全体名称: TRiC complex
要素
  • 複合体: TRiC complex

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超分子 #1: TRiC complex

超分子名称: TRiC complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#9 / 詳細: TRiC complex at 0.05 mM ADP-AlFx
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 960 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 24450
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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