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万見
- EMDB-0734: Spinach 80S ribosome -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0734
タイトルSpinach 80S ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Spinach 80S ribosome
生物種Spinacia olerac (ホウレンソウ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 34.0 Å
データ登録者Zhang J / Zhang D / Sun L / Ji G / Huang X / Niu T / Sun F
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31830020 中国
Ministry of Science and Technology (China)2017YFA0504702 中国
引用
ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2021
タイトル: VHUT-cryo-FIB, a method to fabricate frozen hydrated lamellae from tissue specimens for in situ cryo-electron tomography.
著者: Jianguo Zhang / Danyang Zhang / Lei Sun / Gang Ji / Xiaojun Huang / Tongxin Niu / Jiashu Xu / Chengying Ma / Yun Zhu / Ning Gao / Wei Xu / Fei Sun /
要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) provides a promising approach to study intact structures of macromolecules in situ, but the efficient preparation of high-quality cryosections represents a ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) provides a promising approach to study intact structures of macromolecules in situ, but the efficient preparation of high-quality cryosections represents a bottleneck. Although cryo-focused ion beam (cryo-FIB) milling has emerged for large and flat cryo-lamella preparation, its application to tissue specimens remains challenging. Here, we report an integrated workflow, VHUT-cryo-FIB, for efficiently preparing frozen hydrated tissue lamella that can be readily used in subsequent cryo-ET studies. The workflow includes vibratome slicing, high-pressure freezing, ultramicrotome cryo-trimming and cryo-FIB milling. Two strategies were developed for loading cryo-lamella via a side-entry cryo-holder or an FEI AutoGrid. The workflow was validated by using various tissue specimens, including rat skeletal muscle, rat liver and spinach leaf specimens, and in situ structures of ribosomes were obtained at nanometer resolution from the spinach and liver samples.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2019
タイトル: VHUT-cryo-FIB, a method to fabricate frozen-hydrated lamella 1of tissue specimen for in situcryo-electron tomography
著者: Zhang J / Zhang D / Sun L / Ji G / Huang X / Niu T / Sun F
履歴
登録2019年8月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月12日-
マップ公開2020年8月12日-
更新2021年7月21日-
現状2021年7月21日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.52
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0734.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0734.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.3 Å/pix.
x 84 pix.
= 445.2 Å		5.3 Å/pix.
x 84 pix.
= 445.2 Å		5.3 Å/pix.
x 84 pix.
= 445.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.52 / ムービー #1: 0.52
最小 - 最大-0.2550366 - 0.97346705
平均 (標準偏差)0.0414296 (±0.15774563)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ848484
Spacing848484
セルA=B=C: 445.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.35.35.3
M x/y/z848484
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z445.200445.200445.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS848484
D min/max/mean-0.2550.9730.041

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Spinach 80S ribosome

全体名称: Spinach 80S ribosome
要素
  • 複合体: Spinach 80S ribosome

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超分子 #1: Spinach 80S ribosome

超分子名称: Spinach 80S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Ribosomes were found in cryo-lamella of spinach leaf tissue.
由来(天然)生物種: Spinacia olerac (ホウレンソウ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: NITROGEN
詳細A puncher was used to cut a slice at about 2 mm diameter from the leaf of spinach. The leaf was then put in the recess of the carrier and frozen by HPF. A lamella was milled from the frozen sample through FIB. Tilt series data was collected on the lamella.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 34.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用したサブトモグラム数: 923
抽出トモグラム数: 3 / 使用した粒子像数: 1341
ソフトウェア: (名称: IMOD (ver. 4.9.2), RELION (ver. 1.4))
詳細: Particles were manually picked from reconstructed tomogram.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6ek0
PDB 未公開エントリ

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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