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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0708 | |||||||||
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タイトル | Apo Machupo virus polymerase homodimer | |||||||||
マップデータ | apo Machupo virus polymerase homodimer | |||||||||
試料 |
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生物種 | Machupo mammarenavirus (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Peng R / Xu X / Jing J / Peng Q / Gao GF / Shi Y | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structural insight into arenavirus replication machinery. 著者: Ruchao Peng / Xin Xu / Jiamei Jing / Min Wang / Qi Peng / Sheng Liu / Ying Wu / Xichen Bao / Peiyi Wang / Jianxun Qi / George F Gao / Yi Shi / 要旨: Arenaviruses can cause severe haemorrhagic fever and neurological diseases in humans and other animals, exemplified by Lassa mammarenavirus, Machupo mammarenavirus and lymphocytic choriomeningitis ...Arenaviruses can cause severe haemorrhagic fever and neurological diseases in humans and other animals, exemplified by Lassa mammarenavirus, Machupo mammarenavirus and lymphocytic choriomeningitis virus, posing great threats to public health. These viruses encode a large multi-domain RNA-dependent RNA polymerase for transcription and replication of the viral genome. Viral polymerases are one of the leading antiviral therapeutic targets. However, the structure of arenavirus polymerase is not yet known. Here we report the near-atomic resolution structures of Lassa and Machupo virus polymerases in both apo and promoter-bound forms. These structures display a similar overall architecture to influenza virus and bunyavirus polymerases but possess unique local features, including an arenavirus-specific insertion domain that regulates the polymerase activity. Notably, the ordered active site of arenavirus polymerase is inherently switched on, without the requirement for allosteric activation by 5'-viral RNA, which is a necessity for both influenza virus and bunyavirus polymerases. Moreover, dimerization could facilitate the polymerase activity. These findings advance our understanding of the mechanism of arenavirus replication and provide an important basis for developing antiviral therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0708.map.gz | 1.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0708-v30.xml emd-0708.xml | 14.9 KB 14.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0708_fsc.xml | 5.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0708.png | 55 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0708 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0708 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0708_validation.pdf.gz | 79.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0708_full_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0708_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0708 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0708 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0708.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 12.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | apo Machupo virus polymerase homodimer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.72 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Machupo virus polymerase
全体 | 名称: Machupo virus polymerase |
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要素 |
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-超分子 #1: Machupo virus polymerase
超分子 | 名称: Machupo virus polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Machupo mammarenavirus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 組換細胞: HiFive |
分子量 | 実験値: 500 KDa |
-分子 #1: Machupo virus polymerase
分子 | 名称: Machupo virus polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Machupo mammarenavirus (ウイルス) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
配列 | 文字列: MDEYVQELKG LIRKHIPERC EFGHQKVTFL SQVHPSPLLT EGFKLLSSLV ELESCEAHAC QANTDQRFVD VILSDNGILC PTLPKVIPDG FKLTGKTLIL LETFVRVNPD EFEKKWKADM SKLLNLKHDL QKSGVTLVPI VDGRSNYNNR FVADWVIERI RWLLIEILKA ...文字列: MDEYVQELKG LIRKHIPERC EFGHQKVTFL SQVHPSPLLT EGFKLLSSLV ELESCEAHAC QANTDQRFVD VILSDNGILC PTLPKVIPDG FKLTGKTLIL LETFVRVNPD EFEKKWKADM SKLLNLKHDL QKSGVTLVPI VDGRSNYNNR FVADWVIERI RWLLIEILKA SKSMLEIDIE DQEYQRLIHS LSNVKNQSLG LENLEHLKRN SLDYDERLNE SLFIGLKGDI RESTVREELI KLKLWFKDEV FSKGLGKFKL TDRRELLESL SSLGAHLDSD VSSCPFCNNK LMEIVYNVTF SCVERTDGVA TVDQQFSTTH SNIEKHYLSV LSLCNKIKGL KVFNTRRNTL LFLDLIMVNL MVDISDSCQD AIESLRKSGL IVGQMVMLVN DRVLDILEAV KLIRKKIGTN PNWVKNCSKI LERSHPEIWH HLSTLIKQPD FNSLISIAQH LVSDRPIMRY SVERGSDKIC RHKLFQEMSS FEQMRLFKTL SSISLSLINS MKTSFSSRLL VNEREFSKYF GNVRLRECYA QRFYLAESLV GFLFYQKTGE RSRCYSVYLS DNGVMSEQGS FYCDPKRFFL PVFSDEVLAG MCEEMTSWLD FDTGLMNDTG PILRLLVLAI LCSPSKRNQT FLQGLRYFLM AFANQIHHID LTSKLVVECK SSSEVVVQRL AVGLFIRLLS GESDASLFFS RRFKYLLNVS YLCHLITKET PDRLTDQIKC FEKFIEPKVK FGCAVVNPSL NGKLTVDQED IMINGLKKFF SKSLRDTEDV QTPGVCKELL NYCVSLFNRG KLKVSGELKN NPFRPNITST ALDLSSNKSV VIPKLDELGN ILSTYDKEKL VSACVSSMAE RFKTKGRYNL DPDSTDYLIL KNLTGLVSAG PKAKSTQEEL SLMYEALTEE QVESFNEIKH DVQVALAKMA DNSVNTRTKN LGRADNSVKN GNNPLDNLWS PFGVMKEIRA EVSLHEVKDF DPDVLPPEVY KELCDAVYKS SEKCNFFLEG VLDVCPLGLL LKNLTTSSYV DEEYFMCFKY LLIQGHFDQK LGSYEHKSRS RLGFTDETLR LKDEVRLSIR ESNSEAIADK LDKSYFTNAA LRNLCFYSED SPTEFTSISS NSGNLKFGLS YKEQVGSNRE LYVGDLNTKL MTRLVEDFSE AVGNSMKYTC LNSEKEFERA ICDMKMAVNN GDLSCSYDHS KWGPTMSPAL FLALLQMLEL RTPVDRSKID LDSVKSILKW HLHKVVEVPI NVAEAYCIGK LKRSLGLMGC GSTSLSEEFF HQTMQLNGQI PSHIMSVLDM GQGILHNTSD LYGLITEQFL CYALDLLYDV IPVSYTSSDD QITLIKTPSL DIEGGSDAAE WLEMICFHEF LSSKLNKFVS PKSVIGTFVA EFKSRFFVMG EETPLLTKFV AAALHNVKCK TPTQLSETID TICDQCIANG VSTKIVTRIS KRVNQLIRYS GYGETPFGAI EDQDVKDWVD GSRGYRLQRK IEAIFHDDKE TSFIRNCARK VFNDIKRGRI FEENLINLIG RGGDEALTGF LQYAGCSEQE VNRVLNYRWV NLSSFGDLRL VLRTKLMTSR RVLEREEVPT LIKTLQSKLS RNFTKGVKKI LAESINKSAF QSSVASGFIG FCKSMGSKCV RDGKGGFLYI KEVYSGVSAC TCEICALKPK IIYCNNSLNK VSQFSKPILW DYFSLVLTNA CELGEWVFST VKEPQKPLVL NNQNFFWAVK PKVVRQIEDQ LGMNHVLQSI RRNYPVLFDE HLTPFMNDLQ VSRTMDSGRL KFLDVCIALD MMNENLGIIS HLLKTRDNSV YIVKQSDCAL AHIRQSSYTD WELGLSPQQI CTNFKTQLVL SSMVNPLVLS TSCLKSFFWF NEVLELEDDS QIELAELTDF ALMVKNQNVS RAMFVEDIAM GYVVSNFEGV RISLSNVMVD GVQLPPQEKA PDIGELFGLK AENVIVGLVV QIDHVRMSTK FKLKRKMVYS FSLECIMDVG EIQNKEVILK VVAVDQSVSG SGGNHMLLDG VSVVASLPLF TGQASFDLAA MLIESNLAGS NDNFLMRNVT LDLGGFSPEL SDKYSYRLSG PENQEDPLVL KDGAFYVGGE RLSTYKVEFT GDLVVKALGA LEDDESVVSM LHQLWPYLKA TSQVILFQQE DFTIVHDLYK KQLTKSIESF GEWIEFTNFK VAYSKSLKEL VISDTQGSFR LKGVMCRPLA STPQVEDIE |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient |
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