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万見
- EMDB-0628: The axonemal doublet microtubule focusing on the inner junction r... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0628
タイトルThe axonemal doublet microtubule focusing on the inner junction region extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas wild type cilia
マップデータThe doublet microtubule focusing on the inner junction region of Chlamydomonas wild type cilia
試料
  • 細胞器官・細胞要素: The inner junction region of axonemal doublet microtubule averaged from Chlamydomonas wild type cilia
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.0 Å
データ登録者Lin J / Fu G / Nicastro D / Dymek EE / Porter M / Smith EF
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM112050 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM055667 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM083122 米国
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2019
タイトル: PACRG and FAP20 form the inner junction of axonemal doublet microtubules and regulate ciliary motility.
著者: Erin E Dymek / Jianfeng Lin / Gang Fu / Mary E Porter / Daniela Nicastro / Elizabeth F Smith /
要旨: We previously demonstrated that PACRG plays a role in regulating dynein-driven microtubule sliding in motile cilia. To expand our understanding of the role of PACRG in ciliary assembly and motility, ...We previously demonstrated that PACRG plays a role in regulating dynein-driven microtubule sliding in motile cilia. To expand our understanding of the role of PACRG in ciliary assembly and motility, we used a combination of functional and structural studies, including newly identified mutants. Using cryo-electron tomography we show that PACRG and FAP20 form the inner junction between the A- and B-tubule along the length of all nine ciliary doublet microtubules. The lack of PACRG and FAP20 also results in reduced assembly of inner-arm dynein IDA and the beak-MIP structures. In addition, our functional studies reveal that loss of PACRG and/or FAP20 causes severe cell motility defects and reduced in vitro microtubule sliding velocities. Interestingly, the addition of exogenous PACRG and/or FAP20 protein to isolated mutant axonemes restores microtubule sliding velocities, but not ciliary beating. Taken together, these studies show that PACRG and FAP20 comprise the inner junction bridge that serves as a hub for both directly modulating dynein-driven microtubule sliding, as well as for the assembly of additional ciliary components that play essential roles in generating coordinated ciliary beating.
履歴
登録2019年3月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年6月5日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0628.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0628.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The doublet microtubule focusing on the inner junction region of Chlamydomonas wild type cilia
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.52 Å/pix.
x 95 pix.
= 524.685 Å		5.52 Å/pix.
x 70 pix.
= 386.61 Å		5.52 Å/pix.
x 80 pix.
= 441.84 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.523 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 128 / ムービー #1: 128
最小 - 最大116.72943 - 137.5144
平均 (標準偏差)125.730934 (±4.1222625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-73-14-21
サイズ708095
Spacing807095
セルA: 441.83997 Å / B: 386.61 Å / C: 524.685 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.5235.5235.523
M x/y/z807095
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z441.840386.610524.685
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-14-73-21
NC/NR/NS807095
D min/max/mean116.729137.514125.731

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The inner junction region of axonemal doublet microtubule average...

全体名称: The inner junction region of axonemal doublet microtubule averaged from Chlamydomonas wild type cilia
要素
  • 細胞器官・細胞要素: The inner junction region of axonemal doublet microtubule averaged from Chlamydomonas wild type cilia

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超分子 #1: The inner junction region of axonemal doublet microtubule average...

超分子名称: The inner junction region of axonemal doublet microtubule averaged from Chlamydomonas wild type cilia
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
Organelle: cilia

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 298 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: back-side blotting for 1.5-2.5 seconds before plunging.
詳細Freshly isolated and demembranated cilia from Chlamydomonas wild type cells

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-15 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 1.57 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.2 µm / 倍率（補正後）: 26000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 23.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 2381
抽出トモグラム数: 19 / 使用した粒子像数: 2381 / ソフトウェア - 名称: MATLAB
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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