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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0542 | ||||||||||||
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タイトル | Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 1 (OA-1) | ||||||||||||
![]() | Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 1 (OA-1) | ||||||||||||
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機能・相同性 | ![]() cell outer membrane / toxin activity / periplasmic space / cell surface / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||||||||
![]() | Zhang K / Zhang H / Li S / Au S / Chiu W | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structures of vacuolating cytotoxin A oligomeric assemblies at near-atomic resolution. 著者: Kaiming Zhang / Huawei Zhang / Shanshan Li / Grigore D Pintilie / Tung-Chung Mou / Yuanzhu Gao / Qinfen Zhang / Henry van den Bedem / Michael F Schmid / Shannon Wing Ngor Au / Wah Chiu / ![]() ![]() 要旨: Human gastric pathogen () is the primary risk factor for gastric cancer and is one of the most prevalent carcinogenic infectious agents. Vacuolating cytotoxin A (VacA) is a key virulence factor ...Human gastric pathogen () is the primary risk factor for gastric cancer and is one of the most prevalent carcinogenic infectious agents. Vacuolating cytotoxin A (VacA) is a key virulence factor secreted by and induces multiple cellular responses. Although structural and functional studies of VacA have been extensively performed, the high-resolution structure of a full-length VacA protomer and the molecular basis of its oligomerization are still unknown. Here, we use cryoelectron microscopy to resolve 10 structures of VacA assemblies, including monolayer (hexamer and heptamer) and bilayer (dodecamer, tridecamer, and tetradecamer) oligomers. The models of the 88-kDa full-length VacA protomer derived from the near-atomic resolution maps are highly conserved among different oligomers and show a continuous right-handed β-helix made up of two domains with extensive domain-domain interactions. The specific interactions between adjacent protomers in the same layer stabilizing the oligomers are well resolved. For double-layer oligomers, we found short- and/or long-range hydrophobic interactions between protomers across the two layers. Our structures and other previous observations lead to a mechanistic model wherein VacA hexamer would correspond to the prepore-forming state, and the N-terminal region of VacA responsible for the membrane insertion would undergo a large conformational change to bring the hydrophobic transmembrane region to the center of the oligomer for the membrane channel formation. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 50.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 433.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 432.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6nyfMC ![]() 0543C ![]() 0544C ![]() 0545C ![]() 0546C ![]() 0547C ![]() 0548C ![]() 0549C ![]() 0550C ![]() 0551C ![]() 6nygC ![]() 6nyjC ![]() 6nylC ![]() 6nymC ![]() 6nynC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 3.9 TB Data #1: Helicobacter pylori vacuolating cytotoxin A [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 1 (OA-1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 1...
全体 | 名称: Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 1 (OA-1) |
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要素 |
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-超分子 #1: Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 1...
超分子 | 名称: Helicobacter pylori Vacuolating Cytotoxin A Oligomeric Assembly 1 (OA-1) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 88 KDa |
-分子 #1: Vacuolating cytotoxin autotransporter
分子 | 名称: Vacuolating cytotoxin autotransporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 88.463211 KDa |
配列 | 文字列: AFFTTVIIPA IVGGIATGTA VGTVSGLLGW GLKQAEEANK TPDKPDKVWR IQAGKGFNEF PNKEYDLYKS LLSSKIDGGW DWGNAATHY WIKGGQWNKL EVDMKDAVGT YKLSGLRNFT GGDLDVNMQK ATLRLGQFNG NSFTSYKDSA DRTTRVDFNA K NILIDNFL ...文字列: AFFTTVIIPA IVGGIATGTA VGTVSGLLGW GLKQAEEANK TPDKPDKVWR IQAGKGFNEF PNKEYDLYKS LLSSKIDGGW DWGNAATHY WIKGGQWNKL EVDMKDAVGT YKLSGLRNFT GGDLDVNMQK ATLRLGQFNG NSFTSYKDSA DRTTRVDFNA K NILIDNFL EINNRVGSGA GRKASSTVLT LQASEGITSS KNAEISLYDG ATLNLASNSV KLNGNVWMGR LQYVGAYLAP SY STINTSK VTGEVNFNHL TVGDHNAAQA GIIASNKTHI GTLDLWQSAG LNIIAPPEGG YKDKPNNTPS QSGAKNDKQE SSQ NNSNTQ VINPPNSTQK TEVQPTQVID GPFAGGKDTV VNIDRINTKA DGTIKVGGFK ASLTTNAAHL NIGKGGVNLS NQAS GRTLL VENLTGNITV DGPLRVNNQV GGYALAGSSA NFEFKAGVDT KNGTATFNND ISLGRFVNLK VDAHTANFKG IDTGN GGFN TLDFSGVTNK VNINKLITAS TNVAVKNFNI NELIVKTNGV SVGEYTHFSE DIGSQSRINT VRLETGTRSI FSGGVK FKS GEKLVIDEFY YSPWNYFDAR NIKNVEITRK FASSTPENPW GTSKLMFNNL TLGQNAVMDY SQFSNLTIQG DFINNQG TI NYLVRGGKVA TLNVGNAAAM MFNNDIDSAT GFYKPLIKIN SAQDLIKNTE HVLLKAKIIG YGNVSTGTNG ISNVNLEE Q FKERLALYNN NNRMDTCVVR NTDDIKACGM AIGNQSMVNN PDNYKYLIGK AWKNIGISKT ANGSKISVYY LGNSTPTEN GGNTTNLPTN TTNNARFASY A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | VacA OA-1 |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 13708 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 7.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: BACKBONE TRACE |
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得られたモデル | ![]() PDB-6nyf: |