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万見
- EMDB-0433: AMC011 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with fusion peptide targe... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0433
タイトルAMC011 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with fusion peptide targeting antibody ACS202 fragment antigen binding
マップデータsharpened map
試料
  • 複合体: Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen binding
    • 複合体: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp120
      • タンパク質・ペプチド: AMC011 v4.2 SOSIP gp120
    • 複合体: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp41
      • タンパク質・ペプチド: AMC011 v4.2 SOSIP gp41
    • 複合体: VRC34.01
      • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding kappa chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードHIV-1 Env / SOSIP / trimer / broadly neutralizing antibody / fusion peptide / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont entry into host cell / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Ozorowski G / de Val N / Cottrell CA / Copps J / Ward AB
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01 AI110657 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1115782 米国
Bill & Melinda Gates FoundationOPP1084519 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)F31 Al131873 米国
Other private109718-63-RKNT 米国
引用ジャーナル: Cell Host Microbe / 年: 2019
タイトル: Conformational Plasticity in the HIV-1 Fusion Peptide Facilitates Recognition by Broadly Neutralizing Antibodies.
著者: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / ...著者: Meng Yuan / Christopher A Cottrell / Gabriel Ozorowski / Marit J van Gils / Sonu Kumar / Nicholas C Wu / Anita Sarkar / Jonathan L Torres / Natalia de Val / Jeffrey Copps / John P Moore / Rogier W Sanders / Andrew B Ward / Ian A Wilson /
要旨: The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as ...The fusion peptide (FP) of HIV-1 envelope glycoprotein (Env) is essential for mediating viral entry. Detection of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) that interact with the FP has revealed it as a site of vulnerability. We delineate X-ray and cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of bnAb ACS202, from an HIV-infected elite neutralizer, with an FP and with a soluble Env trimer (AMC011 SOSIP.v4.2) derived from the same patient. We show that ACS202 CDRH3 forms a "β strand" interaction with the exposed hydrophobic FP and recognizes a continuous region of gp120, including a conserved N-linked glycan at N88. A cryo-EM structure of another previously identified bnAb VRC34.01 with AMC011 SOSIP.v4.2 shows that it also penetrates through glycans to target the FP. We further demonstrate that the FP can twist and present different conformations for recognition by bnAbs, which enables approach to Env from diverse angles. The variable recognition of FP by bnAbs thus provides insights for vaccine design.
履歴
登録2018年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6nc2
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0433.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0433.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å		1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å		1.03 Å/pix.
x 288 pix.
= 296.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.03 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.030829472 - 0.09938333
平均 (標準偏差)0.0015213995 (±0.008293105)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 296.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.031.031.03
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.640296.640296.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0310.0990.002

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0433_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_0433_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_0433_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen b...

全体名称: Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen binding
要素
  • 複合体: Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen binding
    • 複合体: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp120
      • タンパク質・ペプチド: AMC011 v4.2 SOSIP gp120
    • 複合体: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp41
      • タンパク質・ペプチド: AMC011 v4.2 SOSIP gp41
    • 複合体: VRC34.01
      • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding kappa chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen b...

超分子名称: Complex of AMC011 v4.2 SOSIP trimer and ACS202 fragment antigen binding
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 570 KDa

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超分子 #2: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp120

超分子名称: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp120 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #3: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp41

超分子名称: HIV-1 Env AMC011 v4.2 SOSIP gp41 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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超分子 #4: VRC34.01

超分子名称: VRC34.01 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: AMC011 v4.2 SOSIP gp120

分子名称: AMC011 v4.2 SOSIP gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 57.668938 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAEQLW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDARAYDTEV RNVWATHACV PTDPNPQEV VLENVTENFN MWKNNMVEQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCTDL RNATNTNATN TTSSSRGTME G GEIKNCSF ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARAEQLW VTVYYGVPVW KEATTTLFCA SDARAYDTEV RNVWATHACV PTDPNPQEV VLENVTENFN MWKNNMVEQM HEDIISLWDQ SLKPCVKLTP LCVTLNCTDL RNATNTNATN TTSSSRGTME G GEIKNCSF NITTSMRDKV QKEYALFYKL DVVPIKNDNT SYRLISCNTS VITQACPKVS FEPIPIHYCA PAGFAILKCN DK KFNGTGP CTNVSTVQCT HGIRPVVSTQ LLLNGSLAEE EVVIRSANFT DNAKIIIVQL NKSVEINCTR PNNNTRKSIH IGP GRWFYT TGEIIGDIRQ AHCNISGTKW NDTLKQIVVK LKEQFGNKTI VFNHSSGGDP EIVMHSFNCG GEFFYCNSTQ LFNS TWNDG SNYTGTIVLP CRIKQIVNMW QEVGKAMYAP PIKGQIRCSS NITGLILIRD GGKNRSENTE IFRPGGGDMR DNWRS ELYK YKVVKIEPLG IAPTKCKRRV VQRRRRRR

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分子 #2: AMC011 v4.2 SOSIP gp41

分子名称: AMC011 v4.2 SOSIP gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.300666 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RQLLSGIVQQ QNNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLKDQQ LLGIWGCSG KLICCTAVPW NTSWSNKSYN QIWNNMTWME WEREIDNYTS LIYTLIEDSQ NQQEKNEQEL LELD

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分子 #3: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding heavy chain

分子名称: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding heavy chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 27.392023 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MELGLRWVFL VAILEVHSQV QLVESGGGVV QPGGSLRLSC AASGFAFKDF GMHWVRQAPG KGLEWVAVIG GGHGQHQSYS ESVKGRFAI TRDNEKNKLY LHMDRLRTED TAVYYCAKDR LGRPWNIGGR LVYYYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF P LAPSSKST ...文字列:
MELGLRWVFL VAILEVHSQV QLVESGGGVV QPGGSLRLSC AASGFAFKDF GMHWVRQAPG KGLEWVAVIG GGHGQHQSYS ESVKGRFAI TRDNEKNKLY LHMDRLRTED TAVYYCAKDR LGRPWNIGGR LVYYYYGMDV WGQGTTVTVS SASTKGPSVF P LAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PS NTKVDKK VEPKSCD

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分子 #4: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding kappa chain

分子名称: Monoclonal antibody ACS202 fragment antigen binding kappa chain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.475658 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHCA IRMTQSPSSL SASVGDRVTI TCQASQDIKK SLNWYRQKPG KAPELLIHDA SILQTGVPSA FTASGSGTH FSFVINKLQP EDVGTYFCQE YENLQFTFGP GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHCA IRMTQSPSSL SASVGDRVTI TCQASQDIKK SLNWYRQKPG KAPELLIHDA SILQTGVPSA FTASGSGTH FSFVINKLQP EDVGTYFCQE YENLQFTFGP GTKVEIKRTV AAPSVFIFPP SDEQLKSGTA SVVCLLNNFY P REAKVQWK VDNALQSGNS QESVTEQDSK DSTYSLSSTL TLSKADYEKH KVYACEVTHQ GLSSPVTKSF NRGEC

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 30 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
50.0 mMTris
150.0 mMSodium chlorideNaCl
0.06 mMn-dodecyl beta-D-maltoside

詳細: Detergent (DDM) added immediately prior to grid preparation
グリッドモデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus 950 Plasma system
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細SEC purified sample after overnight incubation of molar excess Fab to trimer

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / 実像数: 1641 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 92.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.3 µm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4zmj


詳細: PDB coordinates converted to low pass filtered map
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D3 (2回x3回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 49878
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6nc2:
AMC011 v4.2 SOSIP Env trimer in complex with fusion peptide targeting antibody ACS202 fragment antigen binding

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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