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- EMDB-0383: Atomic structure of Non-Structural protein 1 of bluetongue virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0383
タイトルAtomic structure of Non-Structural protein 1 of bluetongue virus
マップデータNon-Structural protein 1 of bluetongue virus, primary map
試料
  • 複合体: Non-structural protein 1 (tubule)
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 1
キーワードBluetongue Virus Non-structural protein 1 / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Orbivirus non-structural protein NS1/hydrophobic tubular protein / Orbivirus non-structural protein NS1, or hydrophobic tubular protein / Non-structural protein NS1
機能・相同性情報
生物種Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス) / Bluetongue virus 23 (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Kerviel A / Ge P
資金援助 米国, 英国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI094386 米国
Wellcome Trust100218 英国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB140140 米国
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Atomic structure of the translation regulatory protein NS1 of bluetongue virus.
著者: Kerviel A / Ge P / Lai M / Jih J / Boyce M / Zhang X / Zhou ZH / Roy P
履歴
登録2018年12月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年3月13日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0314
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0314
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6n9y
  • 表面レベル: 0.0314
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6n9y
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0383.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Non-Structural protein 1 of bluetongue virus, primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å		1.07 Å/pix.
x 200 pix.
= 214. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0314 / ムービー #1: 0.0314
最小 - 最大-0.043510284 - 0.08262083
平均 (標準偏差)-0.0002076419 (±0.008804378)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 214.00002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z214.000214.000214.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0440.083-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Non-structural protein 1 (tubule)

全体名称: Non-structural protein 1 (tubule)
要素
  • 複合体: Non-structural protein 1 (tubule)
    • タンパク質・ペプチド: Non-structural protein 1

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超分子 #1: Non-structural protein 1 (tubule)

超分子名称: Non-structural protein 1 (tubule) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bluetongue virus (serotype 1 / isolate South Africa) (ウイルス)

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分子 #1: Non-structural protein 1

分子名称: Non-structural protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bluetongue virus 23 (ウイルス)
分子量理論値: 64.554984 KDa
配列文字列: MERFLRKYNI SGDYANATRT FLAISPQWTC SHLKRNCLFN GMCAKQNFER AMIAATDAEE PAKAYRLVEL AKEAMYDRET VWLQCFKSF SQPYEEDIEG KMKRCGAQLL EDYRKNGMMD EAVKQSALVN SERVRLDDSL SAMPYIYVPI KEGQIVNPTF I SRYRQIAY ...文字列:
MERFLRKYNI SGDYANATRT FLAISPQWTC SHLKRNCLFN GMCAKQNFER AMIAATDAEE PAKAYRLVEL AKEAMYDRET VWLQCFKSF SQPYEEDIEG KMKRCGAQLL EDYRKNGMMD EAVKQSALVN SERVRLDDSL SAMPYIYVPI KEGQIVNPTF I SRYRQIAY YFYSPNLADD WIDPNLFGIR GQHNQIKREI ERQVNTCPYT GYKGRVLQVM FLPIQLINFL RMDDFAKHFN RY ASMAIQQ YLRVGYAEEV RYVQQLFGKI PTGEFPLHHM MLMRRDFPTR DRSIVEARVR RSGDENWQSW LLPMIIVREG LDH QDRWEW LIDYMDRKHT CQLCYLKHSK QIPTCGVIDV RASELTGCSP FKTVKIEEHV GNNSVFETKL VRDEQIGRIG DHYY TTNCY TGAEALITTA IHIHRWIRGC GIWNDEGWRE GIFMLGRVLL RWELTKAQRS ALLRLFCFVC YGYAPRADGT IPDWN NLGS FLDTILKGPE LSEDEDERAY ATMFEMVRCI ITLCYAEKVH FAGFAAPACE SGEVINLAAR MSQMRMEY

UniProtKB: Non-structural protein NS1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態helical array

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
150.0 mMNaClSalt
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-19 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5006 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 8.83 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -17.50 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: D2 (2回x2回 2面回転対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 7800
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6n9y:
Atomic structure of Non-Structural protein 1 of bluetongue virus

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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