[日本語] English
万見
- EMDB-0329: Rea1 AAA2L-H2alpha deletion mutant in AMPPNP State -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0329
タイトルRea1 AAA2L-H2alpha deletion mutant in AMPPNP State
マップデータ
試料
  • 複合体: Rea1 (MIDASIN) AAA2L-H2alpha deletion mutant in AMPPNP State - electron density map
    • タンパク質・ペプチド: Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin
キーワードRea1 / Mdn1 / Midasin / AAA+ protein / ribosome maturation / molecular machine / MOTOR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm ...protein-RNA complex remodeling / regulation of ribosomal subunit export from nucleus / preribosome, large subunit precursor / ribosomal large subunit export from nucleus / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 ...Midasin / Midasin, AAA lid domain 7 / Midasin AAA lid domain 5 / : / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA lid domain / Midasin AAA+ ATPase lid domain / ATPase, dynein-related, AAA domain / AAA domain (dynein-related subfamily) / Sigma-54 interaction domain, ATP-binding site 1 / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.8 Å
データ登録者Sosnowski P / Urnavicius L
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyATIP-Avenir フランス
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: The CryoEM structure of the ribosome maturation factor Rea1.
著者: Piotr Sosnowski / Linas Urnavicius / Andreas Boland / Robert Fagiewicz / Johan Busselez / Gabor Papai / Helgo Schmidt /
要旨: The biogenesis of 60S ribosomal subunits is initiated in the nucleus where rRNAs and proteins form pre-60S particles. These pre-60S particles mature by transiently interacting with various assembly ...The biogenesis of 60S ribosomal subunits is initiated in the nucleus where rRNAs and proteins form pre-60S particles. These pre-60S particles mature by transiently interacting with various assembly factors. The ~5000 amino-acid AAA+ ATPase Rea1 (or Midasin) generates force to mechanically remove assembly factors from pre-60S particles, which promotes their export to the cytosol. Here we present three Rea1 cryoEM structures. We visualise the Rea1 engine, a hexameric ring of AAA+ domains, and identify an α-helical bundle of AAA2 as a major ATPase activity regulator. The α-helical bundle interferes with nucleotide-induced conformational changes that create a docking site for the substrate binding MIDAS domain on the AAA +ring. Furthermore, we reveal the architecture of the Rea1 linker, which is involved in force generation and extends from the AAA+ ring. The data presented here provide insights into the mechanism of one of the most complex ribosome maturation factors.
履歴
登録2018年10月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2018年12月12日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6i27
  • 表面レベル: 0.0136
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0329.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.64 Å/pix.
x 256 pix.
= 418.56 Å		1.64 Å/pix.
x 256 pix.
= 418.56 Å		1.64 Å/pix.
x 256 pix.
= 418.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.635 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0136 / ムービー #1: 0.0136
最小 - 最大-0.04023267 - 0.091280915
平均 (標準偏差)0.00014219039 (±0.002689103)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 418.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.6351.6351.635
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z418.560418.560418.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0400.0910.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Rea1 (MIDASIN) AAA2L-H2alpha deletion mutant in AMPPNP State - el...

全体名称: Rea1 (MIDASIN) AAA2L-H2alpha deletion mutant in AMPPNP State - electron density map
要素
  • 複合体: Rea1 (MIDASIN) AAA2L-H2alpha deletion mutant in AMPPNP State - electron density map
    • タンパク質・ペプチド: Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin

-
超分子 #1: Rea1 (MIDASIN) AAA2L-H2alpha deletion mutant in AMPPNP State - el...

超分子名称: Rea1 (MIDASIN) AAA2L-H2alpha deletion mutant in AMPPNP State - electron density map
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

-
分子 #1: Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin

分子名称: Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin,Midasin
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 546.53825 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)PSVPECFTI E KKSSYFII EPQDLSTKVA SICGVIVPKV HTIHDKVFYP LTFVPTHKTV SSLRQLGRKI QNSTPIMLIG KAGSGKTFLI NE LSKYMGC HDSIVKIHLG EQTDAKLLIG TYTSGDKPGT FEWRAGVLAT AVKEGRWVLI EDIDKAPTDV LSILLSLLEK REL TIPSRG ETVKAANGFQ LISTVRINED HQKDSSNKIY NLNMIGMRIW NVIELEEPSE EDLTHILAQK FPILTNLIPK LIDS YKNVK SIYMNTKFIS LNKGAHTRVV SVRDLIKLCE RLDILFKNNG INKPDQLIQS SVYDSIFSEA ADCFAGAIGE FKALE PIIQ AIGESLDIAS SRISLFLTQH VPTLENLDDS IKIGRAVLLK EKLNIQKKSM NSTLFAFTNH SLRLMEQISV CIQMTE PVL LVGETGTGKT TVVQQLAKML AKKLTVINVS QQTETGDLLG GYKPVNSKTV AVPIQENFET LFNATFSLKK NEKFHKM LH RCFNKNQWKN VVKLWNEAYK MAQSILKITN TENENENAKK KKRRLNTHEK KLLLDKWADF NDSVKKFEAQ SSSIENSF V FNFVEGSLVK TIRAGEWLLL DEVNLATADT LESISDLLTE PDSRSILLSE KGDAEPIKAH PDFRIFACMN PATDVGKRD LPMGIRSRFT EIYVHSPERD ITDLLSIIDK YIGKYSVSDE WVGNDIAELY LEAKKLSDNN TIVDGSNQKP HFSIRTLTRT LLYVTDIIH IYGLRRSLYD GFCMSFLTLL DQKSEAILKP VIEKFTLGRL KNVKSIMSQT PPSPGPDYVQ FKHYWMKKGP N TIQEQAHY IITPFVEKNM MNLVRATSGK RFPVLIQGPT SSGKTSMIKY LADITGHKFV RINNHEHTDL QEYLGTYVTD DT GKLSFKE GVLVEALRKG YWIVLDELNL APTDVLEALN RLLDDNRELF IPETQEVVHP HPDFLLFATQ NPPGIYGGRK ILS RAFRNR FLELHFDDIP QDELEIILRE RCQIAPSYAK KIVEVYRQLS IERSASRLFE QKNSFATLRD LFRWALRDAV GYEQ LAASG YMLLAERCRT PQEKVTVKKT LEKVMKVKLD MDQYYASLED KSLEAIGSVT WTKGMRRLSV LVSSCLKNKE PVLLV GETG CGKTTICQLL AQFMGRELIT LNAHQNTETG DILGAQRPVR NRSEIQYKLI KSLKTALNIA NDQDVDLKEL LQLYSK SDN KNIAEDVQLE IQKLRDSLNV LFEWSDGPLI QAMRTGNFFL LDEISLADDS VLERLNSVLE PERSLLLAEQ GSSDSLV TA SENFQFFATM NPGGDYGKKE LSPALRNRFT EIWVPSMEDF NDVNMIVSSR LLEDLKDLAN PIVKFSEWFG KKLGGGNA T SGVISLRDIL AWVEFINKVF PKIQNKSTAL IQGASMVFID ALGTNNTAYL AENENDLKSL RTECIIQLLK LCGDDLELQ QIETNEIIVT QDELQVGMFK IPRFPDAQSS SFNLTAPTTA SNLVRVVRAM QVHKPILLEG SPGVGKTSLI TALANITGNK LTRINLSEQ TDLVDLFGAD APGERSGEFL WHDAPFLRAM KKGEWVLLDE MNLASQSVLE GLNACLDHRG EAYIPELDIS F SCHPNFLV FAAQNPQYQG GGRKGLPKSF VNRFSVVFID MLTSDDLLLI AKHLYPSIEP DIIAKMIKLM STLEDQVCKR KL WGNSGSP WEFNLRDTLR WLKLLNQYSI CEDVDVFDFV DIIVKQRFRT ISDKNKAQLL IEDIFGKFST KENFFKLTED YVQ INNEVA LRNPHYRYPI TQNLFPLECN VAVYESVLKA INNNWPLVLV GPSNSGKTET IRFLASILGP RVDVFSMNSD IDSM DILGG YEQVDLTRQI SYITEELTNI VREIISMNMK LSPNATAIME GLNLLKYLLN NIVTPEKFQD FRNRFNRFFS HLEGH PLLK TMSMNIEKMT EIITKEASVK FEWFDGMLVK AVEKGHWLIL DNANLCSPSV LDRLNSLLEI DGSLLINECS QEDGQP RVL KPHPNFRLFL TMDPKYGELS RAMRNRGVEI YIDELHSRST AFDRLTLGFE LGENIDFVSI DDGIKKIKLN EPDMSIP LK HYVPSYLSRP CIFAQVHDIL LLSDEEPIEE SLAAVIPISH LGEVGKWANN VLNCTEYSEK KIAERLYVFI TFLTDMGV L EKINNLYKPA NLKFQKALGL HDKQLTEETV SLTLNEYVLP TVSKYSDKIK SPESLYLLSS LRLLLNSLNA LKLINEKST HGKIDELTYI ELSAAAFNGR HLKNIPRIPI FCILYNILTV MSENLKTESL FCGSNQYQYY WDLLVIVIAA LETAVTKDEA RLRVYKELI DSWIASVKSK SDIEITPFLN INLEFTDVLQ LSRGHSITLL WDIFRKNYPT TSNSWLAFEK LINLSEKFDK V RLLQFSES YNSIKDLMDV FRLLNDDVLN NKLSEFNLLL SKLEDGINEL ELISNKFLNK RKHYFADEFD NLIRYTFSVD TA ELIKELA PASSLATQKL TKLITNKYNY PPIFDVLWTE KNAKLTSFTS TIFSSQFLED VVRKSNNLKS FSGNQIKQSI SDA ELLLSS TIKCSPNLLK SQMEYYKNML LSWLRKVIDI HVGGDCLKLT LKELCSLIEE KTASETRVTF AEYIFPALDL AESS KSLEE LGEAWITFGT GLLLLFVPDS PYDPAIHDYV LYDLFLKTKT FSQNLMKSWR NVRKVISGDE EIFTEKLINT ISDDD APQS PRVYRTGMSI DSLFDEWMAF LSSTMSSRQI KELVSSYKCN SDQSDRRLEM LQQNSAHFLN RLESGYSKFA DLNDIL AGY IYSINFGFDL LKLQKSKDRA SFQISPLWSM DPINISCAEN VLSAYHELSR FFKKGDMEDT SIEKVLMYFL TLFKFHK RD TNLLEIFEAA LYTLYSRWSV RRFRQEQEEN EKSNMFKFND NSDDYEADFR KLFPDYEDTA LVTNEKDISS PENLDDIY F KLADTYISVF DKDHDANFSS ELKSGAIITT ILSEDLKNTR IEELKSGSLS AVINTLDAET QSFKNTEVFG NIDFYHDFS IPEFQKAGDI IETVLKSVLK LLKQWPEHAT LKELYRVSQE FLNYPIKTPL ARQLQKIEQI YTYLAEWEKY ASSEVSLNNT VKLITDLIV SWRKLELRTW KGLFNSEDAK TRKSIGKWWF YLYESIVISN FVSEKKETAP NATLLVSSLN LFFSKSTLGE F NARLDLVK AFYKHIQLIG LRSSKIAGLL HNTIKFYYQF KPLIDERITN GKKSLEKEID DIILLASWKD VNVDALKQSS RK SHNNLYK IVRKYRDLLN GDAKTIIEAG LLY(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)RNID TVASNMDSYL EKISSQEFPN FADLASDFYA EAERLRKETP NVYTKENKKR L AYLKTQKS KLLGDALKEL RRIGLKVNFR EDIQKVQSST TTILANIAPF NNEYLNSSDA FFFKILDLLP KLRSAASNPS DD IPVAAIE RGMALAQSLM FSLITVRHPL SEFTNDYCKI NGMMLDLEHF TCLKGDIVHS SLKANVDNVR LFEKWLPSLL DYA AQTLSV ISKYSATSEQ QKILLDAKST LSSFFVHFNS SRIFDSSFIE SYSRFELFIN ELLKKLENAK ETGNAFVFDI IIEW IKANK GGPIKKEQKR GPSVEDVEQA FRRTFTSIIL SFQKVIGDGI ESISETDDNW LSASFKKVMV NVKLLRSSVV SKNIE TALS LLKDFDFTTT ESIYVKSVIS FTLPVITRYY NAMTVVLERS RIYYTNTSRG MYILSTILHS LAKNGFCSPQ PPSEEV DDK NLQEGTGLGD GEGAQNNNKD VEQDEDLTED AQNENKEQQD KDERDDENED DAVEMEGDMA GELEDLSNGE ENDDEDT DS EEEELDEEID DLNEDDPNAI DDKMWDDKAS DNSKEKDTDQ NLDGKNQEED VQAAENDEQQ RDNKEGGDED PNAPEDGD E EIENDENAEE ENDVGEQEDE VKDEEGEDLE ANVPEIETLD LPEDMNLDSE HEESDEDVDM SDGMPDDLNK EEVGNEDEE VKQESGIESD NENDEPGPEE DAGETETALD EEEGAEEDVD MTNDEGKEDE ENGPEEQAMS DEEELKQDAA MEENKEKGGE QNTEGLDGV EEKADTEDID QEAAVQQDSG SKGAGADATD TQEQDDVGGS GTTQNTYEED QEDVTKNNEE SREEATAALK Q LGDSMKEY HRRRQDIKEA QTNGEEDENL EKNNERPDEF EHVEGANTET DTQALGSATQ DQLQTIDEDM AIDDDREEQE VD QKELVED ADDEKMDIDE EEMLSDIDAH DANNDVDSKK SGFIGKRKSE EDFENELSNE HFSADQEDDS EIQSLIENIE DNP PDASAS LTPERSLEES RELWHKSEIS TADLVSRLGE QLRLILEPTL ATKLKGDYKT GKRLNMKRII PYIASQFRKD KIWL RRTKP SKRQYQIMIA LDDSKSMSES KCVKLAFDSL CLVSKTLTQL EAGGLSIVKF GENIKEVHSF DQQFSNESGA RAFQW FGFQ ETKTDVKKLV AESTKIFERA RAMVHNDQWQ LEIVISDGIC EDHETIQKLV RRARENKIML VFVIIDGITS NESILD MSQ VNYIPDQYGN PQLKITKYLD TFPFEFYVVV HDISELPEML SLILRQYFTD LASS

UniProtKB: Midasin, Midasin

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMC8H18N2O4SHEPES
10.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium Acetate
5.0 mMC14H24N2O10EGTA
5.0 mMC4H10O2S2DTT
3.0 mMC10H17N6O12P3AMP-PNP

詳細: AMP-PNP was added 5 minute before the plunging
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 280 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / 球面収差補正装置: Titan Krios Cs Corrector / エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3712 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3840 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-36 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2479 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 201801
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab initio model reconstruction from 2d classification curated set of particles using Stochastic Gradient Descent as implemented in Relion
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 20724
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る