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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0149 | |||||||||
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タイトル | PTC3 holotoxin complex from Photorhabdus luminecens in prepore state (TcdA1, TcdB2, TccC3) | |||||||||
マップデータ | Photorhabdus luminescens ABC holotoxin Volume is filtered according to its local resolution | |||||||||
試料 |
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キーワード | pore forming toxin / translocation / bacterial toxin / a-PFT / Photorhabdus / ABC / TOXIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Photorhabdus luminescens (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.95 Å | |||||||||
データ登録者 | Gatsogiannis C / Merino F | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Tc toxin activation requires unfolding and refolding of a β-propeller. 著者: Christos Gatsogiannis / Felipe Merino / Daniel Roderer / David Balchin / Evelyn Schubert / Anne Kuhlee / Manajit Hayer-Hartl / Stefan Raunser / 要旨: Tc toxins secrete toxic enzymes into host cells using a unique syringe-like injection mechanism. They are composed of three subunits, TcA, TcB and TcC. TcA forms the translocation channel and the TcB- ...Tc toxins secrete toxic enzymes into host cells using a unique syringe-like injection mechanism. They are composed of three subunits, TcA, TcB and TcC. TcA forms the translocation channel and the TcB-TcC heterodimer functions as a cocoon that shields the toxic enzyme. Binding of the cocoon to the channel triggers opening of the cocoon and translocation of the toxic enzyme into the channel. Here we show in atomic detail how the assembly of the three components activates the toxin. We find that part of the cocoon completely unfolds and refolds into an alternative conformation upon binding. The presence of the toxic enzyme inside the cocoon is essential for its subnanomolar binding affinity for the TcA subunit. The enzyme passes through a narrow negatively charged constriction site inside the cocoon, probably acting as an extruder that releases the unfolded protein with its C terminus first into the translocation channel. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0149.map.gz | 208.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0149-v30.xml emd-0149.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0149.png | 123.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0149.cif.gz | 9.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0149 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0149 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0149_validation.pdf.gz | 215.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0149_full_validation.pdf.gz | 214.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0149_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0149 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0149 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0149.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Photorhabdus luminescens ABC holotoxin Volume is filtered according to its local resolution | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.14 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 ...
全体 | 名称: PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 x TccC3) |
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要素 |
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-超分子 #1: PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 ...
超分子 | 名称: PTC3 holotoxin complex in prepore state (5 x TcdA1, 1 x TcdB2, 1 x TccC3) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
-超分子 #2: TcdA1
超分子 | 名称: TcdA1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: 5 TcdA1 subunits in the holotoxin complex |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
-超分子 #3: TcdB2/TccC3
超分子 | 名称: TcdB2/TccC3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: 1 TcdB2/TccC3 monomer in the holotoxin complex |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
-分子 #1: TcdA1
分子 | 名称: TcdA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 283.229406 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL TELYREARNL HASDSVYYLD TRRPDLKSMA LSQQNMDIEL S TLSLSNEL ...文字列: MNESVKEIPD VLKSQCGFNC LTDISHSSFN EFRQQVSEHL SWSETHDLYH DAQQAQKDNR LYEARILKRA NPQLQNAVHL AILAPNAEL IGYNNQFSGR ASQYVAPGTV SSMFSPAAYL TELYREARNL HASDSVYYLD TRRPDLKSMA LSQQNMDIEL S TLSLSNEL LLESIKTESK LENYTKVMEM LSTFRPSGAT PYHDAYENVR EVIQLQDPGL EQLNASPAIA GLMHQASLLG IN ASISPEL FNILTEEITE GNAEELYKKN FGNIEPASLA MPEYLKRYYN LSDEELSQFI GKASNFGQQE YSNNQLITPV VNS SDGTVK VYRITREYTT NAYQMDVELF PFGGENYRLD YKFKNFYNAS YLSIKLNDKR ELVRTEGAPQ VNIEYSANIT LNTA DISQP FEIGLTRVLP SGSWAYAAAK FTVEEYNQYS FLLKLNKAIR LSRATELSPT ILEGIVRSVN LQLDINTDVL GKVFL TKYY MQRYAIHAET ALILCNAPIS QRSYDNQPSQ FDRLFNTPLL NGQYFSTGDE EIDLNSGSTG DWRKTILKRA FNIDDV SLF RLLKITDHDN KDGKIKNNLK NLSNLYIGKL LADIHQLTID ELDLLLIAVG EGKTNLSAIS DKQLATLIRK LNTITSW LH TQKWSVFQLF IMTSTSYNKT LTPEIKNLLD TVYHGLQGFD KDKADLLHVM APYIAATLQL SSENVAHSVL LWADKLQP G DGAMTAEKFW DWLNTKYTPG SSEAVETQEH IVQYCQALAQ LEMVYHSTGI NENAFRLFVT KPEMFGAATG AAPAHDALS LIMLTRFADW VNALGEKASS VLAAFEANSL TAEQLADAMN LDANLLLQAS IQAQNHQHLP PVTPENAFSC WTSINTILQW VNVAQQLNV APQGVSALVG LDYIQSMKET PTYAQWENAA GVLTAGLNSQ QANTLHAFLD ESRSAALSTY YIRQVAKAAA A IKSRDDLY QYLLIDNQVS AAIKTTRIAE AIASIQLYVN RALENVEENA NSGVISRQFF IDWDKYNKRY STWAGVSQLV YY PENYIDP TMRIGQTKMM DALLQSVSQS QLNADTVEDA FMSYLTSFEQ VANLKVISAY HDNINNDQGL TYFIGLSETD AGE YYWRSV DHSKFNDGKF AANAWSEWHK IDCPINPYKS TIRPVIYKSR LYLLWLEQKE ITKQTGNSKD GYQTETDYRY ELKL AHIRY DGTWNTPITF DVNKKISELK LEKNRAPGLY CAGYQGEDTL LVMFYNQQDT LDSYKNASMQ GLYIFADMAS KDMTP EQSN VYRDNSYQQF DTNNVRRVNN RYAEDYEIPS SVSSRKDYGW GDYYLSMVYN GDIPTINYKA ASSDLKIYIS PKLRII HNG YEGQKRNQCN LMNKYGKLGD KFIVYTSLGV NPNNSSNKLM FYPVYQYSGN TSGLNQGRLL FHRDTTYPSK VEAWIPG AK RSLTNQNAAI GDDYATDSLN KPDDLKQYIF MTDSKGTATD VSGPVEINTA ISPAKVQIIV KAGGKEQTFT ADKDVSIQ P SPSFDEMNYQ FNALEIDGSG LNFINNSASI DVTFTAFAED GRKLGYESFS IPVTLKVSTD NALTLHHNEN GAQYMQWQS YRTRLNTLFA RQLVARATTG IDTILSMETQ NIQEPQLGKG FYATFVIPPY NLSTHGDERW FKLYIKHVVD NNSHIIYSGQ LTDTNINIT LFIPLDDVPL NQDYHAKVYM TFKKSPSDGT WWGPHFVRDD KGIVTINPKS ILTHFESVNV LNNISSEPMD F SGANSLYF WELFYYTPML VAQRLLHEQN FDEANRWLKY VWSPSGYIVH GQIQNYQWNV RPLLEDTSWN SDPLDSVDPD AV AQHDPMH YKVSTFMRTL DLLIARGDHA YRQLERDTLN EAKMWYMQAL HLLGDKPYLP LSTTWSDPRL DRAADITTQN AHD SAIVAL RQNIPTPAPL SLRSANTLTD LFLPQINEVM MNYWQTLAQR VYNLRHNLSI DGQPLYLPIY ATPADPKALL SAAV ATSQG GGKLPESFMS LWRFPHMLEN ARGMVSQLTQ FGSTLQNIIE RQDAEALNAL LQNQAAELIL TNLSIQDKTI EELDA EKTV LEKSKAGAQS RFDSYGKLYD ENINAGENQA MTLRASAAGL TTAVQASRLA GAAADLVPNI FGFAGGGSRW GAIAEA TGY VMEFSANVMN TEADKISQSE TYRRRRQEWE IQRNNAEAEL KQIDAQLKSL AVRREAAVLQ KTSLKTQQEQ TQSQLAF LQ RKFSNQALYN WLRGRLAAIY FQFYDLAVAR CLMAEQAYRW ELNDDSARFI KPGAWQGTYA GLLAGETLML SLAQMEDA H LKRDKRALEV ERTVSLAEVY AGLPKDNGPF SLAQEIDKLV SQGSGSAGSG NNNLAFGAGT DTKTSLQASV SFADLKIRE DYPASLGKIR RIKQISVTLP ALLGPYQDVQ AILSYGDKAG LANGCEALAV SHGMNDSGQF QLDFNDGKFL PFEGIAIDQG TLTLSFPNA SMPEKGKQAT MLKTLNDIIL HIRYTIK UniProtKB: TcdA1 |
-分子 #2: TcdB2,TccC3
分子 | 名称: TcdB2,TccC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 273.678656 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQNSQDFSIT ELSLPKGGGA ITGMGEALTP TGPDGMAALS LPLPISAGRG YAPAFTLNYN SGAGNSPFGL GWDCNVMTIR RRTHFGVPH YDETDTFLGP EGEVLVVADQ PRDESTLQGI NLGATFTVTG YRSRLESHFS RLEYWQPKTT GKTDFWLIYS P DGQVHLLG ...文字列: MQNSQDFSIT ELSLPKGGGA ITGMGEALTP TGPDGMAALS LPLPISAGRG YAPAFTLNYN SGAGNSPFGL GWDCNVMTIR RRTHFGVPH YDETDTFLGP EGEVLVVADQ PRDESTLQGI NLGATFTVTG YRSRLESHFS RLEYWQPKTT GKTDFWLIYS P DGQVHLLG KSPQARISNP SQTTQTAQWL LEASVSSRGE QIYYQYRAED DTGCEADEIT HHLQATAQRY LHIVYYGNRT AS ETLPGLD GSAPSQADWL FYLVFDYGER SNNLKTPPAF STTGSWLCRQ DRFSRYEYGF EIRTRRLCRQ VLMYHHLQAL DSK ITEHNG PTLVSRLILN YDESAIASTL VFVRRVGHEQ DGNVVTLPPL ELAYQDFSPR HHAHWQPMDV LANFNAIQRW QLVD LKGEG LPGLLYQDKG AWWYRSAQRL GEIGSDAVTW EKMQPLSVIP SLQSNASLVD INGDGQLDWV ITGPGLRGYH SQRPD GSWT RFTPLNALPV EYTHPRAQLA DLMGAGLSDL VLIGPKSVRL YANTRDGFAK GKDVVQSGDI TLPVPGADPR KLVAFS DVL GSGQAHLVEV SATKVTCWPN LGRGRFGQPI TLPGFSQPAT EFNPAQVYLA DLDGSGPTDL IYVHTNRLDI FLNKSGN GF AEPVTLRFPE GLRFDHTCQL QMADVQGLGV ASLILSVPHM SPHHWRCDLT NMKPWLLNEM NNNMGVHHTL RYRSSSQF W LDEKAAALTT GQTPVCYLPF PIHTLWQTET EDEISGNKLV TTLRYARGAW DGREREFRGF GYVEQTDSHQ LAQGNAPER TPPALTKNWY ATGLPVIDNA LSTEYWRDDQ AFAGFSPRFT TWQDNKDVPL TPEDDNSRYW FNRALKGQLL RSELYGLDDS TNKHVPYTV TEFRSQVRRL QHTDSRYPVL WSSVVESRNY HYERIASDPQ CSQNITLSSD RFGQPLKQLS VQYPRRQQPA I NLYPDTLP DKLLANSYDD QQRQLRLTYQ QSSWHHLTNN TVRVLGLPDS TRSDIFTYGA ENVPAGGLNL ELLSDKNSLI AD DKPREYL GQQKTAYTDG QNTTPLQTPT RQALIAFTET TVFNQSTLSA FNGSIPSDKL STTLEQAGYQ QTNYLFPRTG EDK VWVAHH GYTDYGTAAQ FWRPQKQSNT QLTGKITLIW DANYCVVVQT RDAAGLTTSA KYDWRFLTPV QLTDINDNQH LITL DALGR PITLRFWGTE NGKMTGYSSP EKASFSPPSD VNAAIELKKP LPVAQCQVYA PESWMPVLSQ KTFNRLAEQD WQKLY NARI ITEDGRICTL AYRRWVQSQK AIPQLISLLN NGPRLPPHSL TLTTDRYDHD PEQQIRQQVV FSDGFGRLLQ AAARHE AGM ARQRNEDGSL IINVQHTENR WAVTGRTEYD NKGQPIRTYQ PYFLNDWRYV SNDSARQEKE AYADTHVYDP IGREIKV IT AKGWFRRTLF TPWFTVNEDE NDTAAEVKKV KMMKNIDPKL YQKTPTVSVY DNRGLIIRNI DFHRTTANGD PDTRITRH Q YDIHGHLNQS IDPRLYEAKQ TNNTIKPNFL WQYDLTGNPL CTESIDAGRT VTLNDIEGRP LLTVTATGVI QTRQYETSS LPGRLLSVAE QTPEEKTSRI TERLIWAGNT EAEKDHNLAG QCVRHYDTAG VTRLESLSLT GTVLSQSSQL LIDTQEANWT GDNETVWQN MLADDIYTTL STFDATGALL TQTDAKGNIQ RLAYDVAGQL NGSWLTLKGQ TEQVIIKSLT YSAAGQKLRE E HGNDVITE YSYEPETQRL IGIKTRRPSD TKVLQDLRYE YDPVGNVISI RNDAEATRFW HNQKVMPENT YTYDSLYQLI SA TGREMAN IGQQSHQFPS PALPSDNNTY TNYTRTYTYD RGGNLTKIQH SSPATQNNYT TNITVSNRSN RAVLSTLTED PAQ VDALFD AGGHQNTLIS GQNLNWNTRG ELQQVTLVKR DKGANDDREW YRYSGDGRRM LKINEQQASN NAQTQRVTYL PNLE LRLTQ NSTATTEDLQ VITVGEAGRA QVRVLHWESG KPEDIDNNQL RYSYDNLIGS SQLELDSEGQ IISEEEYYPY GGTAL WAAR NQTEASYKTI RYSGKERDAT GLYYYGYRYY QPWIGRWLSS DPAGTIDGLN LYRMVRNNPV TLLDPDGLMP TIAERI AAL KKNKVTDSAP SPANATNVAI NIRPPVAPKP SLPKASTSSQ PTTHPIGAAN IKPTTSGSSI VAPLSPVGNK STSEISL PE SAQSSSSSTT STNLQKKSFT LYRADNRSFE EMQSKFPEGF KAWTPLDTKM ARQFASIFIG QKDTSNLPKE TVKNISTW G AKPKLKDLSN YIKYTKDKST VWVSTAINTE AGGQSSGAPL HKIDMDLYEF AIDGQKLNPL PEGRTKNMVP SLLLDTPQI ETSSIIALNH GPVNDAEISF LTTIPLKNVK PHKR UniProtKB: TcdB2, TccC3 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 94 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: blot 3 sec before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 3068 / 平均電子線量: 2.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 68.03 / 当てはまり具合の基準: Model to Map FSC | ||||||||||||||
得られたモデル | PDB-6h6e: |