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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0115 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the 32 triskelia sweet potato clathrin coat complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Sus scrofa (ブタ) / pig (ブタ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 23.68 Å | |||||||||
データ登録者 | Morris KL / Smith CJ | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019 タイトル: Cryo-EM of multiple cage architectures reveals a universal mode of clathrin self-assembly. 著者: Kyle L Morris / Joseph R Jones / Mary Halebian / Shenping Wu / Michael Baker / Jean-Paul Armache / Amaurys Avila Ibarra / Richard B Sessions / Alexander D Cameron / Yifan Cheng / Corinne J Smith / 要旨: Clathrin forms diverse lattice and cage structures that change size and shape rapidly in response to the needs of eukaryotic cells during clathrin-mediated endocytosis and intracellular trafficking. ...Clathrin forms diverse lattice and cage structures that change size and shape rapidly in response to the needs of eukaryotic cells during clathrin-mediated endocytosis and intracellular trafficking. We present the cryo-EM structure and molecular model of assembled porcine clathrin, providing insights into interactions that stabilize key elements of the clathrin lattice, namely, between adjacent heavy chains, at the light chain-heavy chain interface and within the trimerization domain. Furthermore, we report cryo-EM maps for five different clathrin cage architectures. Fitting structural models to three of these maps shows that their assembly requires only a limited range of triskelion leg conformations, yet inherent flexibility is required to maintain contacts. Analysis of the protein-protein interfaces shows remarkable conservation of contact sites despite architectural variation. These data reveal a universal mode of clathrin assembly that allows variable cage architecture and adaptation of coated vesicle size and shape during clathrin-mediated vesicular trafficking or endocytosis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0115.map.gz | 58 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0115-v30.xml emd-0115.xml | 22.2 KB 22.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0115_fsc.xml | 18 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0115.png | 170.3 KB | ||
マスクデータ | emd_0115_msk_1.map | 476.8 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_0115_additional.map.gz emd_0115_additional_1.map.gz emd_0115_half_map_1.map.gz emd_0115_half_map_2.map.gz | 380.6 MB 380.6 MB 380 MB 380.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0115 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0115 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0115_validation.pdf.gz | 429.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0115_full_validation.pdf.gz | 429.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0115_validation.xml.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0115 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0115 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 0114C 0116C 0118C 0120C 0121C 0122C 0123C 0124C 0125C 0126C 6sctC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10294 (タイトル: Single particle cryo-EM dataset of clathrin cages with phase flipping suitable for refinement Data size: 11.9 Data #1: Clathrin cage particle images with phase flipping [picked particles - single frame - processed]) EMPIAR-10295 (タイトル: Single particle cryo-EM dataset of clathrin cages suitable for subparticle extraction Data size: 19.9 Data #1: Clathrin cage particle images - 36 D6 barrel [picked particles - multiframe - unprocessed] Data #2: Clathrin cage particle images - 32 sweet potato [picked particles - multiframe - unprocessed] Data #3: Clathrin cage particle images - 28 mini coat [picked particles - multiframe - unprocessed] Data #4: Clathrin cage particle images - 36 tennis ball [picked particles - multiframe - unprocessed] Data #5: Clathrin cage particle images - 37 big apple [picked particles - multiframe - unprocessed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0115.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 476.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.705 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0115_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Whole cage autorefine and map used for mask creation.
ファイル | emd_0115_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Whole cage autorefine and map used for mask creation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Whole cage autorefine and map used for mask creation.
ファイル | emd_0115_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Whole cage autorefine and map used for mask creation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Phase flipped whole cage half map.
ファイル | emd_0115_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Phase flipped whole cage half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Phase flipped whole cage half map.
ファイル | emd_0115_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Phase flipped whole cage half map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes
全体 | 名称: Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes |
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要素 |
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-超分子 #1: Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes
超分子 | 名称: Assembly of clathrin heavy and light chain into coat complexes タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: BRAIN |
分子量 | 理論値: 20.2 MDa |
-分子 #1: clathrin heavy chain
分子 | 名称: clathrin heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: pig (ブタ) / 器官: BRAIN |
配列 | 文字列: MAQILPIRFQ EHLQLQNLGI NPANIGFSTL TMESDKFICI REKVGEQAQV VIIDMNDPSN PIRRPISAD SAIMNPASKV IALKAGKTLQ IFNIEMKSKM KAHTMTDDVT FWKWISLNTV A LVTDNAVY HWSMEGESQP VKMFDRHSSL AGCQIINYRT DAKQKWLLLT ...文字列: MAQILPIRFQ EHLQLQNLGI NPANIGFSTL TMESDKFICI REKVGEQAQV VIIDMNDPSN PIRRPISAD SAIMNPASKV IALKAGKTLQ IFNIEMKSKM KAHTMTDDVT FWKWISLNTV A LVTDNAVY HWSMEGESQP VKMFDRHSSL AGCQIINYRT DAKQKWLLLT GISAQQNRVV GA MQLYSVD RKVSQPIEGH AASFAQFKME GNAEESTLFC FAVRGQAGGK LHIIEVGTPP TGN QPFPKK AVDVFFPPEA QNDFPVAMQI SEKHDVVFLI TKYGYIHLYD LETGTCIYMN RISG ETIFV TAPHEATAGI IGVNRKGQVL SVCVEEENII PYITNVLQNP DLALRMAVRN NLAGA EELF ARKFNALFAQ GNYSEAAKVA ANAPKGILRT PDTIRRFQSV PAQPGQTSPL LQYFGI LLD QGQLNKYESL ELCRPVLQQG RKQLLEKWLK EDKLECSEEL GDLVKSVDPT LALSVYL RA NVPNKVIQCF AETGQVQKIV LYAKKVGYTP DWIFLLRNVM RISPDQGQQF AQMLVQDE E PLADITQIVD VFMEYNLIQQ CTAFLLDALK NNRPSEGPLQ TRLLEMNLMH APQVADAIL GNQMFTHYDR AHIAQLCEKA GLLQRALEHF TDLYDIKRAV VHTHLLNPEW LVNYFGSLSV EDSLECLRA MLSANIRQNL QICVQVASKY HEQLSTQSLI ELFESFKSFE GLFYFLGSIV N FSQDPDVH FKYIQAACKT GQIKEVERIC RESNCYDPER VKNFLKEAKL TDQLPLIIVC DR FDFVHDL VLYLYRNNLQ KYIEIYVQKV NPSRLPVVIG GLLDVDCSED VIKNLILVVR GQF STDELV AEVEKRNRLK LLLPWLEARI HEGCEEPATH NALAKIYIDS NNNPERFLRE NPYY DSRVV GKYCEKRDPH LACVAYERGQ CDLELINVCN ENSLFKSLSR YLVRRKDPEL WGSVL LESN PYRRPLIDQV VQTALSETQD PEEVSVTVKA FMTADLPNEL IELLEKIVLD NSVFSE HRN LQNLLILTAI KADRTRVMEY INRLDNYDAP DIANIAISNE LFEEAFAIFR KFDVNTS AV QVLIEHIGNL DRAYEFAERC NEPAVWSQLA KAQLQKGMVK EAIDSYIKAD DPSSYMEV V QAANTSGNWE ELVKYLQMAR KKARESYVET ELIFALAKTN RLAELEEFIN GPNNAHIQQ VGDRCYDEKM YDAAKLLYNN VSNFGRLAST LVHLGEYQAA VDGARKANST RTWKEVCFAC VDGKEFRLA QMCGLHIVVH ADELEELINY YQDRGYFEEL ITMLEAALGL ERAHMGMFTE L AILYSKFK PQKMREHLEL FWSRVNIPKV LRAAEQAHLW AELVFLYDKY EEYDNAIITM MN HPTDAWK EGQFKDIITK VANVELYYRA IQFYLEFKPL LLNDLLMVLS PRLDHTRAVN YFS KVKQLP LVKPYLRSVQ NHNNKSVNES LNNLFITEED YQALRTSIDA YDNFDNISLA QRLE KHELI EFRRIAAYLF KGNNRWKQSV ELCKKDSLYK DAMQYASESK DTELAEELLQ WFLQE EKRE CFGACLFTCY DLLRPDVVLE TAWRHNIMDF AMPYFIQVMK EYLTKVDKLD ASESLR KEE EQATETQPIV YGQPQLMLTA GPSVAVPPQA PFGYGYTAPP YGQPQPGFGY SM |
-分子 #2: clathrin light chain b
分子 | 名称: clathrin light chain b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: pig (ブタ) / 器官: BRAIN |
配列 | 文字列: MADDFGFFSS SESGAPEVAE EDPAAAFLAQ QESEIAGIEN DEGFGAPAGS QAALAQPGPA SGAGPEDMGT TVNGDVFQDA NGPADGYAAI AQADRLTQEP ESIRKWREEQ RKRLQELDAA SKVTEQEWRE KAKKDLEEWN QRQSEQVEKN KINNRIADKA FYQQPDADII ...文字列: MADDFGFFSS SESGAPEVAE EDPAAAFLAQ QESEIAGIEN DEGFGAPAGS QAALAQPGPA SGAGPEDMGT TVNGDVFQDA NGPADGYAAI AQADRLTQEP ESIRKWREEQ RKRLQELDAA SKVTEQEWRE KAKKDLEEWN QRQSEQVEKN KINNRIADKA FYQQPDADII GYVASEEAFV KESKEETPGT EWEKVAQLCD FNPKSSKQCK DVSRLRSVLM SLKQTPLSR |
-分子 #3: clathrin light chain a
分子 | 名称: clathrin light chain a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: pig (ブタ) / 器官: BRAIN |
配列 | 文字列: MADLDPFGAP AGPSLGNGVA GEEDPAAAFL AQQESEIAGI ENDEAFAILD GGAPGPQPHG EPPGGPDAV DGVMNGEYYQ ESNGPTDSYA AISQVDRLQS EPESIRKWRE EQTERLEALD A NSRKQEAE WKEKAIKELE EWYARQDEQL QKTKANNRVA DEAFYKQPFA ...文字列: MADLDPFGAP AGPSLGNGVA GEEDPAAAFL AQQESEIAGI ENDEAFAILD GGAPGPQPHG EPPGGPDAV DGVMNGEYYQ ESNGPTDSYA AISQVDRLQS EPESIRKWRE EQTERLEALD A NSRKQEAE WKEKAIKELE EWYARQDEQL QKTKANNRVA DEAFYKQPFA DVIGYVAAEE AF VNDIEES SPGTEWERVA RLCDFNPKSS KQAKDVSRMR SVLISLKQAP LVH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6.32 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.4 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: 3 uL applied to a grid at room temperature and humidity. 3 second hand blot and plunge.. | |||||||||||||||
詳細 | Clathrin coat complexes, end point assembly exhibiting architectural heterogeneity |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 82111 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.4 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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