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- EMDB-0088: XaxAB pore complex from Xenorhabdus nematophila -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0088
タイトルXaxAB pore complex from Xenorhabdus nematophila
マップデータ
試料
  • 複合体: XaxAB complex (13 XaxA + 13 XaxB)
    • 複合体: XaxA protomer
      • タンパク質・ペプチド: XaxA
    • 複合体: XaxB protomer
      • タンパク質・ペプチド: XaxB
キーワードbacterial toxin / pore forming-toxins / TOXIN
機能・相同性: / membrane / XaxA / XaxB
機能・相同性情報
生物種Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Schubert E / Vetter IR / Prumbaum D / Penczek PA / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council615984 ドイツ
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Membrane insertion of α-xenorhabdolysin in near-atomic detail.
著者: Evelyn Schubert / Ingrid R Vetter / Daniel Prumbaum / Pawel A Penczek / Stefan Raunser /
要旨: α-Xenorhabdolysins (Xax) are α-pore-forming toxins (α-PFT) that form 1-1.3 MDa large pore complexes to perforate the host cell membrane. PFTs are used by a variety of bacterial pathogens to attack ...α-Xenorhabdolysins (Xax) are α-pore-forming toxins (α-PFT) that form 1-1.3 MDa large pore complexes to perforate the host cell membrane. PFTs are used by a variety of bacterial pathogens to attack host cells. Due to the lack of structural information, the molecular mechanism of action of Xax toxins is poorly understood. Here, we report the cryo-EM structure of the XaxAB pore complex from and the crystal structures of the soluble monomers of XaxA and XaxB. The structures reveal that XaxA and XaxB are built similarly and appear as heterodimers in the 12-15 subunits containing pore, classifying XaxAB as bi-component α-PFT. Major conformational changes in XaxB, including the swinging out of an amphipathic helix are responsible for membrane insertion. XaxA acts as an activator and stabilizer for XaxB that forms the actual transmembrane pore. Based on our results, we propose a novel structural model for the mechanism of Xax intoxication.
履歴
登録2018年6月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月25日-
マップ公開2018年7月25日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0088.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0088.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.11 Å/pix.
x 352 pix.
= 390.72 Å		1.11 Å/pix.
x 352 pix.
= 390.72 Å		1.11 Å/pix.
x 352 pix.
= 390.72 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0192
最小 - 最大-0.032193013 - 0.08761053
平均 (標準偏差)0.00048514162 (±0.0037814577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 390.72 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : XaxAB complex (13 XaxA + 13 XaxB)

全体名称: XaxAB complex (13 XaxA + 13 XaxB)
要素
  • 複合体: XaxAB complex (13 XaxA + 13 XaxB)
    • 複合体: XaxA protomer
      • タンパク質・ペプチド: XaxA
    • 複合体: XaxB protomer
      • タンパク質・ペプチド: XaxB

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超分子 #1: XaxAB complex (13 XaxA + 13 XaxB)

超分子名称: XaxAB complex (13 XaxA + 13 XaxB) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 (バクテリア)

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超分子 #2: XaxA protomer

超分子名称: XaxA protomer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 / 詳細: 13 XaxA protomers in the XaxAB pore complex
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 (バクテリア)

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超分子 #3: XaxB protomer

超分子名称: XaxB protomer / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 / 詳細: 13 XaxB protomers in the XaxAB pore complex
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 (バクテリア)

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分子 #1: XaxA

分子名称: XaxA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 (バクテリア)
分子量理論値: 47.465859 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MENDMSSNQT LAEKKIPVSE VPSATLKMLT SQAEGVARPG GIFTKGDLIN IKLYVKHSLE LPFTLEGVKE YIGYNDIDID GLKPAKMAT LFKEIHDHAL SWSGVESKVQ QQSIDLENAG KQITLTGDEI ISVIDQMPII ERVKNKLGDL TDKQLAEITY T NDDKEIAV ...文字列:
MENDMSSNQT LAEKKIPVSE VPSATLKMLT SQAEGVARPG GIFTKGDLIN IKLYVKHSLE LPFTLEGVKE YIGYNDIDID GLKPAKMAT LFKEIHDHAL SWSGVESKVQ QQSIDLENAG KQITLTGDEI ISVIDQMPII ERVKNKLGDL TDKQLAEITY T NDDKEIAV ELGNILESMK KDIKRQQENT QKVKTAVSDF KLKLIGGELS DGTIAQGLQP QISSKKKLMD DNNLSTTIKD LQ SKIDEKN KEIDQFQKDY NKYVGLAFSG MVGGIISWAI TGGIFGDKAE KARKQKNKLI DEVKDLQSQV KDKSALQTSV QNL SLSFAG IHTSMVDAEE ALNHLDFMWN TMLTQITTSR DKFDDINDAL KLTSFVIAFK QVIEPWRDVQ GSAAQLIQTF DEAL AEYKK LYHGTLEVLF QGPHHHHHH

UniProtKB: XaxA

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分子 #2: XaxB

分子名称: XaxB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 13 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenorhabdus nematophila ATCC 19061 (バクテリア)
分子量理論値: 38.518688 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: YPEINIKAMN QAVNTIWLLA QRQTSGIEII NDKVKRISAY SREFDEMMRD SLAQLAPVLK QLTSDAAFQT IAQIDEALAD PSLSKDDRE ALTLERNNLI QNLSKHIDNV IVSFTGRTSK LTNKISDISD MVIAERLQDL VTQTESQKTE LQSDIDPKTE K RNKLDADR ...文字列:
YPEINIKAMN QAVNTIWLLA QRQTSGIEII NDKVKRISAY SREFDEMMRD SLAQLAPVLK QLTSDAAFQT IAQIDEALAD PSLSKDDRE ALTLERNNLI QNLSKHIDNV IVSFTGRTSK LTNKISDISD MVIAERLQDL VTQTESQKTE LQSDIDPKTE K RNKLDADR EKIIESQDVI RQNNIADMFK DFIPSAKDID GLDFTQPKKE AIKQAIKQGA EIARKILGKV SEGLKYIDLA DA RMKLSDQ IDQLITETDE LKAKIREVEL RLSGLKDVMQ IDTERTTLLT EAVKIEQVWI SFAEQLHKLS NDEINQQDLS NLI NGQLDF LNNLTLQYNK LK

UniProtKB: XaxB

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: C-flat-2/1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 44.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C13 (13回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 43305
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / ソフトウェア - 詳細: RVIPER
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / ソフトウェア - 詳細: MERIDIEN
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: SPHIRE / ソフトウェア - 詳細: ISAC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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