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万見
- EMDB-0033: Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0033
タイトルStructure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6, KOWx-4 selected particles (Map D)
マップデータGlobal refinement of KOWx-4 selected EC* particles (Map D).
試料
  • 複合体: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)
    • 複合体: RNA Polymerase II
    • 複合体: associated proteins
    • 複合体: Nucleic acids
生物種Sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Vos SM / Farnung L / Boehning M / Linden A / Wigge C / Urlaub H / Cramer P
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Structure of activated transcription complex Pol II-DSIF-PAF-SPT6.
著者: Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Marc Boehning / Christoph Wigge / Andreas Linden / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: Gene regulation involves activation of RNA polymerase II (Pol II) that is paused and bound by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here ...Gene regulation involves activation of RNA polymerase II (Pol II) that is paused and bound by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here we show that formation of an activated Pol II elongation complex in vitro requires the kinase function of the positive transcription elongation factor b (P-TEFb) and the elongation factors PAF1 complex (PAF) and SPT6. The cryo-EM structure of an activated elongation complex of Sus scrofa Pol II and Homo sapiens DSIF, PAF and SPT6 was determined at 3.1 Å resolution and compared to the structure of the paused elongation complex formed by Pol II, DSIF and NELF. PAF displaces NELF from the Pol II funnel for pause release. P-TEFb phosphorylates the Pol II linker to the C-terminal domain. SPT6 binds to the phosphorylated C-terminal-domain linker and opens the RNA clamp formed by DSIF. These results provide the molecular basis for Pol II pause release and elongation activation.
履歴
登録2018年5月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2018年9月5日-
更新2018年9月12日-
現状2018年9月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0033.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0033.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Global refinement of KOWx-4 selected EC* particles (Map D).
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 377.64 Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 377.64 Å		1.05 Å/pix.
x 360 pix.
= 377.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.049 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00728
最小 - 最大-0.01939306 - 0.056912333
平均 (標準偏差)0.00018200457 (±0.002079925)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 377.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0033_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Postprocessed map of global refinement of KOWx-4 selected...

ファイルemd_0033_additional.map
注釈Postprocessed map of global refinement of KOWx-4 selected EC* particles with an applied B factor of -90.87(Map D).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of global refinement for KOWx-4...

ファイルemd_0033_half_map_1.map
注釈Half map 2 of global refinement for KOWx-4 selected particles (Map D).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of global refinement for KOWx-4...

ファイルemd_0033_half_map_2.map
注釈Half map 1 of global refinement for KOWx-4 selected particles (Map D).
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)

全体名称: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)
要素
  • 複合体: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)
    • 複合体: RNA Polymerase II
    • 複合体: associated proteins
    • 複合体: Nucleic acids

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超分子 #1: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)

超分子名称: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21, #23
分子量理論値: 1.257 MDa

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超分子 #2: RNA Polymerase II

超分子名称: RNA Polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#9, #11, #10, #12
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

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超分子 #3: associated proteins

超分子名称: associated proteins / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13, #16, #18, #23, #19-#22
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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超分子 #4: Nucleic acids

超分子名称: Nucleic acids / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14-#15, #17
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 10s wait prior to blotting, blotting 8.5s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 194782
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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