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万見
- SASDGV6: Cysteine synthase A (CysK) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDGV6
試料Cysteine synthase A
  • Cysteine synthase A (protein), CysK, Escherichia coli K-12
機能・相同性
機能・相同性情報


S-carboxymethylcysteine synthase / S-carboxymethylcysteine synthase activity / cysteine synthase complex / cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / amino acid biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding ...S-carboxymethylcysteine synthase / S-carboxymethylcysteine synthase activity / cysteine synthase complex / cysteine synthase / cystathionine beta-synthase activity / cysteine synthase activity / L-cysteine desulfhydrase activity / cysteine biosynthetic process from serine / amino acid biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / transferase activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cysteine synthase CysK / Cysteine synthase / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase, pyridoxal-phosphate attachment site / Cysteine synthase/cystathionine beta-synthase P-phosphate attachment site. / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme / Tryptophan synthase beta subunit-like PLP-dependent enzyme / Pyridoxal-phosphate dependent enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
引用日付: 2019 Oct 21
タイトル: Combination of SAXS and Protein Painting Discloses the Three-Dimensional Organization of the Bacterial Cysteine Synthase Complex, a Potential Target for Enhancers of Antibiotic Action
著者: Rosa B / Marchetti M / Paredi G / Amenitsch H / Franko N / Benoni R / Giabbai B / De Marino M / Mozzarelli A / Ronda L / Storici P / Campanini B
登録者
  • Heinz Amenitsch (Graz University of Technology)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3856
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.25 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 1.873 / P-value: 0.047316
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Cysteine synthase A / 試料濃度: 1.2 mg/ml
バッファ名称: 20 mM sodium phosphate, 85 mM NaCl, 2 mM EDTA, 10 mM 2-MCE
pH: 7.5
要素 #1926名称: CysK / タイプ: protein / 記述: Cysteine synthase A / 分子量: 35.712 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli K-12 / 参照: UniProt: P0ABK5
配列: MGKIFEDNSL TIGHTPLVRL NRIGNGRILA KVESRNPSFS VKCRIGANMI WDAEKRGVLK PGVELVEPTS GNTGIALAYV AAARGYKLTL TMPETMSIER RKLLKALGAN LVLTEGAKGM KGAIQKAEEI VASNPEKYLL LQQFSNPANP EIHEKTTGPE IWEDTDGQVD ...配列:
MGKIFEDNSL TIGHTPLVRL NRIGNGRILA KVESRNPSFS VKCRIGANMI WDAEKRGVLK PGVELVEPTS GNTGIALAYV AAARGYKLTL TMPETMSIER RKLLKALGAN LVLTEGAKGM KGAIQKAEEI VASNPEKYLL LQQFSNPANP EIHEKTTGPE IWEDTDGQVD VFIAGVGTGG TLTGVSRYIK GTKGKTDLIS VAVEPTDSPV IAQALAGEEI KPGPHKIQGI GAGFIPANLD LKLVDKVIGI TNEEAISTAR RLMEEEGILA GISSGAAVAA ALKLQEDESF TNKNIVVILP SSGERYLSTA LFADLFTEKE LQQTSLEHHH HHH

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実験情報

ビーム設備名称: ELETTRA - Sincrotrone Trieste Austrian SAXS beamline 5.2L
地域: Trieste / 国: Italy / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.2324 mm
検出器名称: Dectris / Pilatus3 1M / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Cysteine synthase A / 測定日: 2016年6月1日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 12 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1554 4.0761
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 308 /
MinMax
Q0.2712 3.737
P(R) point21 328
R0 8.5
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量72 kDa72.3 kDa
体積-108.42 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I06.7 6.71 0.013
慣性半径, Rg 2.62 nm2.64 nm0.054

MinMax
D-8.5
Guinier point8 60

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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