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万見
- SASDF64: RXR/RAR Heterodimer : N-CoRNID Complex (1:1) with RAR inverse a... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF64
試料RXR/RAR Heterodimer : N-CoRNID Complex (1:1) with RAR inverse agonist (BMS493)
  • Nuclear receptor CoRepressor 1; Nuclear Receptor Interaction Domain (NID) (protein), N-CoR-NID, Mouse (Mus musculus)
  • Retinoid-X receptor alpha (RXR-alpha) Ligand Binding Domain (LBD) (protein), RXR, Mouse (Mus musculus)
  • Retinoic acid receptor alpha (RAR-alpha) Ligand binding domain (LDB) (protein), RAR, Human (Homo sapiens)
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Sertoli cell fate commitment / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of binding / definitive erythrocyte differentiation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation ...Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Sertoli cell fate commitment / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / positive regulation of binding / definitive erythrocyte differentiation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / trachea cartilage development / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / ventricular cardiac muscle cell differentiation / visceral serous pericardium development / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / mesenchyme development / HDACs deacetylate histones / positive regulation of translational initiation by iron / Endogenous sterols / embryonic camera-type eye development / chondroblast differentiation / Notch-HLH transcription pathway / protein kinase B binding / glandular epithelial cell development / maternal placenta development / negative regulation of granulocyte differentiation / growth plate cartilage development / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / prostate gland development / negative regulation of cartilage development / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / retinoic acid-responsive element binding / regulation of hematopoietic progenitor cell differentiation / Cytoprotection by HMOX1 / thalamus development / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / cardiac muscle cell differentiation / nuclear retinoic acid receptor binding / camera-type eye development / retinoic acid binding / response to vitamin A / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / peroxisome proliferator activated receptor binding / apoptotic cell clearance / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / ureteric bud development / limb development / histone deacetylase regulator activity / nuclear thyroid hormone receptor binding / cardiac muscle cell proliferation / heterocyclic compound binding / Signaling by Retinoic Acid / regulation of myelination / protein kinase A binding / nuclear steroid receptor activity / DNA-binding transcription repressor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of interleukin-4 production / face development / alpha-actinin binding / locomotor rhythm / germ cell development / negative regulation of type II interferon production / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / negative regulation of tumor necrosis factor production / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / regulation of multicellular organism growth / epidermis development / cellular response to estrogen stimulus / positive regulation of cell cycle / establishment of skin barrier / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / heart morphogenesis / response to retinoic acid / response to glucocorticoid / cellular response to retinoic acid / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / embryo implantation / hormone-mediated signaling pathway / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / liver development / negative regulation of miRNA transcription / cholesterol homeostasis / response to cytokine / neural tube closure / hippocampus development
類似検索 - 分子機能
: / : / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Retinoic acid receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : ...: / : / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Retinoic acid receptor / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / SANT domain profile. / SANT domain / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoic acid receptor alpha / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse (Mus musculus)
Human (Homo sapiens)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Interplay of Protein Disorder in Retinoic Acid Receptor Heterodimer and Its Corepressor Regulates Gene Expression.
著者: Tiago N Cordeiro / Nathalie Sibille / Pierre Germain / Philippe Barthe / Abdelhay Boulahtouf / Fréderic Allemand / Rémy Bailly / Valérie Vivat / Christine Ebel / Alessandro Barducci / ...著者: Tiago N Cordeiro / Nathalie Sibille / Pierre Germain / Philippe Barthe / Abdelhay Boulahtouf / Fréderic Allemand / Rémy Bailly / Valérie Vivat / Christine Ebel / Alessandro Barducci / William Bourguet / Albane le Maire / Pau Bernadó /
要旨: In its unliganded form, the retinoic acid receptor (RAR) in heterodimer with the retinoid X receptor (RXR) exerts a strong repressive activity facilitated by the recruitment of transcriptional ...In its unliganded form, the retinoic acid receptor (RAR) in heterodimer with the retinoid X receptor (RXR) exerts a strong repressive activity facilitated by the recruitment of transcriptional corepressors in the promoter region of target genes. By integrating complementary structural, biophysical, and computational information, we demonstrate that intrinsic disorder is a required feature for the precise regulation of RAR activity. We show that structural dynamics of RAR and RXR H12 regions is an essential mechanism for RAR regulation. Unexpectedly we found that, while mainly disordered, the corepressor N-CoR presents evolutionary conserved structured regions involved in transient intramolecular contacts. In the presence of RXR/RAR, N-CoR exploits its multivalency to form a cooperative multisite complex that displays equilibrium between different conformational states that can be tuned by cognate ligands and receptor mutations. This equilibrium is key to preserving the repressive basal state while allowing the conversion to a transcriptionally active form.
登録者
  • Tiago Cordeiro (Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Universidade de Lisboa, Oeiras, Portugal)

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モデル

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試料

試料名称: RXR/RAR Heterodimer : N-CoRNID Complex (1:1) with RAR inverse agonist (BMS493)
試料濃度: 1.3 mg/ml / Entity id: 1515 / 1536 / 1537
バッファ名称: 50mM Tris HCl, 150mM NaCl, 2mM TCEP. / pH: 7.5
要素 #1515名称: N-CoR-NID / タイプ: protein
記述: Nuclear receptor CoRepressor 1; Nuclear Receptor Interaction Domain (NID)
分子量: 29.139 / 分子数: 1 / 由来: Mouse (Mus musculus) / 参照: UniProt: Q60974
配列: GPHMQVPRTH RLITLADHIC QIITQDFARN QVPSQASTST FQTSPSALSS TPVRTKTSSR YSPESQSQTV LHPRPGPRVS PENLVDKSRG SRPGKSPERS HIPSEPYEPI SPPQGPAVHE KQDSMLLLSQ RGVDPAEQRS DSRSPGSISY LPSFFTKLES TSPMVKSKKQ ...配列:
GPHMQVPRTH RLITLADHIC QIITQDFARN QVPSQASTST FQTSPSALSS TPVRTKTSSR YSPESQSQTV LHPRPGPRVS PENLVDKSRG SRPGKSPERS HIPSEPYEPI SPPQGPAVHE KQDSMLLLSQ RGVDPAEQRS DSRSPGSISY LPSFFTKLES TSPMVKSKKQ EIFRKLNSSG GGDSDMAAAQ PGTEIFNLPA VTTSGAVSSR SHSFADPASN LGLEDIIRKA LMGSFDDKVE DHGVVMSHPV GIMPGSASTS VVTSSEARRD E
要素 #1536名称: RXR / タイプ: protein
記述: Retinoid-X receptor alpha (RXR-alpha) Ligand Binding Domain (LBD)
分子量: 26.47 / 分子数: 1 / 由来: Mouse (Mus musculus) / 参照: UniProt: P28700
配列: SANEDMPVEK ILEAELAVEP KTETYVEANM GLNPSSPNDP VTNICQAADK QLFTLVEWAK RIPHFSELPL DDQVILLRAG WNELLIASAS HRSIAVKDGI LLATGLHVHR NSAHSAGVGA IFDRVLTELV SKMRDMQMDK TELGCLRAIV LFNPDSKGLS NPAEVEALRE ...配列:
SANEDMPVEK ILEAELAVEP KTETYVEANM GLNPSSPNDP VTNICQAADK QLFTLVEWAK RIPHFSELPL DDQVILLRAG WNELLIASAS HRSIAVKDGI LLATGLHVHR NSAHSAGVGA IFDRVLTELV SKMRDMQMDK TELGCLRAIV LFNPDSKGLS NPAEVEALRE KVYASLEAYC KHKYPEQPGR FAKLLLRLPA LRSIGLKCLE HLFFFKLIGD TPIDTFLMEM LEAPHQAT
要素 #1537名称: RAR / タイプ: protein
記述: Retinoic acid receptor alpha (RAR-alpha) Ligand binding domain (LDB)
分子量: 28.047 / 分子数: 1 / 由来: Human (Homo sapiens) / 参照: UniProt: P10276
配列: GSHESYTLTP EVGELIEKVR KAHQETFPAL CQLGKYTTNN SSEQRVSLDI DLWDKFSELS TKCIIKTVEF AKQLPGFTTL TIADQITLLK AACLDILILR ICTRYTPEQD TMTFSDGLTL NRTQMHNAGF GPLTDLVFAF ANQLLPLEMD DAETGLLSAI CLICGDRQDL ...配列:
GSHESYTLTP EVGELIEKVR KAHQETFPAL CQLGKYTTNN SSEQRVSLDI DLWDKFSELS TKCIIKTVEF AKQLPGFTTL TIADQITLLK AACLDILILR ICTRYTPEQD TMTFSDGLTL NRTQMHNAGF GPLTDLVFAF ANQLLPLEMD DAETGLLSAI CLICGDRQDL EQPDRVDMLQ EPLLEALKVY VRKRRPSRPH MFPKMLMKIT DLRSISAKGA ERVITLKMEI PGSMPPLIQE MLENSEGLD

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.9 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: RXR/RAR Heterodimer : N-CoRNID Complex (1:1) with RAR inverse agonist (BMS493)
測定日: 2014年7月23日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1781 4.2995
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 800 /
MinMax
Q0.178136 3.96315
P(R) point1 800
R0 19.5
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: BMS493 was added to the complex in a three molar excess before concentration (n.b., BMS493 = (E)-4-[2-[5,6-Dihydro- 5,5-dimethyl - 8- (2-phenylethynyl)naphthalen - 2- yl]ethen - 1- yl] ...コメント: BMS493 was added to the complex in a three molar excess before concentration (n.b., BMS493 = (E)-4-[2-[5,6-Dihydro- 5,5-dimethyl - 8- (2-phenylethynyl)naphthalen - 2- yl]ethen - 1- yl]benzoic acid, 4-[(1E)-2-[5,6 -Dihydro -5,5- dimethyl-8- (phenylethynyl)- 2-naphthalenyl]ethenyl]- benzoic acid).
実験値StandardPorod
分子量83.53 kDa75.6 kDa-
体積--178 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I075.17 10 72.8 0.32
慣性半径, Rg 5.268 nm0.2 4.75 nm0.17

MinMaxError
D-19.5 1
Guinier point1 18 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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