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万見
- SASDF54: RXRΔH12/RAR Heterodimer : N-CoRNID Complex (1:1) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF54
試料RXRΔH12/RAR Heterodimer : N-CoRNID Complex (1:1)
  • Nuclear receptor CoRepressor 1; Nuclear Receptor Interaction Domain (NID) (protein), N-CoR-NID, Mouse (Mus musculus)
  • Retinoid-X receptor alpha (RXR-alpha) Ligand Binding Domain (LBD) (protein), RXR, Mouse (Mus musculus)
  • Retinoid-X receptor alpha (RXR-alpha) Δ helix12 (protein), RXRΔH12, Mouse (Mus musculus)
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / definitive erythrocyte differentiation / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity ...Transcriptional regulation of granulopoiesis / Carnitine shuttle / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Signaling by Retinoic Acid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / definitive erythrocyte differentiation / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / SUMOylation of intracellular receptors / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Recycling of bile acids and salts / Synthesis of bile acids and bile salts / Nuclear Receptor transcription pathway / visceral serous pericardium development / ventricular cardiac muscle cell differentiation / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / mesenchyme development / HDACs deacetylate histones / Endogenous sterols / positive regulation of translational initiation by iron / Notch-HLH transcription pathway / maternal placenta development / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / Cytoprotection by HMOX1 / secretory columnal luminar epithelial cell differentiation involved in prostate glandular acinus development / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / thalamus development / angiogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / cardiac muscle cell differentiation / nuclear retinoic acid receptor binding / camera-type eye development / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / nuclear thyroid hormone receptor binding / histone deacetylase regulator activity / cardiac muscle cell proliferation / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RNA polymerase II intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear steroid receptor activity / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / locomotor rhythm / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / regulation of multicellular organism growth / epidermis development / establishment of skin barrier / positive regulation of bone mineralization / nuclear retinoid X receptor binding / heart morphogenesis / retinoic acid receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / transcription repressor complex / embryo implantation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cholesterol homeostasis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / placenta development / circadian regulation of gene expression / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / chromatin DNA binding / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / transcription corepressor activity / chromatin organization / T cell differentiation in thymus / heart development / gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / transcription cis-regulatory region binding / protein stabilization / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain ...N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / SANT domain profile. / Myb domain / SANT domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / Homeobox-like domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor corepressor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mouse (Mus musculus)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: Interplay of Protein Disorder in Retinoic Acid Receptor Heterodimer and Its Corepressor Regulates Gene Expression.
著者: Tiago N Cordeiro / Nathalie Sibille / Pierre Germain / Philippe Barthe / Abdelhay Boulahtouf / Fréderic Allemand / Rémy Bailly / Valérie Vivat / Christine Ebel / Alessandro Barducci / ...著者: Tiago N Cordeiro / Nathalie Sibille / Pierre Germain / Philippe Barthe / Abdelhay Boulahtouf / Fréderic Allemand / Rémy Bailly / Valérie Vivat / Christine Ebel / Alessandro Barducci / William Bourguet / Albane le Maire / Pau Bernadó /
要旨: In its unliganded form, the retinoic acid receptor (RAR) in heterodimer with the retinoid X receptor (RXR) exerts a strong repressive activity facilitated by the recruitment of transcriptional ...In its unliganded form, the retinoic acid receptor (RAR) in heterodimer with the retinoid X receptor (RXR) exerts a strong repressive activity facilitated by the recruitment of transcriptional corepressors in the promoter region of target genes. By integrating complementary structural, biophysical, and computational information, we demonstrate that intrinsic disorder is a required feature for the precise regulation of RAR activity. We show that structural dynamics of RAR and RXR H12 regions is an essential mechanism for RAR regulation. Unexpectedly we found that, while mainly disordered, the corepressor N-CoR presents evolutionary conserved structured regions involved in transient intramolecular contacts. In the presence of RXR/RAR, N-CoR exploits its multivalency to form a cooperative multisite complex that displays equilibrium between different conformational states that can be tuned by cognate ligands and receptor mutations. This equilibrium is key to preserving the repressive basal state while allowing the conversion to a transcriptionally active form.
登録者
  • Tiago Cordeiro (Instituto de Tecnologia Química e Biológica António Xavier, Universidade de Lisboa, Oeiras, Portugal)

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モデル

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試料

試料名称: RXRΔH12/RAR Heterodimer : N-CoRNID Complex (1:1) / 試料濃度: 0.80-11.20 / Entity id: 1515 / 1536 / 1538
バッファ名称: 50mM Tris HCl, 150mM NaCl, 2mM TCEP. / pH: 7.5
要素 #1515名称: N-CoR-NID / タイプ: protein
記述: Nuclear receptor CoRepressor 1; Nuclear Receptor Interaction Domain (NID)
分子量: 29.139 / 分子数: 1 / 由来: Mouse (Mus musculus) / 参照: UniProt: Q60974
配列: GPHMQVPRTH RLITLADHIC QIITQDFARN QVPSQASTST FQTSPSALSS TPVRTKTSSR YSPESQSQTV LHPRPGPRVS PENLVDKSRG SRPGKSPERS HIPSEPYEPI SPPQGPAVHE KQDSMLLLSQ RGVDPAEQRS DSRSPGSISY LPSFFTKLES TSPMVKSKKQ ...配列:
GPHMQVPRTH RLITLADHIC QIITQDFARN QVPSQASTST FQTSPSALSS TPVRTKTSSR YSPESQSQTV LHPRPGPRVS PENLVDKSRG SRPGKSPERS HIPSEPYEPI SPPQGPAVHE KQDSMLLLSQ RGVDPAEQRS DSRSPGSISY LPSFFTKLES TSPMVKSKKQ EIFRKLNSSG GGDSDMAAAQ PGTEIFNLPA VTTSGAVSSR SHSFADPASN LGLEDIIRKA LMGSFDDKVE DHGVVMSHPV GIMPGSASTS VVTSSEARRD E
要素 #1536名称: RXR / タイプ: protein
記述: Retinoid-X receptor alpha (RXR-alpha) Ligand Binding Domain (LBD)
分子量: 26.47 / 分子数: 1 / 由来: Mouse (Mus musculus) / 参照: UniProt: P28700
配列: SANEDMPVEK ILEAELAVEP KTETYVEANM GLNPSSPNDP VTNICQAADK QLFTLVEWAK RIPHFSELPL DDQVILLRAG WNELLIASAS HRSIAVKDGI LLATGLHVHR NSAHSAGVGA IFDRVLTELV SKMRDMQMDK TELGCLRAIV LFNPDSKGLS NPAEVEALRE ...配列:
SANEDMPVEK ILEAELAVEP KTETYVEANM GLNPSSPNDP VTNICQAADK QLFTLVEWAK RIPHFSELPL DDQVILLRAG WNELLIASAS HRSIAVKDGI LLATGLHVHR NSAHSAGVGA IFDRVLTELV SKMRDMQMDK TELGCLRAIV LFNPDSKGLS NPAEVEALRE KVYASLEAYC KHKYPEQPGR FAKLLLRLPA LRSIGLKCLE HLFFFKLIGD TPIDTFLMEM LEAPHQAT
要素 #1538名称: RXRΔH12 / タイプ: protein / 記述: Retinoid-X receptor alpha (RXR-alpha) Δ helix12 / 分子量: 23.5 / 分子数: 1 / 由来: Mouse (Mus musculus) / 参照: UniProt: P28700
配列: STSSANEDMP VEKILEAELA VEPKTETYVE ANMGLNPSSP NDPVTNICQA ADKQLFTLVE WAKRIPHFSE LPLDDQVILL RAGWNELLIA SASHRSIAVK DGILLATGLH VHRNSAHSAG VGAIFDRVLT ELVSKMRDMQ MDKTELGCLR AIVLFNPDSK GLSNPAEVEA ...配列:
STSSANEDMP VEKILEAELA VEPKTETYVE ANMGLNPSSP NDPVTNICQA ADKQLFTLVE WAKRIPHFSE LPLDDQVILL RAGWNELLIA SASHRSIAVK DGILLATGLH VHRNSAHSAG VGAIFDRVLT ELVSKMRDMQ MDKTELGCLR AIVLFNPDSK GLSNPAEVEA LREKVYASLE AYCKHKYPEQ PGRFAKLLLR LPALRSIGLK CLE

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.099 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.9 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: RXRΔH12/RAR Heterodimer : N-CoRNID Complex (1:1)
測定日: 2014年7月23日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1801 4.4504
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 686 /
MinMax
Q0.216983 2.01929
P(R) point1 686
R0 15.7
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量79.1 kDa-
体積-183 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I02715 2794.37 51.2
慣性半径, Rg 4.239 nm4.24 nm0.1

MinMax
D-15.7
Guinier point12 49

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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