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万見
- SASDDT8: Neural/ectodermal development factor IMP-L2 in complex with insul... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDT8
試料Neural/ectodermal development factor IMP-L2 in complex with insulin-like peptide 5 (DILP5)
  • Insulin-like peptide 5 (protein), Drosophila melanogaster
  • Neural/ectodermal development factor IMP-L2 (protein), Imp-L2 IBP, Drosophila melanogaster
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of entry into reproductive diapause / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / insulin binding / response to starvation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of lipid storage / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / determination of adult lifespan ...positive regulation of entry into reproductive diapause / dendrite self-avoidance / cell-cell adhesion mediator activity / insulin binding / response to starvation / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / negative regulation of lipid storage / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / determination of adult lifespan / 軸索誘導 / hormone activity / 神経繊維 / extracellular space / extracellular region / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
Insulin-related peptide, invertebrates / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain ...Insulin-related peptide, invertebrates / Insulin family / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin-like superfamily / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Immunoglobulin subtype / 抗体 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like peptide 5 / Neural/ectodermal development factor IMP-L2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structures of insect Imp-L2 suggest an alternative strategy for regulating the bioavailability of insulin-like hormones.
著者: Nikolaj Kulahin Roed / Cristina M Viola / Ole Kristensen / Gerd Schluckebier / Mathias Norrman / Waseem Sajid / John D Wade / Asser Sloth Andersen / Claus Kristensen / Timothy R Ganderton / ...著者: Nikolaj Kulahin Roed / Cristina M Viola / Ole Kristensen / Gerd Schluckebier / Mathias Norrman / Waseem Sajid / John D Wade / Asser Sloth Andersen / Claus Kristensen / Timothy R Ganderton / Johan P Turkenburg / Pierre De Meyts / Andrzej M Brzozowski /
要旨: The insulin/insulin-like growth factor signalling axis is an evolutionary ancient and highly conserved hormonal system involved in the regulation of metabolism, growth and lifespan in animals. Human ...The insulin/insulin-like growth factor signalling axis is an evolutionary ancient and highly conserved hormonal system involved in the regulation of metabolism, growth and lifespan in animals. Human insulin is stored in the pancreas, while insulin-like growth factor-1 (IGF-1) is maintained in blood in complexes with IGF-binding proteins (IGFBP1-6). Insect insulin-like polypeptide binding proteins (IBPs) have been considered as IGFBP-like structural and functional homologues. Here, we report structures of the Drosophila IBP Imp-L2 in its free form and bound to Drosophila insulin-like peptide 5 and human IGF-1. Imp-L2 contains two immunoglobulin-like fold domains and its architecture is unrelated to human IGFBPs, suggesting a distinct strategy for bioavailability regulation of insulin-like hormones. Similar hormone binding modes may exist in other insect vectors, as the IBP sequences are highly conserved. Therefore, these findings may open research routes towards a rational interference of transmission of diseases such as malaria, dengue and yellow fevers.
登録者
  • Mathias Norrman (Novo Nordisk A/S)

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ダウンロードとリンク

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モデル

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試料

試料名称: Neural/ectodermal development factor IMP-L2 in complex with insulin-like peptide 5 (DILP5)
試料濃度: 2.30-9.30 / Entity id: 1135 / 1154
バッファ名称: phosphate buffered saline / pH: 7.4
要素 #1135タイプ: protein / 記述: Insulin-like peptide 5 / 分子量: 5.385 / 分子数: 1 / 由来: Drosophila melanogaster / 参照: UniProt: E7BBS4
配列:
NSLRACGPAL MDMLRVACPN GFNSMFAKGV VDSCCRKSCS FSTLRAYCDS
要素 #1154名称: Imp-L2 IBP / タイプ: protein / 記述: Neural/ectodermal development factor IMP-L2 / 分子量: 29.895 / 分子数: 1 / 由来: Drosophila melanogaster / 参照: UniProt: Q09024
配列: MEAKMNLHVC ALALLLFGSI ATVRGRAVDL VDDSNDVDNS IEAEEEKPRN RAFEADWLKF TKTPPTKLQQ ADGATIEIVC EMMGSQVPSI QWVVGHLPRS ELDDLDSNQV AEEAPSAIVR VRSSHIIDHV LSEARTYTCV GRTGSKTIYA STVVHPPRSS RLTPEKTYPG ...配列:
MEAKMNLHVC ALALLLFGSI ATVRGRAVDL VDDSNDVDNS IEAEEEKPRN RAFEADWLKF TKTPPTKLQQ ADGATIEIVC EMMGSQVPSI QWVVGHLPRS ELDDLDSNQV AEEAPSAIVR VRSSHIIDHV LSEARTYTCV GRTGSKTIYA STVVHPPRSS RLTPEKTYPG AQKPRIIYTE KTHLDLMGSN IQLPCRVHAR PRAEITWLNN ENKEIVQGHR HRVLANGDLL ISEIKWEDMG NYKCIARNVV GKDTADTFVY PVLNEED

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF ID14-3 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.093 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.43 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Neural/ectodermal development factor IMP-L2 complexed with insulin-like peptide 5 (DILP5)
測定日: 2011年11月20日 / 保管温度: 5 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 10 sec. / フレーム数: 10 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0645 6.1076
結果カーブのタイプ: merged /
実験値StandardPorod
分子量30 kDa30 kDa-
体積--55 nm3

GuinierGuinier error
前方散乱 I044.77 0.03
慣性半径, Rg 2.59 nm0.04

MinMax
D-9
Guinier point26 65

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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