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- SASDDL5: Mutant mammalian prion protein mRNA (octo-repeat PrP mRNA) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDDL5
試料Mutant mammalian prion protein mRNA (octo-repeat PrP mRNA)
  • octo-repeat PrP mRNA mutant (RNA), PrPmRNA_mut, human PrP ORF
生物種human PrP ORF
引用ジャーナル: Sci Rep / : 2019
タイトル: Octa-repeat domain of the mammalian prion protein mRNA forms stable A-helical hairpin structure rather than G-quadruplexes.
著者: Andreas Czech / Petr V Konarev / Ingrid Goebel / Dmitri I Svergun / Peter R Wills / Zoya Ignatova /
要旨: Misfolding and aggregation of prion protein (PrP) causes neurodegenerative diseases like Creutzfeldt-Jakob disease (CJD) and scrapie. Besides the consensus that spontaneous conversion of normal ...Misfolding and aggregation of prion protein (PrP) causes neurodegenerative diseases like Creutzfeldt-Jakob disease (CJD) and scrapie. Besides the consensus that spontaneous conversion of normal cellular PrP into misfolded and aggregating PrP is the central event in prion disease, an alternative hypothesis suggests the generation of pathological PrP by rare translational frameshifting events in the octa-repeat domain of the PrP mRNA. Ribosomal frameshifting most commonly relies on a slippery site and an adjacent stable RNA structure to stall translating ribosome. Hence, it is crucial to unravel the secondary structure of the octa-repeat domain of PrP mRNA. Each of the five octa-repeats contains a motif (GGCGGUGGUGGCUGGG) which alone in vitro forms a G-quadruplex. Since the propensity of mRNA to form secondary structure depends on the sequence context, we set to determine the structure of the complete octa-repeat region. We assessed the structure of full-length octa-repeat domain of PrP mRNA using dynamic light scattering (DLS), small angle X-ray scattering (SAXS), circular dichroism (CD) spectroscopy and selective 2'-hydroxyl acylation analysis by primer extension (SHAPE). Our data show that the PrP octa-repeat mRNA forms stable A-helical hairpins with no evidence of G-quadruplex structure even in the presence of G-quadruplex stabilizing agents.
登録者
  • Petr Konarev (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1895
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5.0) / ダミー原子の半径: 5.25 A / カイ2乗値: 1.350 / P-value: 0.100361
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Mutant mammalian prion protein mRNA (octo-repeat PrP mRNA)
試料濃度: 0.50-4.00
バッファ名称: 10 mM Tris buffer / pH: 7.5
要素 #1022名称: PrPmRNA_mut / タイプ: RNA / 記述: octo-repeat PrP mRNA mutant / 分子量: 71.843 / 分子数: 2 / 由来: human PrP ORF
配列: AACACUGGGG GCAGCCGAUA CCCGGGGCAG GGCAGCCCUG GAGGCAACCG CUACCCACCU CAGGGCGCUG CUGCCUGGGG GCAGCCUCAU GCUGCUGCCU GGGGGCAGCC UCAUGCUGCU GCCUGGGGGC AGCCCCAUGC UGCUGCCUGG GGACAGCCUC AUGCUGCUGC ...配列:
AACACUGGGG GCAGCCGAUA CCCGGGGCAG GGCAGCCCUG GAGGCAACCG CUACCCACCU CAGGGCGCUG CUGCCUGGGG GCAGCCUCAU GCUGCUGCCU GGGGGCAGCC UCAUGCUGCU GCCUGGGGGC AGCCCCAUGC UGCUGCCUGG GGACAGCCUC AUGCUGCUGC CUGGGGUCAA GGAGGUGGCA CCCACCUCAG GGCGCUGCUG CCUGGGGGCA GC

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / : Germany / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Mutant mammalian prion protein mRNA (octo-repear PrP mRNA mutant)
測定日: 2017年6月6日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1069 3.7878
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 442 /
MinMax
Q0.11 3.786
P(R) point1 442
R0 24
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardStandard errorPorod
分子量130 kDa130 kDa20 125 kDa
体積---150 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I025410 2100 25456 2100
慣性半径, Rg 6.96 nm0.07 6.97 nm0.07

MinMaxError
D-24 0.8
Guinier point1 20 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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