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万見
- SASDD65: Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA 207 914 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD65
試料Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA 207 914
  • Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA (protein), SdeA, Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513)
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / cysteine-type peptidase activity / nucleotidyltransferase activity / host cell ...NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / K63-linked deubiquitinase activity / protein deubiquitination / cysteine-type peptidase activity / nucleotidyltransferase activity / host cell / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / protein ubiquitination / nucleotide binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
SidE, DUB domain / SidE, mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE DUB domain / SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513) (バクテリア)
引用日付: 2018 May 23
タイトル: Insights into catalysis and function of phosphoribosyl-linked serine ubiquitination
著者: Kalayil S / Bhogaraju S / Bonn F / Shin D / Liu Y / Gan N / Basquin J / Grumati P / Luo Z
登録者
  • Donghyuk Shin (IBCII, Goethe University-Medical Faculty)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1883
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.25 A / カイ2乗値: 1.053 / P-value: 0.547735
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1884
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.840
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA 207 914 / 試料濃度: 2.64 mg/ml
バッファ名称: 10 mM HEPES 150 mM NaCl 1 mM TCEP / pH: 7.5
要素 #1013名称: SdeA / タイプ: protein / 記述: Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA / 分子量: 71.811 / 分子数: 1
由来: Legionella pneumophila subsp. pneumophila (strain Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513)
参照: UniProt: Q5ZTK4
配列: HGLSHTLRTM AYAELIVEEA RKAKLRGETL GKFKDGRTIA DVTPQELKKI MIAQAFFVAG RDDEASDAKN YQKYHEQSRD AFLKYVKDNE STLIPDVFKD QEDVNFYARV IEDKSHDWES TPAHVLINQG HMVDLVRVKQ PPESFLQRYF SSMQRWIGSQ ATEAVFGIQR ...配列:
HGLSHTLRTM AYAELIVEEA RKAKLRGETL GKFKDGRTIA DVTPQELKKI MIAQAFFVAG RDDEASDAKN YQKYHEQSRD AFLKYVKDNE STLIPDVFKD QEDVNFYARV IEDKSHDWES TPAHVLINQG HMVDLVRVKQ PPESFLQRYF SSMQRWIGSQ ATEAVFGIQR QFFHATYEVV AGFDSDNKEP HLVVSGLGRY VIGEDGQPIR EAPKKGQKEG DLKVFPQTYK LKENERLMRV DEFLKLPEIQ NTFPGSGKHL QGGMPGMNEM DYWNRLNSLN RARCENDVDF CLKQLQTAHD KAKIEPIKQA FQSSKGKERR QPNVDEIAAA RIIQQILANP DCIHDDHVLI NGQKLEQQFF RDLLAKCEMA VVGSLLNDTD IGNIDTLMRH EKDTEFHSTN PEAVPVKIGE YWINDQRINN SSGNITQKKH DLIFLMQNDA WYFSRVNAIA QNRDKGSTFK EVLITTLMTP LTSKALVDTS QAKPPTRLFR GLNLSEEFTK GLIDQANAMI ANTTERLFTD HSPEAFKQIK LNDLSKMSGR TNASTTTEIK LVKETWDSNV IFEMLDPDGL LHSKQVGRHG EGTESEFSVY LPEDVALVPV KVTLDGKTQK GENRYVFTFV AVKSPDFTPR H

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA 207 914
測定日: 2017年11月26日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0614 3.8928
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 813 /
MinMax
Q0.072479 2.31877
P(R) point1 813
R0 11.2
結果
カーブのタイプ: single_conc
実験値StandardPorod
分子量73 kDa80 kDa80 kDa
体積--128 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.05686 7.55E-5 0.057 7.3E-5
慣性半径, Rg 3.475 nm0.006 3.45 nm0.03

MinMax
D-11.2
Guinier point5 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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