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万見
- SASDCY4: RNase E 603-850 -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCY4
試料RNase E 603-850
  • RNase E 603-850 (protein), RNase E 603-850, Escherichia coli
機能・相同性RNase E
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2018
タイトル: Analysis of the natively unstructured RNA/protein-recognition core in the Escherichia coli RNA degradosome and its interactions with regulatory RNA/Hfq complexes.
著者: Heather A Bruce / Dijun Du / Dijana Matak-Vinkovic / Katarzyna J Bandyra / R William Broadhurst / Esther Martin / Frank Sobott / Alexander V Shkumatov / Ben F Luisi /
要旨: The RNA degradosome is a multi-enzyme assembly that plays a central role in the RNA metabolism of Escherichia coli and numerous other bacterial species including pathogens. At the core of the ...The RNA degradosome is a multi-enzyme assembly that plays a central role in the RNA metabolism of Escherichia coli and numerous other bacterial species including pathogens. At the core of the assembly is the endoribonuclease RNase E, one of the largest E. coli proteins and also one that bears the greatest region predicted to be natively unstructured. This extensive unstructured region, situated in the C-terminal half of RNase E, is punctuated with conserved short linear motifs that recruit partner proteins, direct RNA interactions, and enable association with the cytoplasmic membrane. We have structurally characterized a subassembly of the degradosome-comprising a 248-residue segment of the natively unstructured part of RNase E, the DEAD-box helicase RhlB and the glycolytic enzyme enolase, and provide evidence that it serves as a flexible recognition centre that can co-recruit small regulatory RNA and the RNA chaperone Hfq. Our results support a model in which the degradosome captures substrates and regulatory RNAs through the recognition centre, facilitates pairing to cognate transcripts and presents the target to the ribonuclease active sites of the greater assembly for cooperative degradation or processing.
登録者
  • Alexander Shkumatov (VUB, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2 1050 Brussel)

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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モデル

モデル #1299
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r8972/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 5.258 / P-value: 0.000002
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モデル #1300
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モデル #1301
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モデル #1302
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モデル #1303
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モデル #1304
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モデル #1305
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モデル #1306
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モデル #1307
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モデル #1308
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モデル #1309
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モデル #1310
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モデル #1311
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モデル #1312
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試料

試料名称: RNase E 603-850 / 試料濃度: 12 mg/ml
バッファ名称: 50 mM Tris HCl, 100 mM NaCl, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 10 mM DTT and 5 % glycerol (v/v)
pH: 7.5
要素 #697名称: RNase E 603-850 / タイプ: protein / 記述: RNase E 603-850 / 分子量: 30.127 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: Q46977
配列: ERQQDRRKPR QNNRRDRNER RDTRSERTEG SDNREENRRN RRQAQQQTAE TRESRQQAEV TEKARTADEQ QAPRRERSRR RNDDKRQAQQ EAKALNVEEQ SVQETEQEER VRPVQPRRKQ RQLNQKVRYE QSVAEEAVVA PVVEETVAAE PIVQEAPAPR TELVKVPLPV ...配列:
ERQQDRRKPR QNNRRDRNER RDTRSERTEG SDNREENRRN RRQAQQQTAE TRESRQQAEV TEKARTADEQ QAPRRERSRR RNDDKRQAQQ EAKALNVEEQ SVQETEQEER VRPVQPRRKQ RQLNQKVRYE QSVAEEAVVA PVVEETVAAE PIVQEAPAPR TELVKVPLPV VAQTAPEQQE ENNADNRDNG GMPRRSRRSP RHLRVSGQRR RRYRDERYPT QSPMPLTVAC ASPELASGKV WIRYPIVRHH HHHH

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1022 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.79 mm
検出器名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: RNase E 603-850 / 測定日: 2014年12月5日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1.5 sec. / フレーム数: 250 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0063 0.5703
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 427 /
MinMax
Q0.00797823 0.250585
P(R) point1 427
R0 275
結果
カーブのタイプ: other /
実験値Porod
分子量49 kDa81.8 kDa
体積-139 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.05 0.01 0.049 0.01
慣性半径, Rg 5.742 nm0.014 5.255 nm0.031

MinMaxError
D-27.5 1
Guinier point10 28 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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