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万見
- SASDCK2: Glucose Isomerase - Streptomyces rubiginosus (Xylose isomerase, G... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCK2
試料Glucose Isomerase - Streptomyces rubiginosus
  • Xylose isomeraseキシロースイソメラーゼ (protein), Glucose Isomeraseキシロースイソメラーゼ, Streptomyces rubiginosus
機能・相同性
機能・相同性情報


キシロースイソメラーゼ / D-xylose metabolic process / xylose isomerase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Xylose isomerase, actinobacteria / キシロースイソメラーゼ / Xylose isomerase family profile. / Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
キシロースイソメラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rubiginosus (バクテリア)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: 2017 publication guidelines for structural modelling of small-angle scattering data from biomolecules in solution: an update.
著者: Jill Trewhella / Anthony P Duff / Dominique Durand / Frank Gabel / J Mitchell Guss / Wayne A Hendrickson / Greg L Hura / David A Jacques / Nigel M Kirby / Ann H Kwan / Javier Pérez / Lois ...著者: Jill Trewhella / Anthony P Duff / Dominique Durand / Frank Gabel / J Mitchell Guss / Wayne A Hendrickson / Greg L Hura / David A Jacques / Nigel M Kirby / Ann H Kwan / Javier Pérez / Lois Pollack / Timothy M Ryan / Andrej Sali / Dina Schneidman-Duhovny / Torsten Schwede / Dmitri I Svergun / Masaaki Sugiyama / John A Tainer / Patrice Vachette / John Westbrook / Andrew E Whitten /
要旨: In 2012, preliminary guidelines were published addressing sample quality, data acquisition and reduction, presentation of scattering data and validation, and modelling for biomolecular small-angle ...In 2012, preliminary guidelines were published addressing sample quality, data acquisition and reduction, presentation of scattering data and validation, and modelling for biomolecular small-angle scattering (SAS) experiments. Biomolecular SAS has since continued to grow and authors have increasingly adopted the preliminary guidelines. In parallel, integrative/hybrid determination of biomolecular structures is a rapidly growing field that is expanding the scope of structural biology. For SAS to contribute maximally to this field, it is essential to ensure open access to the information required for evaluation of the quality of SAS samples and data, as well as the validity of SAS-based structural models. To this end, the preliminary guidelines for data presentation in a publication are reviewed and updated, and the deposition of data and associated models in a public archive is recommended. These guidelines and recommendations have been prepared in consultation with the members of the International Union of Crystallography (IUCr) Small-Angle Scattering and Journals Commissions, the Worldwide Protein Data Bank (wwPDB) Small-Angle Scattering Validation Task Force and additional experts in the field.
登録者
  • Jill Trewhella (School of Molecular Bioscience, University of Sydney., Sydney, New South Wales 2006, Australia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1173
タイプ: dummy / ソフトウェア: (on-line) / ダミー原子の半径: 2.40 A / 対称性: P1 / コメント: job submitted ATSAS on-line April 9, 2017 / カイ2乗値: 0.951 / P-value: 0.035000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1174
タイプ: atomic / ソフトウェア: (on-line) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: GI tetramer generated from PDB:1OAD using symmetry transforms in pymol
カイ2乗値: 1.01580033274 / P-value: 0.045511
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Glucose Isomerase - Streptomyces rubiginosus / 試料濃度: 0.06-0.34
バッファ名称: 25 mM MOPS, 250 mM NaCl, 50 mM KCl, 2 mM TCEP, 0.1% NaN3
pH: 7.5
コメント: 2 mM TCEP and 0.1% (.01538 M) NaN3 used for radiation protection
要素 #612名称: Glucose Isomeraseキシロースイソメラーゼ / タイプ: protein / 記述: Xylose isomeraseキシロースイソメラーゼ / 分子量: 43.097 / 分子数: 4 / 由来: Streptomyces rubiginosus / 参照: UniProt: P24300
配列: NYQPTPEDRF TFGLWTVGWE GRDPFGDATR RALDPVESVR RLAELGAHGV TFHDDDLIPF GSSDSEREEH VKRFRQALDD TGMKVPMATT NLFTHPVFKD GGFTANDRDV RRYALRKTIR NIDLAVELGA ETYVAWGGRE GAESGGAKDV RDALDRMKEA FDLLGEYVTS ...配列:
NYQPTPEDRF TFGLWTVGWE GRDPFGDATR RALDPVESVR RLAELGAHGV TFHDDDLIPF GSSDSEREEH VKRFRQALDD TGMKVPMATT NLFTHPVFKD GGFTANDRDV RRYALRKTIR NIDLAVELGA ETYVAWGGRE GAESGGAKDV RDALDRMKEA FDLLGEYVTS QGYDIRFAIE PKPNEPRGDI LLPTVGHALA FIERLERPEL YGVNPEVGHE QMAGLNFPHG IAQALWAGKL FHIDLNGQNG IKYDQDLRFG AGDLRAAFWL VDLLESAGYS GPRHFDFKPP RTEDFDGVWA SAAGCMRNYL ILKERAAAFR ADPEVQEALR ASRLDELARP TAADGLQALL DDRSAFEEFD VDAAAARGMA FERLDQLAMD HLLGARG

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.10332 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.683 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Glucose Isomerase - Streptomyces rubiginosus / 測定日: 2017年3月9日 / セル温度: 22 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 24 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0066 0.3104
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 304 /
MinMax
Q0.00662753 0.242734
P(R) point1 304
R0 92.15
結果
カーブのタイプ: other
実験値StandardPorod
分子量172.234 kDa183.254 kDa152.667 kDa
体積--229 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.03739 3.9E-5 0.037 4.4E-5
慣性半径, Rg 3.265 nm0.004 3.287 nm0.013

MinMax
D-9.22
Guinier point1 43

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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