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万見
- SASDCH9: Bifunctional enzyme responsible for the synthesis and hydrolysis ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCH9
試料Bifunctional enzyme responsible for the synthesis and hydrolysis of c-di-GMP (DcpA) with GDP
  • Sensory box/response regulator (protein), Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain ...: / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain profile. / EAL domain / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Sensory box/response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
引用日付: 2018 Apr 13
タイトル: The GDP-switched GAF domain of DcpA modulates the concerted synthesis/hydrolysis of c-di-GMP in Mycobacterium smegmatis
著者: Chen H / Li N / Luo Y / Jiang Y / Zhou C / Chen Y
登録者
  • Na LI (National Center for Protein Science Shanghai, Shanghai, China)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1642
タイプ: atomic / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 2.54
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1639
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 4.50 A / 対称性: P1 / カイ2乗値: 4.837
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Bifunctional enzyme responsible for the synthesis and hydrolysis of c-di-GMP (DcpA) with GDP
試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 20 mM HEPES, 100 mM NaCl, 5% glycerol, 2 mM MgCl2 / pH: 7.5
要素 #876タイプ: protein / 記述: Sensory box/response regulator / 分子量: 67.758 / 分子数: 2
由来: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155)
参照: UniProt: A0QUG3
配列: MGHHHHHHMM SESLDVLVTS VATQLMAVEA ATSVSVSQQV LAELVSFFDV DVSFLRHNDH RAHATRLVAE WPPRPVDAAT DPIAVVHFAD ADPVFAMAEH LKEPAVFRPE PLYDDYQRTI EAGRHIPATS MACVPLLSGD VTTGVLGFVK FGDREWLPAE LNALKAIASL ...配列:
MGHHHHHHMM SESLDVLVTS VATQLMAVEA ATSVSVSQQV LAELVSFFDV DVSFLRHNDH RAHATRLVAE WPPRPVDAAT DPIAVVHFAD ADPVFAMAEH LKEPAVFRPE PLYDDYQRTI EAGRHIPATS MACVPLLSGD VTTGVLGFVK FGDREWLPAE LNALKAIASL FAQVQARIEA EERLRYLADH DHLTGLYNRR ALMAHLEARL APGQPGPVAV MFFDLDRLKA INDYLGHTAG DAFISILAQR LQRGDDAPKL IARLGGDEFV VVPDDPMSLD EATALAYRLQ SVLRERVTVD GEMLTRTVSI GIAQGIPGKD STSDVLNRAD HAVLTAKGSG GNRVAVFSDA MAMEIDFRND IELHLQSVIE GGALVLHYLP EIDMRTGEVL AAEALVRWEH PTRGLLSPDS FIGVAESINL AGELGRWVLR TACAEFSRWR ANGVGRNIVL RINVSPVQLV TDGFVESVAG IMKEFGLPRG SVCLEITESV VVQDIETTRT TLTGLHNVGV QVAIDDFGTG YSVLSLLKSL PVDTLKIDRS FVAELGSNPG DLPIVRAVIA LAGAFGLQLV AEGVETERAA LTLLRHGCYR AQGFLLSKPI LGSEMQTLLA KGRVPVHFSA APRM

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実験情報

ビーム設備名称: Shanghai Synchrotron Radiation Facility (SSRF) BL19U2
地域: Shanghai / 国: China / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.25 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Bifunctional enzyme responsible for the synthesis and hydrolysis of c-di-GMP (DcpA) with GDP
測定日: 2016年6月26日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0082 0.2971
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 584 /
MinMax
Q0.0150146 0.297121
P(R) point1 584
R0 200
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量156 kDa157 kDa
体積-298.9 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I0336.4 0.4 337.3 7.23
慣性半径, Rg 5.16 nm0.01 5.01 nm0.01

MinMax
D-20
Guinier point16 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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