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万見
- SASDCB7: Streptococcus pneumoniae phosphodiesterase Pde2 (DHH subfamily 1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCB7
試料Streptococcus pneumoniae phosphodiesterase Pde2
  • DHH subfamily 1 protein (protein), SpnPde2, Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466)
機能・相同性: / DDH domain / DHH family, N-terminal domain / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain / nucleic acid binding / DHH subfamily 1 protein
機能・相同性情報
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (肺炎レンサ球菌)
引用日付: 2017 Oct
タイトル: Structural and Biophysical Analysis of the Soluble DHH/DHHA1-Type Phosphodiesterase TM1595 from Thermotoga maritima
著者: Drexler D / Müller M / Rojas-Cordova C / Bandera A
登録者
  • Gregor Witte (Ludwig-Maximilians-Universität München)

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モデル

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試料

試料名称: Streptococcus pneumoniae phosphodiesterase Pde2 / 試料濃度: 7 mg/ml
バッファ名称: 20mM Tris, 200 mM NaCl, 5%(v/v) glycerol / pH: 7.5
要素 #737名称: SpnPde2 / タイプ: protein / 記述: DHH subfamily 1 protein / 分子量: 35.053 / 分子数: 2
由来: Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466)
参照: UniProt: A0A0H2ZNP2
配列: SMEICQQILE KIKEYDTIII HRHMKPDPDA LGSQVGLKAL LEHHFPEKTI KAVGFDEPTL TWMAEMDLVE DRAYQGALVI VCDTANTARI DDKRYSQGDF LIKIDHHPND DVYGDLSWVD TSSSSASEMI TLFAQTTQLA LADRDAELLF AGIVGDTGRF LYPSTTARTL ...配列:
SMEICQQILE KIKEYDTIII HRHMKPDPDA LGSQVGLKAL LEHHFPEKTI KAVGFDEPTL TWMAEMDLVE DRAYQGALVI VCDTANTARI DDKRYSQGDF LIKIDHHPND DVYGDLSWVD TSSSSASEMI TLFAQTTQLA LADRDAELLF AGIVGDTGRF LYPSTTARTL RLAAYLREHN FDFAALTRKM DTMSYKIAKL QGYIYDHLEV DENGAARVIL SQEVLKQYNV TDAETAAIVG APGRIDRVSL WGIFVEQADG HYRVRLRSKI HPINEIAKEH DGGGHPLASG ANSYSLEENE IIYQKLKNLL KN

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.123987 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Streptococcus pneumoniae phosphodiesterase Pde2
測定日: 2015年6月23日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 39 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0268 4.8081
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1104 /
MinMax
Q0.0610767 2.97316
P(R) point1 1104
R0 7.74
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量57 kDa67 kDa
体積-86.56 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I021410 13.4 21234 19.57
慣性半径, Rg 2.72 nm0.148 2.69 nm0.23

MinMax
D-7.74
Guinier point14 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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