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万見
- SASDCA2: Rab family protein CtRoco GDP (Rab family protein, CtRoco) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCA2
試料Rab family protein CtRoco GDP
  • Rab family protein (protein), CtRoco, Chlorobium tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS)
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR, domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat ...: / C-terminal of Roc (COR) domain / C-terminal of Roc, COR, domain / Ras of Complex, Roc, domain of DAPkinase / Leucine rich repeat 4 / Leucine Rich repeats (2 copies) / Roc domain profile. / Roc domain / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine Rich repeat / Leucine-rich repeats, bacterial type / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Rab subfamily of small GTPases / Leucine-rich repeat domain superfamily / Small GTP-binding protein domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Rab family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS) (バクテリア)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: A homologue of the Parkinson's disease-associated protein LRRK2 undergoes a monomer-dimer transition during GTP turnover.
著者: Egon Deyaert / Lina Wauters / Giambattista Guaitoli / Albert Konijnenberg / Margaux Leemans / Susanne Terheyden / Arsen Petrovic / Rodrigo Gallardo / Laura M Nederveen-Schippers / Panagiotis ...著者: Egon Deyaert / Lina Wauters / Giambattista Guaitoli / Albert Konijnenberg / Margaux Leemans / Susanne Terheyden / Arsen Petrovic / Rodrigo Gallardo / Laura M Nederveen-Schippers / Panagiotis S Athanasopoulos / Henderikus Pots / Peter J M Van Haastert / Frank Sobott / Christian Johannes Gloeckner / Rouslan Efremov / Arjan Kortholt / Wim Versées /
要旨: Mutations in LRRK2 are a common cause of genetic Parkinson's disease (PD). LRRK2 is a multi-domain Roco protein, harbouring kinase and GTPase activity. In analogy with a bacterial homologue, LRRK2 ...Mutations in LRRK2 are a common cause of genetic Parkinson's disease (PD). LRRK2 is a multi-domain Roco protein, harbouring kinase and GTPase activity. In analogy with a bacterial homologue, LRRK2 was proposed to act as a GTPase activated by dimerization (GAD), while recent reports suggest LRRK2 to exist under a monomeric and dimeric form in vivo. It is however unknown how LRRK2 oligomerization is regulated. Here, we show that oligomerization of a homologous bacterial Roco protein depends on the nucleotide load. The protein is mainly dimeric in the nucleotide-free and GDP-bound states, while it forms monomers upon GTP binding, leading to a monomer-dimer cycle during GTP hydrolysis. An analogue of a PD-associated mutation stabilizes the dimer and decreases the GTPase activity. This work thus provides insights into the conformational cycle of Roco proteins and suggests a link between oligomerization and disease-associated mutations in LRRK2.
登録者
  • Egon Deyaert (VUB, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2 1050 Brussel)

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モデル

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試料

試料名称: Rab family protein CtRoco GDP / 試料濃度: 1.00-2.00
バッファ名称: 20 mM HEPES 150 mM NaCl 5 mM MgCl2 5% Glycerol 1 mM DTT 200µM GDP
pH: 7.5
要素 #601名称: CtRoco / タイプ: protein / 記述: Rab family protein / 分子量: 127.147 / 分子数: 2
由来: Chlorobium tepidum (strain ATCC 49652 / DSM 12025 / NBRC 103806 / TLS)
参照: UniProt: Q8KC98
配列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMS DLDVIRQIEQ ELGMQLEPVD KLKWYSKGYK LDKDQRVTAI GLYDCGSDTL DRIIQPLESL KSLSELSLSS NQITDISPLA SLNSLSMLWL DRNQITDIAP LASLNSLSML WLFGNKISDI APLESLKSLT ELQLSSNQIT ...配列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMS DLDVIRQIEQ ELGMQLEPVD KLKWYSKGYK LDKDQRVTAI GLYDCGSDTL DRIIQPLESL KSLSELSLSS NQITDISPLA SLNSLSMLWL DRNQITDIAP LASLNSLSML WLFGNKISDI APLESLKSLT ELQLSSNQIT DIAPLASLKS LTELSLSGNN ISDIAPLESL KSLTELSLSS NQITDIAPLA SLKSLTELSL SSNQISDIAP LESLKSLTEL QLSRNQISDI APLESLKSLT ELQLSSNQIT DIAPLASLKS LTELQLSRNQ ISDIAPLESL NSLSKLWLNG NQITDIAPLA SLNSLTELEL SSNQITDIAP LASLKSLSTL WLSSNQISDI APLASLESLS ELSLSSNQIS DISPLASLNS LTGFDVRRNP IKRLPETITG FDMEILWNDF SSSGFITFFD NPLESPPPEI VKQGKEAVRQ YFQSIEEARS KGEALVHLQE IKVHLIGDGM AGKTSLLKQL IGETFDPKES QTHGLNVVTK QAPNIKGLEN DDELKECLFH FWDFGGQEIM HASHQFFMTR SSVYMLLLDS RTDSNKHYWL RHIEKYGGKS PVIVVMNKID ENPSYNIEQK KINERFPAIE NRFHRISCKN GDGVESIAKS LKSAVLHPDS IYGTPLAPSW IKVKEKLVEA TTAQRYLNRT EVEKICNDSG ITDPGERKTL LGYLNNLGIV LYFEALDLSE IYVLDPHWVT IGVYRIINSS KTKNGHLNTS ALGYILNEEQ IRCDEYDPAK NNKFTYTLLE QRYLLDIMKQ FELCYDEGKG LFIIPSNLPT QIDNEPEITE GEPLRFIMKY DYLPSTIIPR LMIAMQHQIL DRMQWRYGMV LKSQDHEGAL AKVVAETKDS TITIAIQGEP RCKREYLSII WYEIKKINAN FTNLDVKEFI PLPGHPDELV EYKELLGLEK MGRDEYVSGK LEKVFSVSKM LDSVISKEER NKERLMGDIN IKLENIGNPT IPIHQQVEVN VSQETVQHVE NLQGFFENLK ADILREAELE IDDPKERKRL ANELELAENA ITKMDAAVKS GKNKLKPDVK DRLGEFIDNL ANENSRLRKG IALVMNGAEK VQKLARYYNN VAPFFDLPSV PPVLLGKEKT

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Rab family protein CtRoco GDP / 測定日: 2015年6月17日 / セル温度: 25 °C / 照射時間: 0.75 sec. / フレーム数: 36 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0061 0.5535
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 203 /
MinMax
Q0.00663373 0.109698
P(R) point1 203
R0 224
結果
カーブのタイプ: other /
実験値Porod
分子量252 kDa289 kDa
体積-491 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.1675 2.629E-5 0.16538 2.73E-5
慣性半径, Rg 6.178 nm0.002 5.9 nm0.001

MinMax
D-22.4
Guinier point5 32

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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