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万見
- SASDC75: Leishmania braziliensis SGT co-chaperone (SGT protein, LbSGT) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC75
試料Leishmania braziliensis SGT co-chaperone
  • SGT protein (protein), LbSGT, Leishmania braziliensis
機能・相同性: / Tetratricopeptide repeat 1 / Tetratricopeptide repeat / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / SGT protein
機能・相同性情報
生物種Leishmania braziliensis (ブラジルリーシュマニア)
引用日付: 2018 Jun
タイトル: Structural and functional studies of the Leishmania braziliensis SGT co-chaperone indicate that it shares structural features with HIP and can interact with both Hsp90 and Hsp70 with similar affinities
著者: Coto A / Seraphim T / Batista F / Dores-Silva P / Barranco A / Teixeira F / Gava L
登録者
  • Júlio Borges (Instituto de Química de São Carlos, São Carlos - SP - Brasil)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1321
タイプ: dummy / ソフトウェア: (4.1) / 対称性: P2 / カイ2乗値: 1.476 / P-value: 0.203609
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Leishmania braziliensis SGT co-chaperone / 試料濃度: 1.50-6.00
バッファ名称: 20 mM Potassium Phosphate, 100 mM KCl, 10 mM EDTA, 1 mM B-mercaptoethanol
pH: 7.5
要素 #706名称: LbSGT / タイプ: protein / 記述: SGT protein / 分子量: 45.935 / 分子数: 2 / 由来: Leishmania braziliensis / 参照: UniProt: A4HIK6
配列: GSHMEEKDQP ITDDHRKLVF SFLRMMRRSK VENPERTEAV AQMLGEEFGV DPAGSGGLHD TEVDVLEAFK TALREHERRS GAEQDEKFMS FVELLEKKGY FKGVEKGSDE YAQRLEKARD KFNQRNNPYE GLTAEQIKNK GNELMSQAKY KEAIAYYTKA IELESDNAVF ...配列:
GSHMEEKDQP ITDDHRKLVF SFLRMMRRSK VENPERTEAV AQMLGEEFGV DPAGSGGLHD TEVDVLEAFK TALREHERRS GAEQDEKFMS FVELLEKKGY FKGVEKGSDE YAQRLEKARD KFNQRNNPYE GLTAEQIKNK GNELMSQAKY KEAIAYYTKA IELESDNAVF FANRAAAHTH LKDYSNAIID CERAIVINPE YSKSYSRLGT ALFYQENYAR AVEAFTKACD LDPDNDTYKE DLKRAEEKAK MTGLTTGGGM GGFPGMGGFP GMGGMPDMSQ FASMMNNPQF METAQRMMQN PEFSNMVANM AGKFSQGGMD PAELNRLGAD MGMRNVDEEG NVVTPFGKVN RAAIEKLQEE EVRKNPKLAG IMADVQANGY GAFQKYLGDP DVMSLMMKFQ SLMFTNPNSS A

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実験情報

ビーム設備名称: Brazilian Synchrotron Light Laboratory SAXS2 Beamline
地域: Campinas / 国: Brazil / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1488 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1 mm
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: Leishmania braziliensis SGT co-chaperone / 測定日: 2014年5月14日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 300 sec. / フレーム数: 3 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1538 3.3294
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 239 /
MinMax
Q0.01538 0.3329
P(R) point1 239
R0 170
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値StandardStandard error
分子量91 kDa102 kDa4

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.06631 0.00296 0.0659072 0.00039
慣性半径, Rg 4.66 nm0.3 4.48 nm0.4

MinMaxError
D-17 5
Guinier point2 11 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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