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- SASDBY5: C-terminal fragment (509-716) of the Methoprene-tolerant protein ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBY5
試料C-terminal fragment (509-716) of the Methoprene-tolerant protein from Drosophila melanogaster
  • FI10506p (protein), Met, Drosophila melanogaster
機能・相同性
機能・相同性情報


NPAS4 regulates expression of target genes / aryl hydrocarbon receptor complex / negative regulation of programmed cell death / regulation of developmental process / nuclear receptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II ...NPAS4 regulates expression of target genes / aryl hydrocarbon receptor complex / negative regulation of programmed cell death / regulation of developmental process / nuclear receptor activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2016
タイトル: Intrinsic Disorder of the C-Terminal Domain of Drosophila Methoprene-Tolerant Protein.
著者: Marta Kolonko / Katarzyna Ożga / Rafał Hołubowicz / Michał Taube / Maciej Kozak / Andrzej Ożyhar / Beata Greb-Markiewicz /
要旨: Methoprene tolerant protein (Met) has recently been confirmed as the long-sought juvenile hormone (JH) receptor. This protein plays a significant role in the cross-talk of the 20-hydroxyecdysone (20E) ...Methoprene tolerant protein (Met) has recently been confirmed as the long-sought juvenile hormone (JH) receptor. This protein plays a significant role in the cross-talk of the 20-hydroxyecdysone (20E) and JH signalling pathways, which are important for control of insect development and maturation. Met belongs to the basic helix-loop-helix/Per-Arnt-Sim (bHLH-PAS) family of transcription factors. In these proteins, bHLH domains are typically responsible for DNA binding and dimerization, whereas the PAS domains are crucial for the choice of dimerization partner and the specificity of target gene activation. The C-terminal region is usually responsible for the regulation of protein complex activity. The sequence of the Met C-terminal region (MetC) is not homologous to any sequence deposited in the Protein Data Bank (PDB) and has not been structurally characterized to date. In this study, we show that the MetC exhibits properties typical for an intrinsically disordered protein (IDP). The final averaged structure obtained with small angle X-ray scattering (SAXS) experiments indicates that intrinsically disordered MetC exists in an extended conformation. This extended shape and the long unfolded regions characterise proteins with high flexibility and dynamics. Therefore, we suggest that the multiplicity of conformations adopted by the disordered MetC is crucial for its activity as a biological switch modulating the cross-talk of different signalling pathways in insects.
登録者
  • Michal Taube (AMU, Adam Mickiewicz University in Poznań, Poznań, Poland)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #560
タイプ: dummy / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.962361
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #561
タイプ: dummy / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.962361
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: C-terminal fragment (509-716) of the Methoprene-tolerant protein from Drosophila melanogaster
試料濃度: 2.6 mg/ml
バッファ名称: 20mM Tris/HCl 150mM NaCl / pH: 7.5
要素 #386名称: Met / タイプ: protein / 記述: FI10506p / 分子量: 23.4 / 分子数: 1 / 由来: Drosophila melanogaster / 参照: UniProt: Q9VYW2
配列: GSGGIEGRHA GRQKVQEMKE KFSTIIKAEM PTQSSSPDLP ASQAPQQLER IVLYLIENLQ KSVDSAETVG GQGMESLMDD GYSSPANTLT LEELAPSPTP ALALVPPAPS SVKSSISKSV SVVNVTAARK FQQEHQKQRE RDREQLKERT NSTQGVIRQL SSCLSEAETA ...配列:
GSGGIEGRHA GRQKVQEMKE KFSTIIKAEM PTQSSSPDLP ASQAPQQLER IVLYLIENLQ KSVDSAETVG GQGMESLMDD GYSSPANTLT LEELAPSPTP ALALVPPAPS SVKSSISKSV SVVNVTAARK FQQEHQKQRE RDREQLKERT NSTQGVIRQL SSCLSEAETA SCILSPASSL SASEAPDTPD PHSNTSPPPS LHTRPSVLHR TLTSTLR

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: C-terminal fragment (509-716) of the Met / 測定日: 2015年7月21日 / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.5 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.022 4.8204
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 412 /
MinMax
Q0.06036 4.405
P(R) point13 424
R0 22
結果
D max: 22 / カーブのタイプ: single_conc
コメント: Modelling of the MetC low resolution structure was performed using Ensemble Optimization Method (EOM), of which selected models are displayed in this entry. The full results obtained ...コメント: Modelling of the MetC low resolution structure was performed using Ensemble Optimization Method (EOM), of which selected models are displayed in this entry. The full results obtained from EOM modelling that includes the optimised Rg and size distributions of the MetC ensemble are included in the full entry zip archive. Note: The C-terminal fragment of the MetC protein (residues 509-716) has nine additional amino acids (GSGGIEGRH) at the N-terminus derived from the affinity tag encoded in the pColdTF expression plasmid (remaining after protease cleavage). The molecular weight (from I(0)) was calculated from the SAXS data by scaling the intensities by 0.3 in order to match the high-q scattering intensities obtained from a BSA standard. This procedure was done because estimating the concentration the MetC sample is prone to significant errors as a consequence of the protein's poor extinction coefficient (Abs. 280 nm 1mg/ml = 0.130).
実験値Standard
分子量30.52 kDa30.52 kDa

P(R)Guinier
前方散乱 I0397600 38540
慣性半径, Rg 5.61 nm5.1 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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