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- SASDBW2: Zebrafish (Danio rerio) Arpin truncated C-terminal mutant (delta-... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBW2
試料Zebrafish (Danio rerio) Arpin truncated C-terminal mutant (delta-C 16).
  • Zebrafish (Danio rerio) Arpin truncated C-terminal mutant (delta-C 16). (protein), Arpin-deltaC, Danio rerio
機能・相同性Arpin / Arp2/3-interacting proteins Arpin / negative regulation of actin nucleation / directional locomotion / negative regulation of cell migration / lamellipodium / Arpin
機能・相同性情報
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Hybrid Structural Analysis of the Arp2/3 Regulator Arpin Identifies Its Acidic Tail as a Primary Binding Epitope.
著者: Susan Fetics / Aurélien Thureau / Valérie Campanacci / Magali Aumont-Nicaise / Irène Dang / Alexis Gautreau / Javier Pérez / Jacqueline Cherfils /
要旨: Arpin is a newly discovered regulator of actin polymerization at the cell leading edge, which steers cell migration by exerting a negative control on the Arp2/3 complex. Arpin proteins have an acidic ...Arpin is a newly discovered regulator of actin polymerization at the cell leading edge, which steers cell migration by exerting a negative control on the Arp2/3 complex. Arpin proteins have an acidic tail homologous to the acidic motif of the VCA domain of nucleation-promoting factors (NPFs). This tail is predicted to compete with the VCA of NPFs for binding to the Arp2/3 complex, thereby mitigating activation and/or tethering of the complex to sites of actin branching. Here, we investigated the structure of full-length Arpin using synchrotron small-angle X-ray scattering, and of its acidic tail in complex with an ankyrin repeats domain using X-ray crystallography. The data were combined in a hybrid model in which the acidic tail extends from the globular core as a linear peptide and forms a primary epitope that is readily accessible in unbound Arpin and suffices to tether Arpin to interacting proteins with high affinity.
登録者
  • Aurélien Thureau (Soleil, Soleil Synchrotron, Saint-Aubin, France)

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モデル

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試料

試料名称: Zebrafish (Danio rerio) Arpin truncated C-terminal mutant (delta-C 16).
バッファ名称: 50 mM HEPES 100mM NaCl 1mM TCEP / 濃度: 50.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 100mM NaCl, 1mM TCEP
要素 #277名称: Arpin-deltaC / タイプ: protein
記述: Zebrafish (Danio rerio) Arpin truncated C-terminal mutant (delta-C 16).
分子量: 23.78 / 分子数: 1 / 由来: Danio rerio / 参照: UniProt: Q1LWJ6
配列: GSRIYDNTAL LNKPVHNEKL SFTWDPIVHQ SGHGVILEGT VVDFSRHAIT DVKNRKERYN VLYIKPSRVH RRKYDSKGNE IEPNFSDTKK VNTGFLMSSF KVEAKGETDC LDERQLREIV NKEQLVKVTI KHCPREAFAF WISEAEMDKT ELEPGQEVRL KTKGDGPFIF ...配列:
GSRIYDNTAL LNKPVHNEKL SFTWDPIVHQ SGHGVILEGT VVDFSRHAIT DVKNRKERYN VLYIKPSRVH RRKYDSKGNE IEPNFSDTKK VNTGFLMSSF KVEAKGETDC LDERQLREIV NKEQLVKVTI KHCPREAFAF WISEAEMDKT ELEPGQEVRL KTKGDGPFIF SSAKLDSGTV TKCNFAGDEN AGASWTEKIM ANKSNQENTG

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.82 mm
検出器名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Zebrafish (Danio rerio) Arpin truncated C-terminal
測定日: 2014年12月4日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1.5 sec. / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.062 6.0833
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 421 /
MinMax
Q0.01352 0.25
P(R) point1 421
R0 113
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Due to high concentration at the elution peak, the HPLC UV detector was saturated and the concentrations of the sample was consequently underestimated. In this case, the molecular mass ...コメント: Due to high concentration at the elution peak, the HPLC UV detector was saturated and the concentrations of the sample was consequently underestimated. In this case, the molecular mass is overestimated when assessing this parameter from I(0) and concentration.
実験値Porod
分子量25.5 kDa21.8 kDa
体積-37.1 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.067 0.066 3.0E-5
慣性半径, Rg -2.22 nm-

MinMax
D-11.3
Guinier point12 94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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