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万見
- SASDBV5: Cyclopentadecanone monooxygenase, NADP+, wild-type -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBV5
試料Cyclopentadecanone monooxygenase, NADP+, wild-type
  • Cyclopentadecanone 1,2-monooxygenase (protein), Pseudomonas sp. HI-70
機能・相同性Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / monooxygenase activity / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Cyclopentadecanone 1,2-monooxygenase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas sp. HI-70 (バクテリア)
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta / 年: 2016
タイトル: The role of conformational flexibility in Baeyer-Villiger monooxygenase catalysis and structure.
著者: Brahm J Yachnin / Peter C K Lau / Albert M Berghuis /
要旨: BACKGROUND: The Baeyer-Villiger monooxygenases (BMVOs) are a group of microbial enzymes that have garnered interest as industrial biocatalysts. While great strides have been made in recent years to ...BACKGROUND: The Baeyer-Villiger monooxygenases (BMVOs) are a group of microbial enzymes that have garnered interest as industrial biocatalysts. While great strides have been made in recent years to understand the mechanism of these enzymes from a structural perspective, our understanding remains incomplete. In particular, the role of a twenty residue loop (residues 487-504), which we refer to as the "Control Loop," that is observed in either an ordered or disordered state in various crystal structures remains unclear.
手法: Using SAXS, we have made the first observations of the Loop in solution with two BVMOs, cyclohexanone monooxygenase (CHMO) and cyclopentadecanone monooxygenase. We also made a series of ...手法: Using SAXS, we have made the first observations of the Loop in solution with two BVMOs, cyclohexanone monooxygenase (CHMO) and cyclopentadecanone monooxygenase. We also made a series of mutants of CHMO and analyzed them using SAXS, ITC, and an uncoupling assay.
RESULTS: These experiments show that Control Loop ordering results in an overall more compact enzyme without altering global protein foldedness. We have also demonstrated that the Loop plays a ...RESULTS: These experiments show that Control Loop ordering results in an overall more compact enzyme without altering global protein foldedness. We have also demonstrated that the Loop plays a critical and complex role on enzyme structure and catalysis. The Control Loop appears to have a direct impact on the organization of the overall structure of the protein, as well as in influencing the active site environment.
CONCLUSIONS: The data imply that the Loop can be divided into two regions, referred to as "sub-loops," that coordinate overall domain movements to changes in the active site.
GENERAL SIGNIFICANCE: A better understanding of the mechanistic role of the Control Loop may ultimately be helpful in designing mutants with altered specificity and improved catalytic efficiency.
登録者
  • Albert Berghuis (McGill, McGill University, Montreal, Quebec, Canada)

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モデル

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試料

試料名称: Cyclopentadecanone monooxygenase, NADP+, wild-type / 試料濃度: 2.25-9.00
バッファ名称: 50 mM Tris 2 mM TCEP 5 mM NADP+ / pH: 8
要素 #362タイプ: protein / 記述: Cyclopentadecanone 1,2-monooxygenase / 分子量: 69.13 / 分子数: 1 / 由来: Pseudomonas sp. HI-70 / 参照: UniProt: T2HVF7
配列: GSLEASMHMS QLIQEPAEAG VTSQKVSFDH VALREKYRQE RDKRLRQDGQ EQYLEVAVTC DEYLKDPYAD PIVRDPVVRE TDVFIIGGGF GGLLAAVRLQ QAGVSDYVMV ERAGDYGGTW YWNRYPGAQC DIESYVYMPL LEEMGYIPTE KYAFGTEILE YSRSIGRKFG ...配列:
GSLEASMHMS QLIQEPAEAG VTSQKVSFDH VALREKYRQE RDKRLRQDGQ EQYLEVAVTC DEYLKDPYAD PIVRDPVVRE TDVFIIGGGF GGLLAAVRLQ QAGVSDYVMV ERAGDYGGTW YWNRYPGAQC DIESYVYMPL LEEMGYIPTE KYAFGTEILE YSRSIGRKFG LYERTYFQTE VKDLSWDDEA ARWRITTDRG DKFSARFVCM STGPLQRPKL PGIPGITSFK GHSFHTSRWD YSYTGGDQTG NLEGLKDKRV AIIGTGATSI QAVPHLAAYA QELYVIQRTP ISVGFRGNKP TDPEWAKSLQ PGWQQARMDN FNAITHGMPV DVDLVQDSWT KIFGEIGVFL GSDGSRAQMV DFQLMEQIRA RVDQEVKDPA TAESLKPYYN IMCKRPGFHD SYLPSFNKPN VTLVDTQGAG VERITEKGLV VNGREYEVDC LIYATGFEYQ TKLSRRNGYE IHGRNGQPLS DKWKDGLSTL WGYHIRDFPN CFILGNGQSA VTPNFTHMLN EAGKHVAYVV KHCLDERVDV FEPTAEAEQA WVDHVMSFAG IKQQYDRECT PSYYNNEGQV NDVALTRNNF YPGGAVAFIN ILREWREKGD FAQFQQRKR

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実験情報

ビーム設備名称: Advanced Light Source (ALS) 12.3.1 (SIBYLS) / 地域: Berkeley, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.5 mm
検出器名称: MAR 165 CCD
スキャン
タイトル: Cyclopentadecanone monooxygenase, NADP+, wild-type
測定日: 2012年10月2日 / セル温度: 20 °C / フレーム数: 4 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0222 0.3135
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 480 /
MinMax
Q0.0222 0.3135
P(R) point1 480
R0 87
結果
D max: 8.7 / カーブのタイプ: merged
実験値StandardPorod
分子量69.13 kDa72.1 kDa-
体積--120 nm3

P(R)Guinier
前方散乱 I01922 1937
慣性半径, Rg 2.622 nm2.658 nm

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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