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万見
- SASDBP4: Neisseria meningitidis iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBP4
試料Neisseria meningitidis iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD
  • Iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD (protein), FrpD, Neisseria meningitidis
機能・相同性RTX iron-regulated FrpC / RTX iron-regulated protein FrpC / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / RTX iron-regulated protein (frpC)
機能・相同性情報
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌)
引用日付: 2017 Jan 13
タイトル: Structural basis of the interaction between the putative adhesion-involved and iron-regulated FrpD and FrpC proteins of Neisseria meningitidis
著者: Sviridova E / Rezacova P / Bondar A / Veverka V / Novak P / Schenk G / Svergun D / Kuta Smatanova I
登録者
  • Gundolf Schenk (Stanford University, Stanford, California, USA)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #522
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN / ダミー原子の半径: 2.00 A / カイ2乗値: 1.425636 / P-value: 0.000725
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #524
タイプ: atomic / ソフトウェア: CRYSOL-PDB 5EDJ / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.067089 / P-value: 0.000850
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Neisseria meningitidis iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD
試料濃度: 8.4 mg/ml
バッファ名称: Tris-HCl / 濃度: 10.00 mM / pH: 7.4 / 組成: 150 mM NaCl, 0.01% NaN3
要素 #337名称: FrpD / タイプ: protein / 記述: Iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD / 分子量: 26.756 / 分子数: 1 / 由来: Neisseria meningitidis / 参照: UniProt: Q08840
配列: keqtsfnnpe pmtgfehtvt fdfqgtkmvi pygylarytq dnatkwlsdt pgqdaysinl ieisvyykkt dqgwvlepyn qqnkahfiqf lrdgldsvdd ivirkdacsl sttmgerllt ygvkkmpsay peyeayedkr hipenpyfhe fyyikkgenp aiithrnnri ...配列:
keqtsfnnpe pmtgfehtvt fdfqgtkmvi pygylarytq dnatkwlsdt pgqdaysinl ieisvyykkt dqgwvlepyn qqnkahfiqf lrdgldsvdd ivirkdacsl sttmgerllt ygvkkmpsay peyeayedkr hipenpyfhe fyyikkgenp aiithrnnri nqteedsyst svgscingft vqyypfirek qqltqqelvg yhqqveqlvq sfvnnsnkk

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: Iron-regulated outer membrane lipoprotein FrpD
測定日: 2011年10月19日 / 保管温度: 10 °C / 照射時間: 15 sec. / フレーム数: 8 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0855 6.032
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 396 /
MinMax
Q0.202 4.534
P(R) point42 437
R0 6.554
結果
カーブのタイプ: single_conc /
実験値Porod
分子量13 kDa25 kDa
体積-41 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I016.4 0.02 16.6 0.03
慣性半径, Rg 2.1 nm0.003 2.2 nm0.1

MinMax
D-6.5
Guinier point39 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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