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万見
- SASDBE7: ESX-5 type VII secretion system protein EccC5 (EccC5) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBE7
試料ESX-5 type VII secretion system protein EccC5
  • ESX-5 type VII secretion system protein EccC5 (protein), EccC5, Mycobacterium xenopi RIVM700367
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
FtsK domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium xenopi RIVM700367 (バクテリア)
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #823
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / コメント: Ensemble member of EOM selected / カイ2乗値: 1.010 / P-value: 0.900000
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モデル #824
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: p1 / コメント: Ensemble member of EOM selected / カイ2乗値: 1.010 / P-value: 0.900000
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モデル #825
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: p1 / コメント: Ensemble member of EOM selected / カイ2乗値: 1.010 / P-value: 0.900000
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モデル #826
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: p1 / コメント: Ensemble member of EOM selected / カイ2乗値: 1.010 / P-value: 0.900000
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モデル #827
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / コメント: Ensemble member of EOM selected / カイ2乗値: 1.010 / P-value: 0.900000
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モデル #828
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / コメント: Ensemble member of EOM selected / カイ2乗値: 1.010 / P-value: 0.900000
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モデル #829
タイプ: mix / ソフトウェア: EOM (2.1) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P1 / コメント: Ensemble member of EOM selected / カイ2乗値: 1.010 / P-value: 0.900000
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モデル #822
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF/DAMMIN / ダミー原子の半径: 5.00 A / 対称性: P1 / コメント: refined model in dammin / カイ2乗値: 0.946 / P-value: 0.240000
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試料

試料名称: ESX-5 type VII secretion system protein EccC5 / 試料濃度: 0.39-0.39
バッファ名称: 20 mM Tris 200 mM NaCl 5%(v/v) Glycerol / pH: 8
要素 #460名称: EccC5 / タイプ: protein / 記述: ESX-5 type VII secretion system protein EccC5 / 分子量: 142.453 / 分子数: 1 / 由来: Mycobacterium xenopi RIVM700367 / 参照: UniProt: I0RZI0
配列: KLDAMRAQFM LMLDMLRETA QESADSMDAN YRWFHPAPTT LAAAVGSSRM WERQPDGKDL NFGVVRVGVG MTRPEVTWGE PQNMPTDIEL EPVTGKALQE FGRYQSVVYN LPKMVSLLVE PWYSLVGERE QVLGLTRAII CQLAFSHGPD HVQMIVVTSD PDRWDWVKWI ...配列:
KLDAMRAQFM LMLDMLRETA QESADSMDAN YRWFHPAPTT LAAAVGSSRM WERQPDGKDL NFGVVRVGVG MTRPEVTWGE PQNMPTDIEL EPVTGKALQE FGRYQSVVYN LPKMVSLLVE PWYSLVGERE QVLGLTRAII CQLAFSHGPD HVQMIVVTSD PDRWDWVKWI PHFGDPRRRD AAGNARMVYT SVREFATEQA ELFAGRGSFT PRHASSSAET PTPHHVIISD IEDPQWEYVI SSEGVDGVTF FDLTGSPLWT GAPQRVLRFT DSAGVIETLP RDRDTWMVID DNAWFFALAD QMSEADAEQF AHQMAHWRLA EAYEEIGQRV VQLGARDILS YYGIDDAGEI DFNTLWSGSG RRDLLSRSRL RIPFGNRADN GELLFLDMKS LDEGGDGPHG VMSGTTGSGK SSLVRTVIAS LMLAHPPEEL QFVLADLKGG SAVKPFDGVP HVSRIITDLE DDQALMERFL EAMWGEIARR KEICFSAGVD GAKEYNELRA RMKARGEDMP PLPMLVVVID EFYEWFRIMP TAVDVLDSIG RQGRAYWVHL MMASQTIESR AEKLMENMGY RLVLKAQTAG AAQAAGVPNA VNLPSQAGLG YFRKSGDEII RFQAEYLWRD YRRGSSYDGE EQAPLTHSVD YIRPQLFTTA FAPLEVSVSG PDGQSALPQV VDGEAVNGHR GGDDVDEEEE ALRTPKVGTV IIDQLRQIDF EPYRLWHPPL DVPVPIDELV NRFLGRPWQQ DYGTAKNLVF PIGIIDRPYK HDQPPWTVDT SGAGANVLIL GAGGAGKTTA LQTLICAAAL THTPEQVQFY CLAYSGTALT TVANLPHVGG VSGPTDPYGV RRTVAEVLGL VRDRKRSFLE YDVPSMEVFR RRKFGGEPGG VPDDGFGDVY LVIDNYRALA EENEVLIEQV NQIINQGPSF GVHVVATADR ESELRPPVRS GFGSRVELRL AAVEDAKLVR SRFAKDVPPK PGRGMVAVNY VRLDSDPQAG LHTLVARPAL GSTPDAVFES DSVAAAVRQV AAGEARPVRR LPARFGLDQL RQVAAADRRQ GVGAGGIAWA ISELDLQPVY LNFADNAHLM VTGRRECGRT TTLATIMSEI GRIYAPGAST APPTSRPSAQ VWLVDPRRQL LTVLGSDYVE KFAYNLDGVA AMMDDLAAAL ARREPPPGLS AEELLSRSWW SGPEIFLIID DIQQLPPGFD SPLHKAAPWV TRAADVGLHV FVTRTFGGWS SAGSDPILRA LHQANAPLLV MDADPDEGFI RGKMKGGPLP RGRGLLMAED TGVFVQVAAT DLRR

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: ESX-5 type VII secretion system protein EccC5 / 測定日: 2016年7月15日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0248 5.0307
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 578 /
MinMax
Q0.0854063 1.67506
P(R) point1 578
R0 23
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Note: The data set presented in this entry was measured from is single fraction from an offline size-exclusion chromatography (SEC) purification.
実験値StandardStandard errorPorod
分子量141 kDa141 kDa15 159 kDa
体積---255 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.108 0.001 0.107 0.001
慣性半径, Rg 6.5 nm1 6.22 nm1

MinMaxError
D-23 0.5
Guinier point23 61 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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