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万見
- SASDBC9: GDP bound form of C-terminal deletion mutant of ObgE from E.coli ... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBC9
試料GDP bound form of C-terminal deletion mutant of ObgE from E.coli (ObgE_340 with GDP)
  • GTPase ObgE/CgtA (protein), ObgE_340, Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


guanyl ribonucleotide binding / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / guanosine tetraphosphate binding / ribosomal large subunit binding / ribosome assembly / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GDP binding / rRNA binding ...guanyl ribonucleotide binding / dormancy process / negative regulation of ribosome biogenesis / guanosine tetraphosphate binding / ribosomal large subunit binding / ribosome assembly / chromosome segregation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / GDP binding / rRNA binding / GTPase activity / GTP binding / magnesium ion binding / DNA binding / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / OBG-type GTPase / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / GTP1/OBG / Obg domain profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. ...GTP1/OBG, conserved site / GTP1/OBG family signature. / OBG-type GTPase / GTP1/OBG domain / GTP-binding protein Obg/CgtA / GTP1/OBG domain superfamily / GTP1/OBG / Obg domain profile. / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain / OBG-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / 50S ribosome-binding GTPase / GTP binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
引用日付: 2017 Feb 21
タイトル: Structural and Biochemical Analysis of Escherichia coli ObgE, a Central Regulator of Bacterial Persistence
著者: Gkekas S / Singh R / Shkumatov A / Messens J / Fauvart M / Verstraeten N / Michiels J
登録者
  • Alexander V. Shkumatov (VUB, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2 1050 Brussel)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1118
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIN (v2.7.2) / ダミー原子の半径: 2.50 A / 対称性: P1
コメント: Average model generated by DAMAVER and used as a starting model for refinement with DAMMIN (r7897M)
カイ2乗値: 0.606 / P-value: 0.531000
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: GDP bound form of C-terminal deletion mutant of ObgE from E.coli (ObgE_340 with GDP)
試料濃度: 1.00-8.00
バッファ名称: 20 mM Hepes, 300 mM NaCl, 250 mM imidazole, 5 mM MgCl2, 2 mM DTT, 400 uM GDP
pH: 7.5
要素 #421名称: ObgE_340 / タイプ: protein / 記述: GTPase ObgE/CgtA / 分子量: 38.899 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P42641
配列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MKFVDEASIL VVAGDGGNGC VSFRREKYIP KGGPDGGDGG DGGDVWMEAD ENLNTLIDYR FEKSFRAERG QNGASRDCTG KRGKDVTIKV PVGTRVIDQG TGETMGDMTK HGQRLLVAKG GWHGLGNTRF KSSVNRTPRQ KTNGTPGDKR ...配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MKFVDEASIL VVAGDGGNGC VSFRREKYIP KGGPDGGDGG DGGDVWMEAD ENLNTLIDYR FEKSFRAERG QNGASRDCTG KRGKDVTIKV PVGTRVIDQG TGETMGDMTK HGQRLLVAKG GWHGLGNTRF KSSVNRTPRQ KTNGTPGDKR ELLLELMLLA DVGMLGMPNA GKSTFIRAVS AAKPKVADYP FTTLVPSLGV VRMDNEKSFV VADIPGLIEG AAEGAGLGIR FLKHLERCRV LLHLIDIDPI DGTDPVENAR IIISELELYS QDLATKPRWL VFNKIDLLDK VEAEEKAKAI AEALGWEDKY YLISAASGLG VKDLCWDVMT FIIENPVA

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実験情報

ビーム設備名称: Rigaku BioSAXS-2000 / 地域: Brussels / 国: Belgium / 線源: X-ray in houseX線 / 波長: 1.54 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1 mm
検出器名称: Pilatus 100K / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: GDP bound form of C-terminal deletion mutant of ObgE from E.coli (ObgE_340 with GDP)
測定日: 2015年2月1日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1800 sec. / フレーム数: 3 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.008 0.6829
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 461 /
MinMax
Q0.02099 0.6829
P(R) point10 470
R0 111
結果
カーブのタイプ: merged /
実験値Porod
分子量39.1 kDa41.5 kDa
体積-70673 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I01.04 0.01 1.01 0.01
慣性半径, Rg 3.17 nm0.4 2.95 nm0.04

MinMaxError
D-11 1
Guinier point14 26 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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