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万見
- SASDB33: Glutamate decarboxylase alpha (GadA) from E. coli (GadA) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDB33
試料Glutamate decarboxylase alpha (GadA) from E. coli
  • Glutamate decarboxylase alpha (GadA) from E. coli (protein), GadA, Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / glutamate catabolic process / intracellular pH elevation / pyridoxal phosphate binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamate decarboxylase / Pyridoxal-phosphate binding site / DDC / GAD / HDC / TyrDC pyridoxal-phosphate attachment site. / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate decarboxylase alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用ジャーナル: PLoS One / 年: 2016
タイトル: X-Ray Solution Scattering Study of Four Escherichia coli Enzymes Involved in Stationary-Phase Metabolism.
著者: Liubov A Dadinova / Eleonora V Shtykova / Petr V Konarev / Elena V Rodina / Natalia E Snalina / Natalia N Vorobyeva / Svetlana A Kurilova / Tatyana I Nazarova / Cy M Jeffries / Dmitri I Svergun /
要旨: The structural analyses of four metabolic enzymes that maintain and regulate the stationary growth phase of Escherichia coli have been performed primarily drawing on the results obtained from ...The structural analyses of four metabolic enzymes that maintain and regulate the stationary growth phase of Escherichia coli have been performed primarily drawing on the results obtained from solution small angle X-ray scattering (SAXS) and other structural techniques. The proteins are (i) class I fructose-1,6-bisphosphate aldolase (FbaB); (ii) inorganic pyrophosphatase (PPase); (iii) 5-keto-4-deoxyuronate isomerase (KduI); and (iv) glutamate decarboxylase (GadA). The enzyme FbaB, that until now had an unknown structure, is predicted to fold into a TIM-barrel motif that form globular protomers which SAXS experiments show associate into decameric assemblies. In agreement with previously reported crystal structures, PPase forms hexamers in solution that are similar to the previously reported X-ray crystal structure. Both KduI and GadA that are responsible for carbohydrate (pectin) metabolism and acid stress responses, respectively, form polydisperse mixtures consisting of different oligomeric states. Overall the SAXS experiments yield additional insights into shape and organization of these metabolic enzymes and further demonstrate the utility of hybrid methods, i.e., solution SAXS combined with X-ray crystallography, bioinformatics and predictive 3D-structural modeling, as tools to enrich structural studies. The results highlight the structural complexity that the protein components of metabolic networks may adopt which cannot be fully captured using individual structural biology techniques.
登録者
  • Liubov Dadinova (MSU, Lomonosov Moscow State University, Moscow, Russia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #527
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P32 / カイ2乗値: 1.37 / P-value: 0.000032
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モデル #528
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.37 / P-value: 0.000032
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #529
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.37 / P-value: 0.000032
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モデル #530
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.37 / P-value: 0.000032
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試料

試料名称: Glutamate decarboxylase alpha (GadA) from E. coli / 試料濃度: 1.40-10.80
バッファ名称: 50 mM Tris 10 mM NaCl / 濃度: 50.00 mM / pH: 7.5 / 組成: 10 mM NaCl
要素 #283名称: GadA / タイプ: protein / 記述: Glutamate decarboxylase alpha (GadA) from E. coli / 分子量: 52.685 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: P69908
配列: MDQKLLTDFR SELLDSRFGA KAISTIAESK RFPLHEMRDD VAFQIINDEL YLDGNARQNL ATFCQTWDDE NVHKLMDLSI NKNWIDKEEY PQSAAIDLRC VNMVADLWHA PAPKNGQAVG TNTIGSSEAC MLGGMAMKWR WRKRMEAAGK PTDKPNLVCG PVQICWHKFA ...配列:
MDQKLLTDFR SELLDSRFGA KAISTIAESK RFPLHEMRDD VAFQIINDEL YLDGNARQNL ATFCQTWDDE NVHKLMDLSI NKNWIDKEEY PQSAAIDLRC VNMVADLWHA PAPKNGQAVG TNTIGSSEAC MLGGMAMKWR WRKRMEAAGK PTDKPNLVCG PVQICWHKFA RYWDVELREI PMRPGQLFMD PKRMIEACDE NTIGVVPTFG VTYTGNYEFP QPLHDALDKF QADTGIDIDM HIDAASGGFL APFVAPDIVW DFRLPRVKSI SASGHKFGLA PLGCGWVIWR DEEALPQELV FNVDYLGGQI GTFAINFSRP AGQVIAQYYE FLRLGREGYT KVQNASYQVA AYLADEIAKL GPYEFICTGR PDEGIPAVCF KLKDGEDPGY TLYDLSERLR LRGWQVPAFT LGGEATDIVV MRIMCRRGFE MDFAELLLED YKASLKYLSD HPKLQGIAQQ NSFKHT

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Glutamate decarboxylase alpha (GadA) from E. coli
測定日: 2013年6月20日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.05 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0794 4.5675
結果カーブのタイプ: single_conc
コメント: Under the experimental conditions described above, GadA exists as a mixture in solution of likely hexamers (volume fraction approximately 60%) and disassociated dimers (40%). The models ...コメント: Under the experimental conditions described above, GadA exists as a mixture in solution of likely hexamers (volume fraction approximately 60%) and disassociated dimers (40%). The models displayed for this entry and associated fit are derived from SASREFMX modelling in P32 symmetry. The final fit to the SAXS data of the mixture was determined using OLIGOMER. The specific volume fraction estimates of the hexamer and three dimers are included in the full entry zip archive.
実験値StandardPorod
分子量249 kDa249 kDa241 kDa
体積--410 nm3

GuinierGuinier error
前方散乱 I014105 23.5
慣性半径, Rg 4.8 nm0.02

MinMax
Guinier point3 71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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