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万見
- SASDAZ6: CyaY-dimer and IscS-dimer complex (Cysteine desulfurase IscS + Pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAZ6
試料CyaY-dimer and IscS-dimer complex
  • Cysteine desulfurase IscS (protein), Escherichia coli
  • Protein CyaY (protein), Escherichia coli
機能・相同性
機能・相同性情報


: / IscS-TusA complex / IscS-IscU complex / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / sulfur compound transport / selenocysteine catabolic process / sulfurtransferase complex / detection of UV / selenocysteine lyase activity / tRNA wobble position uridine thiolation ...: / IscS-TusA complex / IscS-IscU complex / tRNA 4-thiouridine biosynthesis / sulfur compound transport / selenocysteine catabolic process / sulfurtransferase complex / detection of UV / selenocysteine lyase activity / tRNA wobble position uridine thiolation / L-cysteine desulfurase complex / sulfur carrier activity / L-cysteine catabolic process / cysteine desulfurase / cysteine desulfurase activity / thiamine biosynthetic process / [2Fe-2S] cluster assembly / iron-sulfur cluster assembly / ferric iron binding / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / pyridoxal phosphate binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Cysteine desulfurase IscS / Frataxin/CyaY superfamily / Cysteine desulfurase ...: / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Cysteine desulfurase IscS / Frataxin/CyaY superfamily / Cysteine desulfurase / Aminotransferase class-V, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase class V domain / Aminotransferase class-V / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine desulfurase IscS / Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2010
タイトル: Structural bases for the interaction of frataxin with the central components of iron-sulphur cluster assembly.
著者: Filippo Prischi / Petr V Konarev / Clara Iannuzzi / Chiara Pastore / Salvatore Adinolfi / Stephen R Martin / Dmitri I Svergun / Annalisa Pastore /
要旨: Reduced levels of frataxin, an essential protein of as yet unknown function, are responsible for causing the neurodegenerative pathology Friedreich's ataxia. Independent reports have linked frataxin ...Reduced levels of frataxin, an essential protein of as yet unknown function, are responsible for causing the neurodegenerative pathology Friedreich's ataxia. Independent reports have linked frataxin to iron-sulphur cluster assembly through interactions with the two central components of this machinery: desulphurase Nfs1/IscS and the scaffold protein Isu/IscU. In this study, we use a combination of biophysical methods to define the structural bases of the interaction of CyaY (the bacterial orthologue of frataxin) with the IscS/IscU complex. We show that CyaY binds IscS as a monomer in a pocket between the active site and the IscS dimer interface. Recognition does not require iron and occurs through electrostatic interactions of complementary charged residues. Mutations at the complex interface affect the rates of enzymatic cluster formation. CyaY binding strengthens the affinity of the IscS/IscU complex. Our data suggest a new paradigm for understanding the role of frataxin as a regulator of IscS functions.
登録者
  • Petr Konarev (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #231
タイプ: atomic / ソフトウェア: SASREF / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 8.1796
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モデル #232
タイプ: dummy / ソフトウェア: DAMMIF / ダミー原子の半径: 3.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 1.1664
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: CyaY-dimer and IscS-dimer complex / 試料濃度: 2.50-5.00 / Entity id: 135 / 139
バッファ名称: Tris-HCl / 濃度: 20.00 mM / pH: 8
コメント: errous ammonium sulphate was added to reach a 1:1:2 CyaY/IscS/Fe molar ratio under aerobic condition
組成: 50 mM NaCl, 10 mM β-mercaptoethanol and ferrous ammonium sulphate (as CyaY binds both Fe(II) and Fe(III), ferrous ammonium sulphate was added to reach a 1:1:2 CyaY/IscS/Fe molar ratio under aerobic conditions)
要素 #135タイプ: protein / 記述: Cysteine desulfurase IscS / 分子量: 43.597 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: P0A6B7
配列: KLPIYLDYSA TTPVDPRVAE KMMQFMTMDG TFGNPASRSH RFGWQAEEAV DIARNQIADL VGADPREIVF TSGATESDNL AIKGAANFYQ KKGKHIITSK TEHKAVLDTC RQLEREGFEV TYLAPQRNGI IDLKELEAAM RDDTILVSIM HVNNEIGVVQ DIAAIGEMCR ...配列:
KLPIYLDYSA TTPVDPRVAE KMMQFMTMDG TFGNPASRSH RFGWQAEEAV DIARNQIADL VGADPREIVF TSGATESDNL AIKGAANFYQ KKGKHIITSK TEHKAVLDTC RQLEREGFEV TYLAPQRNGI IDLKELEAAM RDDTILVSIM HVNNEIGVVQ DIAAIGEMCR ARGIIYHVDA TQSVGKLPID LSQLKVDLMS FSGHKIYGPK GIGALYVRRK PRVRIEAQMH GGGHERGMRS GTLPVHQIVG MGEAYRIAKE EMATEMERLR GLRNRLWNGI KDIEEVYLNG DLEHGAPNIL NVSFNYVEGE SLIMALKDLA VSSGSACTSA SLEPSYVLRA LGLNDELAHS SIRFSLGRFT TEEEIDYTIE LVRKSIGRLR DLSPLWEMYK Q
要素 #139タイプ: protein / 記述: Protein CyaY / 分子量: 12.231 / 分子数: 2 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: P27838
配列:
MNDSEFHRLA DQLWLTIEER LDDWDGDSDI DCEINGGVLT ITFENGSKII INRQEPLHQV WLATKQGGYH FDLKGDEWIC DRSGETFWDL LEQAATQQAG ETVSFR

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実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: 0.6 / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.15 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.7 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: sy / 測定日: 2009年11月5日 / 保管温度: 15 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 30 sec. / フレーム数: 4 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0775 6.237
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 379 /
MinMax
Q0.1922 3.216
P(R) point43 421
R0 10.87
結果
D max: 10.87 / カーブのタイプ: single_conc / Standard: bovin serum albumin
コメント: Reduced levels of frataxin, an essential protein of as yet unknown function, are responsible for causing the neurodegenerative pathology Friedreich’s ataxia. Independent reports have ...コメント: Reduced levels of frataxin, an essential protein of as yet unknown function, are responsible for causing the neurodegenerative pathology Friedreich’s ataxia. Independent reports have linked frataxin to iron–sulphur cluster assembly through interactions with the two central components of this machinery: desulphurase Nfs1/IscS and the scaffold protein Isu/IscU. In this study, we use a combination of biophysical methods to define the structural bases of the interaction of CyaY (the bacterial orthologue of frataxin) with the IscS/IscU complex. We show that CyaY binds IscS as a monomer in a pocket between the active site and the IscS dimer interface. Recognition does not require iron and occurs through electrostatic interactions of complementary charged residues. Mutations at the complex interface affect the rates of enzymatic cluster formation. CyaY binding strengthens the affinity of the IscS/IscU complex. Our data suggest a new paradigm for understanding the role of frataxin as a regulator of IscS functions.
実験値Standard
分子量107 kDa107 kDa

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I078 88.44 -
慣性半径, Rg 3.17 nm3.11 nm0.006

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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