[日本語] English
万見
- SASDAY4: fH1015 (Factor H CCP modules 10 to 15) -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDAY4
試料fH1015
  • Factor H CCP modules 10 to 15 (protein), fH1015, Homo sapiens
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010
タイトル: The central portion of factor H (modules 10-15) is compact and contains a structurally deviant CCP module.
著者: Christoph Q Schmidt / Andrew P Herbert / Haydyn D T Mertens / Mara Guariento / Dinesh C Soares / Dusan Uhrin / Arthur J Rowe / Dmitri I Svergun / Paul N Barlow /
要旨: The first eight and the last two of 20 complement control protein (CCP) modules within complement factor H (fH) encompass binding sites for C3b and polyanionic carbohydrates. These binding sites ...The first eight and the last two of 20 complement control protein (CCP) modules within complement factor H (fH) encompass binding sites for C3b and polyanionic carbohydrates. These binding sites cooperate self-surface selectively to prevent C3b amplification, thus minimising complement-mediated damage to host. Intervening fH CCPs, apparently devoid of such recognition sites, are proposed to play a structural role. One suggestion is that the generally small CCPs 10-15, connected by longer-than-average linkers, act as a flexible tether between the two functional ends of fH; another is that the long linkers induce a 180 degrees bend in the middle of fH. To test these hypotheses, we determined the NMR-derived structure of fH12-13 consisting of module 12, shown here to have an archetypal CCP structure, and module 13, which is uniquely short and features a laterally protruding helix-like insertion that contributes to a prominent electropositive patch. The unusually long fH12-13 linker is not flexible. It packs between the two CCPs that are not folded back on each other but form a shallow vee shape; analytical ultracentrifugation and X-ray scattering supported this finding. These two techniques additionally indicate that flanking modules (within fH11-14 and fH10-15) are at least as rigid and tilted relative to neighbours as are CCPs 12 and 13 with respect to one another. Tilts between successive modules are not unidirectional; their principal axes trace a zigzag path. In one of two arrangements for CCPs 10-15 that fit well with scattering data, CCP 14 is folded back onto CCP 13. In conclusion, fH10-15 forms neither a flexible tether nor a smooth bend. Rather, it is compact and has embedded within it a CCP module (CCP 13) that appears to be highly specialised given both its deviant structure and its striking surface charge distribution. A passive, purely structural role for this central portion of fH is unlikely.
登録者
  • Haydyn Mertens (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #87
タイプ: dummy / ソフトウェア: dammif / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.641601
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #88
タイプ: dummy / ソフトウェア: gasbor / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.0609
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #89
タイプ: mix / ソフトウェア: bunch / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: alternative model 1 / カイ2乗値: 9.229444
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #90
タイプ: mix / ソフトウェア: bunch / ダミー原子の半径: 1.90 A / コメント: alternative model 2 / カイ2乗値: 6.170256
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

-
試料

試料名称: fH1015 / Sample MW: 40.9 kDa / 試料濃度: 2.40-10.50 / 濃度測定法: A280
バッファ名称: Potassium Phosphate / 濃度: 50.00 mM / pH: 7.4
要素 #71名称: fH1015 / タイプ: protein / 記述: Factor H CCP modules 10 to 15 / 分子量: 40.9 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens
配列: AGECELPKID VHLVPDRKKD QYKVGEVLKF SCKPGFTIVG PNSVQCYHFG LSPDLPICKE QVQSCGPPPE LLNGNVKEKT KEEYGHSEVV EYYCNPRFLM KGPNKIQCVD GEWTTLPVCI VEESTCGDIP ELEHGWAQLS SPPYYYGDSV EFNCSESFTM IGHRSITCIH ...配列:
AGECELPKID VHLVPDRKKD QYKVGEVLKF SCKPGFTIVG PNSVQCYHFG LSPDLPICKE QVQSCGPPPE LLNGNVKEKT KEEYGHSEVV EYYCNPRFLM KGPNKIQCVD GEWTTLPVCI VEESTCGDIP ELEHGWAQLS SPPYYYGDSV EFNCSESFTM IGHRSITCIH GVWTQLPQCV AIDKLKKCKS SNLIILEEHL KNKKEFDHNS NIRYRCRGKE GWIHTVCING RWDPEVNCSM AQIQLCPPPP QIPNSHNMTT TLNYRDGEKV SVLCQENYLI QEGEEITCKD GRWQSIPLCV EKIPCSQPPQ IEHGTINSSR SSQESYAHGT KLSYTCEGGF RISEENETTC YMGKWSSPPQ CE

-
実験情報

ビーム設備名称: DORIS III X33 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron
検出器名称: MAR 345 Image Plate
スキャン
タイトル: fh1015 / 測定日: 2008年12月2日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 120 sec. / フレーム数: 1 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.2111 4.786
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.5a / ポイント数: 420 /
MinMax
Q0.2629 4.119
P(R) point22 441
R0 10.8
結果
カーブのタイプ: merged / Standard: BSA /
実験値StandardPorod
分子量46 kDa46 kDa-
体積--68 nm3
/
GuinierP(R)
前方散乱 I01.62 -
慣性半径, Rg 3 nm3.1 nm
/
MinMax
D-10.4
Guinier point1 98

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る