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万見
- PDB-9yfm: insect H/ACA snoRNP class II composite -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9yfm
タイトルinsect H/ACA snoRNP class II composite
要素
  • H/ACA ribonucleoprotein complex subunit
  • H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein
  • H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
  • H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
  • RNA (96-MER)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Pseudouridine synthase / enzyme complex / snoRNA / snoRNP
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / pseudouridine synthase activity / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / telomerase RNA binding ...snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / pseudouridine synthase activity / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / telomerase RNA binding / snoRNA binding / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family ...H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.95 Å
データ登録者Panwar, H.S. / Worden, E.W.
資金援助 米国, カナダ, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM147261-01 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)437623 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Interprotomer communication and functional asymmetry in H/ACA snoRNPs.
著者: Hemendra Singh Panwar / Timothy J Vos / Xiaoyan Xie / H Josh Jang / Hyoungjoo Lee / Ryan D Sheldon / Evan J Worden / Ute Kothe /
要旨: H/ACA small nucleolar ribonucleoproteins (H/ACA snoRNPs) facilitate essential cellular processes such as RNA modification, folding, and stability. Here, we present multiple cryo-EM structures of ...H/ACA small nucleolar ribonucleoproteins (H/ACA snoRNPs) facilitate essential cellular processes such as RNA modification, folding, and stability. Here, we present multiple cryo-EM structures of endogenous insect H/ACA snoRNPs containing two protomers assembled on a two-hairpin H/ACA snoRNA. By characterizing key protein-protein and protein-RNA interactions, we reveal the coordination of pseudouridylation activity across the two protomers which explains the predominance of two-hairpin structures in eukaryotic H/ACA snoRNAs. Moreover, we found that several mutations in H/ACA proteins associated with dyskeratosis congenita (DC) directly impair pseudouridine formation suggesting how these mutations disrupt RNA modification and ribosome biogenesis in this disease. Additionally, we uncover coordinated structural changes between Nop10, Nhp2, and the N-terminal extensions of Cbf5 in the 3' protomer that resemble active and inactive conformations and may regulate H/ACA snoRNP activity. In summary, this study provides detailed insight into the structure and function of RNA modification-competent H/ACA snoRNPs, which play pivotal roles in cellular processes including ribosome biogenesis, rRNA folding, (m)RNA modification, and telomere maintenance.
履歴
登録2025年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年12月10日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update
改定 1.12025年12月17日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / em_admin
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改定 1.22025年12月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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改定 1.22025年12月31日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Database references / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / EM metadata / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit
C: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein
E: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit
F: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
G: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein
H: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
A: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
D: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
I: RNA (96-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)242,4409
ポリマ－242,4409
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit


分子量: 22800.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A7E5WAP8
#2: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein


分子量: 17704.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A7E5W3Q7
#3: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / Nucleolar protein 10 / Nucleolar protein family A member 3 / snoRNP protein NOP10


分子量: 7607.749 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A7E5W2Q0
#4: タンパク質 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like


分子量: 57643.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
参照: UniProt: A0A7E5VBG0
#5: RNA鎖 RNA (96-MER)


分子量: 30928.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Insect H/ACA snoRNP / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.2_5419 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.95 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 733250 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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