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- PDB-9y4g: Structure of tuco-tuco ribosome (rotated, tRNAs, and mRNA) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9y4g
タイトルStructure of tuco-tuco ribosome (rotated, tRNAs, and mRNA)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 32
  • (60S ribosomal protein ...) x 42
  • 18S ribosomal RNA
  • 5.8S rRNA (157-MER)
  • 5S ribosomal RNA
  • Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
  • LSU-alpha rRNA
  • LSU-beta rRNA (2108-MER)
  • RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U*(MG))-3')
  • tRNA (77-MER)
  • tRNA (78-MER)
キーワードRIBOSOME / Tuco tuco Ribosome
機能・相同性RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000)
機能・相同性情報
生物種Ctenomyidae (哺乳類)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Gutierrez-Vargas, C. / De, S. / Maji, S. / Liu, Z. / Nieb, M. / Seluanov, A. / Gorbunova, V. / Frank, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM139453 米国
National Institutes of Health/National Institute on Aging (NIH/NIA)P01 AG047200 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DGE-1644869 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Structures of naked mole-rat, tuco-tuco, and guinea pig ribosomes-is rRNA fragmentation linked to translational fidelity?
著者: Cristina Gutierrez-Vargas / Swastik De / Suvrajit Maji / Zheng Liu / Zhonghe Ke / Martina Nieß / Andrei Seluanov / Vera Gorbunova / Joachim Frank /
要旨: Ribosomes are central to protein synthesis in all organisms. In mammals, the ribosome functional core is highly conserved. Remarkably, two rodent species, the naked mole-rat (NMR) and tuco-tuco, ...Ribosomes are central to protein synthesis in all organisms. In mammals, the ribosome functional core is highly conserved. Remarkably, two rodent species, the naked mole-rat (NMR) and tuco-tuco, display fragmented 28S ribosomal RNA (rRNA), coupled with high translational fidelity and long lifespan. The unusual ribosomal architecture in the NMR and tuco-tuco has been speculated to be linked to high translational fidelity. Here, we show, by single-particle cryo-electron microscopy, that despite the fragmentation of their rRNA, NMR and tuco-tuco ribosomes retain their core functional architecture. Compared to ribosomes of the guinea pig, a phylogenetically related rodent without 28S rRNA fragmentation, ribosomes of NMR and tuco-tuco exhibit poorly resolved density for certain expansion segments. In contrast, the structure of the guinea pig ribosome shows high similarity to the human ribosome. Enhanced translational fidelity in the NMR and tuco-tuco may stem from subtle, allosteric effects in dynamics, linked to rRNA fragmentation.
履歴
登録2025年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
Ag: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1
AU: 40S ribosomal protein S20
AK: 40S ribosomal protein S10
AM: 40S ribosomal protein S12
AS: 40S ribosomal protein S18
Ad: 40S ribosomal protein S29
AR: 40S ribosomal protein S17
AP: 40S ribosomal protein S15
AT: 40S ribosomal protein S19
AZ: 40S ribosomal protein S25
Ac: 40S ribosomal protein S28
AD: 40S ribosomal protein S3
Af: 40S ribosomal protein S27a
AF: 40S ribosomal protein S5
AQ: 40S ribosomal protein S16
B2: 18S ribosomal RNA
AO: 40S ribosomal protein S14
AX: 40S ribosomal protein S23
AN: 40S ribosomal protein S13
AL: 40S ribosomal protein S11
AB: 40S ribosomal protein S3a
AA: 40S ribosomal protein SA
AV: 40S ribosomal protein S21
AY: 40S ribosomal protein S24
Aa: 40S ribosomal protein S26
Ab: 40S ribosomal protein S27
Ae: 40S ribosomal protein S30
AJ: 40S ribosomal protein S9
AE: 40S ribosomal protein S4, X isoform
AC: 40S ribosomal protein S2
AG: 40S ribosomal protein S6
AH: 40S ribosomal protein S7
AW: 40S ribosomal protein S15a
AI: 40S ribosomal protein S8
CR: 60S ribosomal protein L19
CW: 60S ribosomal protein L24
Cz: 60S ribosomal protein L10a
CO: 60S ribosomal protein L13a
CL: 60S ribosomal protein L13
CV: 60S ribosomal protein L23
CM: 60S ribosomal protein L14
Ca: 60S ribosomal protein L27a
CN: 60S ribosomal protein L15
CI: 60S ribosomal protein L10-like
CD: 60S ribosomal protein L5
CQ: 60S ribosomal protein L18
CA: 60S ribosomal protein L8
CS: 60S ribosomal protein L18a
CT: 60S ribosomal protein L21
CP: 60S ribosomal protein L17
CU: 60S ribosomal protein L22
CX: 60S ribosomal protein L23a
CY: 60S ribosomal protein L26
CZ: 60S ribosomal protein L27
Cr: 60S ribosomal protein L28
Ch: 60S ribosomal protein L35
Cb: 60S ribosomal protein L29
CB: 60S ribosomal protein L3
CF: 60S ribosomal protein L7
Cd: 60S ribosomal protein L31
Ce: 60S ribosomal protein L32
Cf: 60S ribosomal protein L35a
Cg: 60S ribosomal protein L34
Ci: 60S ribosomal protein L36
Cj: 60S ribosomal protein L37
Ck: 60S ribosomal protein L38
Cl: 60S ribosomal protein L39
CC: 60S ribosomal protein L4
Cm: 60S ribosomal protein L40
Cn: 60S ribosomal protein L41
Cp: 60S ribosomal protein L37a
Co: 60S ribosomal protein L36a
CJ: 60S ribosomal protein L11
CH: 60S ribosomal protein L9
CE: 60S ribosomal protein L6
CG: 60S ribosomal protein L7a
A5: LSU-alpha rRNA
A7: 5S ribosomal RNA
A8: 5.8S rRNA (157-MER)
Cc: tRNA (78-MER)
Bb: tRNA (77-MER)
Dd: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U*(MG))-3')
A6: LSU-beta rRNA (2108-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,317,40486
ポリマ－3,317,33283
非ポリマー733
水27015
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 Ag

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1


分子量: 34669.113 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)

+
40S ribosomal protein ... , 32種, 32分子 AUAKAMASAdARAPATAZAcADAfAFAQAOAXANALABAAAVAYAaAbAeAJAEACAGAHAWAI

#2: タンパク質 40S ribosomal protein S20


分子量: 11765.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 11773.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 13776.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 16170.774 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6364.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 14578.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 15178.974 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 15668.050 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ctenomyidae (哺乳類) / 発現宿主: Ctenomyidae (哺乳類)
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 8526.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S28


分子量: 7263.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 25172.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S27a


分子量: 8358.903 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 21525.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 15975.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S14


分子量: 14544.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 15757.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S13


分子量: 17128.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 25017.506 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#22: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 23360.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 8977.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 14604.264 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12110.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 21266.166 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S2


分子量: 24961.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 27471.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 21716.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S15a


分子量: 14734.357 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 24003.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)

-
RNA鎖 , 8種, 8分子 B2A5A7A8CcBbDdA6

#16: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 579439.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#77: RNA鎖 LSU-alpha rRNA


分子量: 575951.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#78: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38998.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#79: RNA鎖 5.8S rRNA (157-MER)


分子量: 50449.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#80: RNA鎖 tRNA (78-MER)


分子量: 24801.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#81: RNA鎖 tRNA (77-MER)


分子量: 24743.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#82: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*UP*U*(MG))-3')


分子量: 3935.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#83: RNA鎖 LSU-beta rRNA (2108-MER)


分子量: 682418.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)

+
60S ribosomal protein ... , 42種, 42分子 CRCWCzCOCLCVCMCaCNCICDCQCACSCTCPCUCXCYCZCrChCbCBCFCdCeCfCgCi...

#35: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 22659.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#36: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 14476.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L10a


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L13a


分子量: 23502.217 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 24190.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 14116.556 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 16254.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16473.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L15


分子量: 24076.088 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L10-like


分子量: 24439.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 33535.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L18


分子量: 21687.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L8


分子量: 27843.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 20677.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18478.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#50: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 17628.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#51: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 13098.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#52: タンパク質 60S ribosomal protein L23a


分子量: 14114.720 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#53: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 15760.589 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 15704.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 15784.622 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#56: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14593.624 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 9077.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 45564.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 27163.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 13250.433 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15655.716 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L35a


分子量: 12433.548 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 12994.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12046.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L37


分子量: 10489.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 8107.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#67: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L39


分子量: 6295.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 41683.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L40


分子量: 6199.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#70: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10097.075 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L36a


分子量: 12345.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L11


分子量: 19213.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L9


分子量: 21770.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 30020.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)
#76: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 28039.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Ctenomyidae (哺乳類)

-
非ポリマー , 2種, 18分子

#84: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#85: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Tuco tuco Ribosome / タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#83 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Ctenomyidae (哺乳類)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
120 mMHEPESC8H18N2O4S1
2100 mMPotassium acetateCH3CO2K1
310 mMMagnesium acetateC4H6MgO41
42 mMDithiothreitolC4H10O2S21
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 17093

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION粒子像選択
2EPU画像取得
12RELION３次元再構成
13PHENIX1.21.2_5419モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1296629
3次元再構成解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 232230 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築PDB-ID: 4v6x

4v6x


Accession code: 4v6x / Source name: PDB / タイプ: experimental model
精密化最高解像度: 3.3 Å / 交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005235886
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d1.34346866
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.344102623
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.05943199
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.01121801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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