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- PDB-9u80: Cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9u80
タイトルCryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 receptor complex with Fab
要素
  • Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562
  • anti-BRIL Fab heavy chain
  • anti-BRIL Fab light chain
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / GPCR / vasopressin V2 receptor / antagonist / conivaptan / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / renal water absorption / hemostasis / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of intracellular signal transduction ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / renal water absorption / hemostasis / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of vasoconstriction / endocytic vesicle / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / response to cytokine / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / periplasmic space / electron transfer activity / endosome / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Soluble cytochrome b562 / Vasopressin V2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Jiang, Y. / You, C.Z. / Zhang, T.W. / Xu, Y.W. / Tan, Y.X.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into antagonist recognition by the vasopressin V2 receptor.
著者: Tianwei Zhang / Hongli Liu / Chongzhao You / Yixiao Zhang / Youwei Xu / Benxun Pan / Canrong Wu / Sanshan Jin / Yu-Ling Yin / Kai Wu / Yue Chen / Hong Sun / Yuan Si / Yangxia Tan / Wanchao ...著者: Tianwei Zhang / Hongli Liu / Chongzhao You / Yixiao Zhang / Youwei Xu / Benxun Pan / Canrong Wu / Sanshan Jin / Yu-Ling Yin / Kai Wu / Yue Chen / Hong Sun / Yuan Si / Yangxia Tan / Wanchao Yin / H Eric Xu / Dong Guo / Yi Jiang /
要旨: The vasopressin V2 receptor (V2R), a class A G protein-coupled receptor, is essential for regulating body water homeostasis. V2R antagonists have emerged as promising treatments for hyponatremia; ...The vasopressin V2 receptor (V2R), a class A G protein-coupled receptor, is essential for regulating body water homeostasis. V2R antagonists have emerged as promising treatments for hyponatremia; however, the absence of structural information for antagonist-bound V2R hampers our understanding of antagonist recognition and the targeted design of V2R antagonists. In this study, we present two cryo-electron microscopy structures of inactive V2R bound to the clinically approved antagonists tolvaptan and conivaptan. Combined with functional analyses and molecular dynamic simulations, these structures reveal distinct binding poses: tolvaptan is deeply inserted within the binding pocket, whereas conivaptan is positioned at a shallower depth. Integrated analyses further define critical pharmacophoric features governing antagonist activity and unveil a TM7 helical conformation-dependent antagonism mechanism that is distinct from classical GPCR inactivation modes. Our findings deepen understanding of antagonist recognition and antagonism of V2R, providing a foundation for the development of V2R-targeted therapies.
履歴
登録2025年3月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBC
改定 1.02025年12月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: anti-BRIL Fab heavy chain
L: anti-BRIL Fab light chain
R: Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,9774
ポリマ－98,4793
非ポリマー4991
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: 抗体 anti-BRIL Fab heavy chain


分子量: 24321.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 抗体 anti-BRIL Fab light chain


分子量: 23586.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: タンパク質 Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562 / V2R / AVPR V2 / Antidiuretic hormone receptor / Renal-type arginine vasopressin receptor / Cytochrome b-562


分子量: 50571.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: AVPR2, ADHR, DIR, DIR3, V2R, cybC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30518, UniProt: P0ABE7
#4: 化合物 ChemComp-A1ECE / Conivaptan / N-[4-[(2-methyl-4,5-dihydro-3H-imidazo[4,5-d][1]benzazepin-6-yl)carbonyl]phenyl]-2-phenyl-benzamide


分子量: 498.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H26N4O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 receptor complex with Fab
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 30000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5000 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1cryoSPARC粒子像選択
4cryoSPARCCTF補正
13cryoSPARC３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / 粒子像の数: 189727 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 2.94 Å
立体化学のターゲット値: REAL-SPACE (WEIGHTED MAP SUM AT ATOM CENTERS)
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0026396
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5278712
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.596891
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.038995
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0051097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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