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- EMDB-63948: Cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 recept... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-63948
タイトルCryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 receptor complex with Fab
マップデータ
試料
  • 複合体: cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 receptor complex with Fab
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: Conivaptan
キーワードGPCR / vasopressin V2 receptor / antagonist / conivaptan / MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / renal water absorption / hemostasis / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of intracellular signal transduction ...renal water retention / Defective AVP does not bind AVPR2 and causes neurohypophyseal diabetes insipidus (NDI) / Vasopressin-like receptors / regulation of systemic arterial blood pressure by vasopressin / vasopressin receptor activity / renal water absorption / hemostasis / telencephalon development / positive regulation of systemic arterial blood pressure / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of vasoconstriction / endocytic vesicle / activation of adenylate cyclase activity / cellular response to hormone stimulus / response to cytokine / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (s) signalling events / electron transfer activity / periplasmic space / endosome / iron ion binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of cell population proliferation / heme binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Vasopressin V2 receptor / Vasopressin receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Vasopressin V2 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Jiang Y / You CZ / Zhang TW / Xu YW / Tan YX
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Structural insights into antagonist recognition by the vasopressin V2 receptor.
著者: Tianwei Zhang / Hongli Liu / Chongzhao You / Yixiao Zhang / Youwei Xu / Benxun Pan / Canrong Wu / Sanshan Jin / Yu-Ling Yin / Kai Wu / Yue Chen / Hong Sun / Yuan Si / Yangxia Tan / Wanchao ...著者: Tianwei Zhang / Hongli Liu / Chongzhao You / Yixiao Zhang / Youwei Xu / Benxun Pan / Canrong Wu / Sanshan Jin / Yu-Ling Yin / Kai Wu / Yue Chen / Hong Sun / Yuan Si / Yangxia Tan / Wanchao Yin / H Eric Xu / Dong Guo / Yi Jiang /
要旨: The vasopressin V2 receptor (V2R), a class A G protein-coupled receptor, is essential for regulating body water homeostasis. V2R antagonists have emerged as promising treatments for hyponatremia; ...The vasopressin V2 receptor (V2R), a class A G protein-coupled receptor, is essential for regulating body water homeostasis. V2R antagonists have emerged as promising treatments for hyponatremia; however, the absence of structural information for antagonist-bound V2R hampers our understanding of antagonist recognition and the targeted design of V2R antagonists. In this study, we present two cryo-electron microscopy structures of inactive V2R bound to the clinically approved antagonists tolvaptan and conivaptan. Combined with functional analyses and molecular dynamic simulations, these structures reveal distinct binding poses: tolvaptan is deeply inserted within the binding pocket, whereas conivaptan is positioned at a shallower depth. Integrated analyses further define critical pharmacophoric features governing antagonist activity and unveil a TM7 helical conformation-dependent antagonism mechanism that is distinct from classical GPCR inactivation modes. Our findings deepen understanding of antagonist recognition and antagonism of V2R, providing a foundation for the development of V2R-targeted therapies.
履歴
登録2025年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月10日-
現状2025年12月10日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_63948.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_63948.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.68 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.68 Å		0.82 Å/pix.
x 320 pix.
= 263.68 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.824 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.36
最小 - 最大-2.5068755 - 3.6233644
平均 (標準偏差)-0.0026044594 (±0.05718505)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 263.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_63948_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_63948_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 recept...

全体名称: cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 receptor complex with Fab
要素
  • 複合体: cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 receptor complex with Fab
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab heavy chain
    • タンパク質・ペプチド: anti-BRIL Fab light chain
    • タンパク質・ペプチド: Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562
  • リガンド: Conivaptan

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超分子 #1: cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 recept...

超分子名称: cryo-EM structure of conivaptan-bound human vasopressin V2 receptor complex with Fab
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: anti-BRIL Fab heavy chain

分子名称: anti-BRIL Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.321084 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列:
EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVVDFSLHWV RQAPGKGLEW VAYISSSSGS TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARWGYWPGEP WWKAFDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK S

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分子 #2: anti-BRIL Fab light chain

分子名称: anti-BRIL Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.586205 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ ...文字列:
SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYLYYSLVT FGQGTKVEIK RTVAAPSVFI FPPSDSQLKS GTASVVCLLN NFYPREAKVQ WKVDNALQSG N SQESVTEQ DSKDSTYSLS STLTLSKADY EKHKVYACEV THQGLSSPVT KSFNRGEC

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分子 #3: Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562

分子名称: Vasopressin V2 receptor,Soluble cytochrome b562 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.571574 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MLMASTTSAV PGHPSLPSLP SNSSQERPLD TRDPLLARAE LALLSIVFVA VALSNGLVLA ALARRGRRGH WAPIHVFIGH LCLADLAVA LFQVLPQLAW KATDRFRGPD ALCRAVKYLQ MVGMYASSYM ILAMTLDRHR AICRPMLAYR HGSGAHWNRP V LVAWAFSL ...文字列:
MLMASTTSAV PGHPSLPSLP SNSSQERPLD TRDPLLARAE LALLSIVFVA VALSNGLVLA ALARRGRRGH WAPIHVFIGH LCLADLAVA LFQVLPQLAW KATDRFRGPD ALCRAVKYLQ MVGMYASSYM ILAMTLDRHR AICRPMLAYR HGSGAHWNRP V LVAWAFSL LLSLPQLFIF AQRNVEGGSG VTDCWACFAE PWGRRTYVTW IALMVFVAPT LGIAACQVLI FREIHAARRQ LA DLEDNWE TLNDNLKVIE KADNAAQVKD ALTKMRAAAL DAQKATPPKL EDKSPDSPEM KDFRHGFDIL VGQIDDALKL ANE GKVKEA QAAAEQLKTT RNAYIQKYLE RARSTLAAVA KTVRMTLVIV VVYVLCWAPF FLVQLWAAWD PEAPLEGAPF VLLM LLASL NSCTNPWIYA SFSSSVSSEL RSLLCCARGR TPPSLGPQDE SCTTASSSLA KDTSS

UniProtKB: Vasopressin V2 receptor, Soluble cytochrome b562, Vasopressin V2 receptor

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分子 #4: Conivaptan

分子名称: Conivaptan / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: A1ECE
分子量理論値: 498.574 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 30.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.33 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 189727
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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