[日本語] English
万見
- PDB-9thm: TAF15 amyloid filament fold B variant 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9thm
タイトルTAF15 amyloid filament fold B variant 1
要素TATA-binding protein-associated factor 2N
キーワードPROTEIN FIBRIL / Amyloid Neurodegeneration Frontotemporal lobar degeneration
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA stabilization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA splicing ...mRNA stabilization / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA splicing / transcription coregulator activity / mRNA 3'-UTR binding / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / positive regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain ...TAF15/EWS/TLS family / Zinc finger domain / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TATA-binding protein-associated factor 2N
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Tetter, S. / Varghese, N.R. / Ryskeldi-Falcon, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/25 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2026
タイトル: Distinct TAF15 amyloid filament folds define multiple subtypes of FTLD-TAF15.
著者: Stephan Tetter / Nikhil R Varghese / Alexey G Murzin / Wouter De Coster / Marleen Van den Broeck / Sigrun Roeber / Jeffrey T Joseph / Kathy Newell / Rudolf Castellani / Sumit Das / Lee-Cyn ...著者: Stephan Tetter / Nikhil R Varghese / Alexey G Murzin / Wouter De Coster / Marleen Van den Broeck / Sigrun Roeber / Jeffrey T Joseph / Kathy Newell / Rudolf Castellani / Sumit Das / Lee-Cyn Ang / Matthis Synofzik / Jochen Herms / Rosa Rademakers / Bernardino Ghetti / Tammaryn Lashley / Ian R A Mackenzie / Manuela Neumann / Benjamin Ryskeldi-Falcon /
要旨: Neurodegenerative diseases are characterised by the assembly of a limited number of disease-specific proteins into amyloid filaments, which form intracellular inclusions or extracellular deposits in ...Neurodegenerative diseases are characterised by the assembly of a limited number of disease-specific proteins into amyloid filaments, which form intracellular inclusions or extracellular deposits in the central nervous system (CNS). We previously found that amyloid filaments of TATA-binding protein-associated factor 15 (TAF15) characterise a subtype of frontotemporal lobar degeneration with FET protein-immunoreactive inclusions (FTLD-FET), termed atypical FTLD with ubiquitin-positive inclusions (aFTLD-U), which causes early-onset, rapidly progressive behavioural variant frontotemporal dementia (FTD). However, it was not clear if TAF15 proteinopathy was more widespread in neurodegenerative diseases. Two additional FTLD-FET subtypes have been proposed, neuronal intermediate filament inclusion body disease (NIFID) and basophilic inclusion body disease (BIBD), which have more heterogenous clinical presentations including FTD, motor neuron diseases (MND) and movement disorders. Here, we used electron cryo-microscopy (cryo-EM) to determine a total of 32 amyloid filament structures from the brains of 17 individuals encompassing all three proposed subtypes of FTLD-FET and their diverse clinical presentations. All cases were characterised by TAF15 filaments, in the absence of filaments of the other FET proteins, fused in sarcoma (FUS) and Ewing's sarcoma (EWS). All three aFTLD-U cases had the previously-reported TAF15 fold. Unexpectedly, we found four distinct TAF15 folds among 11 NIFID cases. Eight of these cases shared a common fold, while the remaining three were each distinct. Furthermore, we found distinct TAF15 folds for each of the three BIBD cases. Neuropathological reassessment of the neocortical TAF15 inclusion pathology of these cases distinguished the NIFID cases with the common fold from the others. Thus, TAF15 filament structures form the basis of a new, expanded classification of FTLD-FET subtypes. Moreover, we discovered a TAF15 Y38C variant in the filament fold of one of the individuals with BIBD. The structure is unable to incorporate wild-type TAF15, despite the individual being heterozygous, suggesting that this variant drives TAF15 filament assembly. This study provides structural and genetic evidence that TAF15 amyloid filaments underlie the diverse group of neurodegenerative diseases currently termed FTLD-FET, which we therefore rename FTLD-TAF15.
履歴
登録2025年12月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02026年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Mask / Part number: 1 / Data content type: Mask / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02026年2月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: TATA-binding protein-associated factor 2N
C: TATA-binding protein-associated factor 2N
E: TATA-binding protein-associated factor 2N
G: TATA-binding protein-associated factor 2N
I: TATA-binding protein-associated factor 2N


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,5455
ポリマ－309,5455
非ポリマー00
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.999424, -0.03395), (0.03395, 0.999424), (1)4.3089, -4.165, -4.8099
3given(0.999424, 0.03395), (-0.03395, 0.999424), (1)-4.165, 4.3089, 4.8099
4given(0.997695, 0.067861), (-0.067861, 0.997695), (1)-8.1814, 8.7568, 9.6198
5given(0.997695, -0.067861), (0.067861, 0.997695), (1)8.7568, -8.1814, -9.6198

-
要素

#1: タンパク質
TATA-binding protein-associated factor 2N / 68 kDa TATA-binding protein-associated factor / TAF(II)68 / TAFII68 / RNA-binding protein 56


分子量: 61909.000 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然
詳細: Each chain is comprised of TAF15 residues 8-93 and 135-145.
由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 組織: Prefrontal cortex / 参照: UniProt: Q92804
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

-
試料調製

構成要素名称: TATA-binding protein-associated factor 2N / タイプ: TISSUE / 詳細: TAF15 amyloid filament fold B variant 1 / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 器官: Brain / 組織: Prefrontal cortex
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 300 nm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15741

-
解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION5.0.1粒子像選択
13RELION5３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -1.94558 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.8 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 850270
3次元再構成解像度: 1.64 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 266924 / 対称性のタイプ: HELICAL
精密化解像度: 1.64→1.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.835 / WRfactor Rwork: 0.3022 / SU B: 1.305 / SU ML: 0.04 / Average fsc free: 0 / Average fsc overall: 0.8368 / Average fsc work: 0.8368 / ESU R: 0.031 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rwork0.3022 201480 -
all0.3022 --
obs--100 %
溶媒の処理溶媒モデル: NONE
原子変位パラメータBiso mean: 30.339 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_refined_d0.0030.011764
ELECTRON MICROSCOPYr_bond_other_d00.016569
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_refined_deg1.0171.7591028
ELECTRON MICROSCOPYr_angle_other_deg0.3761.7411317
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_1_deg6.397595
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_3_deg11.09910105
ELECTRON MICROSCOPYr_dihedral_angle_6_deg13.281050
ELECTRON MICROSCOPYr_chiral_restr0.0580.284
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_refined0.0040.02989
ELECTRON MICROSCOPYr_gen_planes_other0.0010.02215
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_refined0.1960.274
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_other0.1990.2385
ELECTRON MICROSCOPYr_nbtor_refined0.1890.2364
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbtor_other0.0770.2435
ELECTRON MICROSCOPYr_xyhbond_nbd_refined0.0740.219
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_nbd_refined0.1140.235
ELECTRON MICROSCOPYr_nbd_other0.2140.2128
ELECTRON MICROSCOPYr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1240.217
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_it1.872.784386
ELECTRON MICROSCOPYr_mcbond_other1.8682.791387
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_it3.2444.96479
ELECTRON MICROSCOPYr_mcangle_other3.2444.969480
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_it2.8983.447378
ELECTRON MICROSCOPYr_scbond_other2.8613.438378
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_it4.8746.158549
ELECTRON MICROSCOPYr_scangle_other4.8826.164550
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_it6.52829.21791
ELECTRON MICROSCOPYr_lrange_other6.54729.229790
LS精密化 シェル

Refine-ID: ELECTRON MICROSCOPY / Num. reflection Rfree: _ / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc workWRfactor Rwork
1.642-1.6850.794149920.794149920.4780.794
1.685-1.7310.552145060.552145060.6030.552
1.731-1.7810.522140520.522140520.6710.522
1.781-1.8360.467137870.467137870.7570.467
1.836-1.8960.414132990.414132990.8270.414
1.896-1.9630.355128470.355128470.8810.355
1.963-2.0370.301124290.301124290.9140.301
2.037-2.120.282118950.282118950.9160.282
2.12-2.2140.266114520.266114520.9240.266
2.214-2.3220.243109210.243109210.9330.243
2.322-2.4470.24104550.24104550.9370.24
2.447-2.5960.22398830.22398830.9460.223
2.596-2.7750.22692120.22692120.9460.226
2.775-2.9970.22786160.22786160.9520.227
2.997-3.2830.23479010.23479010.9550.234
3.283-3.670.23571850.23571850.9570.235
3.67-4.2360.23563020.23563020.9550.235
4.236-5.1850.24153290.24153290.9550.241
5.185-7.3220.33541230.33541230.9250.335
7.322-92.30.85522930.85522930.8970.855

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る